Basic Information

Symbol
ATP11C
RNA class
mRNA
Alias
ATPase Phospholipid Transporting 11C (ATP11C Blood Group) ATPIG ATPIQ P4-ATPase Flippase Complex Alpha Subunit ATP11C Phospholipid-Transporting ATPase IG ATPase, Class VI, Type 11C Probable Phospholipid-Transporting ATPase IG ATPase Phospholipid Transporting 11C ATPase Class VI Type 11C EC 7.6.2.1 EC 3.6.3.1 ATPase IQ EC 3.6.3 HACXL
Location (GRCh38)
X:139726346-139945276
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001353812.2
Sequence length
7019.0 nt
GC content
0.4196

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2048.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2186.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1960.35
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((...(((((..((.(.......).))..))))).)))))).((((((.((((((..(((((....(((.((((((((((((..((((((((.((((.(((((((((.(((.((((((((((((.((((((.(((.......))).)))))).((((.........)))))))))))).))))))).))))((((((((..(((.(((..((.((.(((((((((((....((.(((........))).))...((((((((((((.((((((((((((.....)))))))))))).)...)))))))))))((((((....)))).)).))).)))))))).)).))..))).)))..)).))))))((((((.(((......)))..)))))).(((((((((.(((((((((((((((((...((((.((((((((...........))))))....((((((((.((.((((((.(((((((((.((((.....)))).)))))))))....(((.((((((.((....(((.(.(((((((.(((((.(..((((((((((((.....(.((((((....)))))))...)))))))).))))..........).)))))))))))).).)))...))((((((((((((((((.(((..(((((((((.((.(.(((((((((((.((((.((((.(.((..((((((((((((((.((.(.((((......((.....))....)))).).))))))))))).)))))..))).))))..))))))).)))))))).).)).))......))))).))..))).))))))))))))).))).((((((.(((((((.(((.(.(((((((((...)))))))))))))))))))).))))))))))))..))).((((((((......)))))).)).)))))).))...)))))))))).))))...))).)).))))))..)))..))).))....)))))))..(((....((((((((.(........).))))))))...)))((((.....))))....(((((((.....((((((.......))))))...))))).))((((((.((.((.(((((((..((.((.((((((......((((((.........))))))...((((....)))))))))).))...))....))))))).)).)).))))))...)))))..(((......)))...........)))).))))..))))..)))).)))))))).)))....(((((((((.(((....((((((..........(((...)))((((.(((((((((((.((.((((.......)))).)).))))))..........((.(((..(((((((((((((.........(((((((((.((((((((.(((((..(((..((((..((((((((((((.......((((((((...........))))))))........)))))...(((((((((((...((....)).....))))))..((((((.....)))))).(((((.((.((((.(((((((..(((((.......((((...((((((..((.....(((((((((((...(((...(((.....((((((.....))))))......)))...))))))))))))))..(((((((...)))))))....))..))))))...))))((.((.((.....)).)))).......))))).))))))).)))).)).))))).........)))))...........)))))))...(((((...)))))..(((((........)))))..)))))))..))))).)))).)))).))))))))).....((((...))))(((((((...(((((...((.......)).)))))...........(((((...)))))....(((.....)))...(((((((...)))))))....(((((((.(((.((((((.......(((((((......(((((((.((((.((((...((((.((.((((((....))).......((.(((((((((((((.((((((((((.......)))))))).)).)))......)))))))))).)).(((..((((.((((..............)))).))))..)))))))).))))....)))).))))...........((((((((.(......((((...(((((...(((((...((((((((.(((.....((((((.(((((.(..(((((.......)))))..).)))))...))))))....(((((..((..((.....)).))...)))))..)))))))))))..)))))..)))))...))))......).)))))))))))))))....)))))))..((((((.((((.((.(((((.(((((((((.(......))))))))))))))).))..))))...))))))......)))))).)))...)))))))...)))))))....(((((((...........(((((((.....((((((((..(((.((((..((((.(((....))))))))))).))).)))))))).....((((((((......)))))))).....((((.(((((....)))))))))(((((((((.....(((...((((((...((....((((.(((((..(((..((...(((((((((..(((.....((((.(((...............(((((..((((((......(((((((......((((...((((...((.((((.....(((((((...................(((((((...)))))))..............(((((.(((.((((((((....................))))))))..((((((...((.((((.....))))))((((.(((((((((..((..(((((((((..(((((.((.(((((((((.....(((.((((........((((..........(((((.((((.(((............((((......))))..((((((....((((((..........))))))........((((....))))........))))))...))).)))).)))))..........))))........)))).))))))))).....))).)).)))))..))))).)))).........((((........)))).................(((((((..((((....)))).)))))))...((((....))))((((....))))........))..))))))))).)))))))))).............)))...)))))..)))))))...)))).))..)))).)))))))))))))))))))))).((((....))))..(((((((....(((...(((((....(((((((..(((((((........))))))).((((......))))..((((((((....((((..(((((((......(((((.(((((..((............))..))))).))))).......)).)))))...))))))))))))((((.(((.((..(((((....)))))..))..)))))))...))))))))))))....)))..)))))))))).))))))).)))))))))..)).)))..)))))))))..)).)).))))))))).)))))))..........((((((((((((((...(((......)))..)))).)))))))))).((((((.......((.((........))))...))))))...))))))))))))))...)))))))).)))))..))))).((((((((((((...(((((((((((.((((...((.((...(((((((((((....)))))....(((((((..((((.(.....).))))..)))))))((((.((..((.((((.....)))).))..)).))))))))))..)))))))).)))))))))))..))))))))))))((((((((..((((............(((((((..((((((.((....))..))))))..)).)))))............))))))))))))...........)))))))))))))))((((((.(((((..........((((((..(.((((((((....(((.....(((((.((...(((((...((((.............))))))))))))))))))))))))))).)..))))))))))).)))))).)))..)))))))))........)))))..))))))........(((((.((((((....((((((((((.........(((((..(((((((((...((((......))))....))).....(((((.((((.........(((((((...((((....(((((((.......................((.(((((((((((((((((((((.......)))))).(((.....)))....))).))))...)))))))).)).......(((((.(((((.......))))).))))).....((((......))))..((((((.........))))))))))))))))).))).)))).........)))).)))))....))))))((((((((......(((((........(((.(((((((((...))))))))).))).......)))))....))))))))........((((((...(((..((((((((((.........(((((((((...............(((....)))......((((.((((((((..(.....)..))))))))....((((.(((((((....))))))).))))(((..(((.((((((((((..(((((((.......))))))).......)))))))))).)))....)))........(((((((((((((((.((((.....((((((((....((((.((.(((......((((.......))))........((((.(((.((((.(........).)))).))).)))).....((((((...((((((.......))))))))))))..((((.(((((....)))))..))))............((((((((((((...(((((((((........(((.(((((...((((((.....))))))...))))).))).........))))))....((((....))))....(((((((......(((...(((..(((...)))..)))...)))((((((((.......))))))))((((....(((.((((((((((...((((((((((.(((..((((((.((.(((....(((((.((....)).)))))....))).))..)))..((((...))))...((((((((..(((((((...)))))))..)))))))).....(((((....(((((.....)))))...))))).....((........))....)))..))).))))))))))..((.((...(((((((((((((((...((((((((((..((((.(.(((((....((((..((((.((((.(((((((.((......)).)))))))...)))).))))..))))....(((.(((((((......................))))))))))......((((.((((((((((.....))))))))))))))........((((((((((..((((.......(((((...................(((((....(((.......)))....)))))(((((((........((((((.((((((((((((.((((........))))...))))).))))))).)).))))))))))).........(((((((.......)))))))........))))).....)))).))))))))))((((.(((((((.(((..((((((((((((..(((.((.(((.......))).))...)))..))..))))))))))...))).))))))).)))).....)))))).))))((((.....))))......(((((((((.(((...(((.(((((.........))))))))..)))..)))))..)))))))))))))))))))))))))))))...)).))...)))))))))).))))))).((((......)))).))))))))))...)))))))))))).((((((.....))))))))).)).))))((((((((((........))))))))))..........((((....((((.....))))))))))))))))..))))..))))))...))))))))).)))))))))))))....(((..((...((((.......)))))))))...))))))))))..)))...))))))..................(((((((....))))))).)))))...........))))))))))...)))))))))))....))))))..........((.((((..((((((..((((((.((((..........))))...)))))).......((((.......)))).(((((.(((((((((........(((..((((((.((((((..(((((.(((((((((.(((((.(((....))).))))).))))...))))))))))...((((((((.......(((((.......(((.......))))))))........)))))))).........))))))))))))..)))....)))))))))..)))))...(((((.((....)).)))))...))))))..)))).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{.(((((,{({,..{{{{....||||,.,,.(((((.(((((({|(((((((((({.((((((..(((((....(((,((((((((({{{.,(((((({(.((((.,,.,.((((.(((.((((((((((({.((((((.(((.......))).)))))),((((.........)))))))))))).))))))).))))(((((((((((((.{,,,,{|.||||||(((((((({(,{(((((({,,.({.(((((.,...(((((((((((,,((((((((((((.....)))))))))))).)...)))))))))))((((((....)))).)).,.|.||,|}||}{||{,|.,|||||||.{|,.,,,}))})))|}.)|,...}.)))).))})})).{((({{,.{,{{{,{,|||||||||,|||,}}|||,||||(((((((,,,((,,,,,,||,,||}||}||||}|||.,||,{{((((({{{|,||||},,,,)))}.|||||||||(({.{{,,((((((((((.((((({,,((((((((((((.....{(((((((.(((((((.,(((.....))}.{((((((....)))))))((((((({(.(({((({,({.((({{....,))})).))))).))})}}))))))...))))))).))))))),.)))))))))))).,)}),.))).)))).)))))),,|||||||}}}}}))}((,,,,,,{{{{{,{}|,|{.{({|.{(((((((((,({.....)}))))))))))))).)|{({..(((((((({(((.,.((((((((((({{(((((((((,|(({{{.((((...((((((.((((({{{(((,(,(((((((((...)))))))))))))))))))).)))))).))))}{{|,|.((((((((......)))))).))}})))}))))...,.)))){,,..,|))},))}}..)))))}}))))))..,.)))..}))))))))...))}}}.,||||||||||.||||...,.},,|||||,{{{{{{,,{||.,,|||||||||{((,,{,.,.,((((({,...,,.})))))...|||||{||{{,{{|,||}|,.|||{{{{,.{{,|{.{||{{,......((((((.........))))))...{{((....}}|||||,}}.))}}}},.,,,}}}}}}},||,||,|,}}}|,,{|||.,.{(({...,,.|}}.....,|||..}}}),))}}.,||||..}})),))}}}}}}.)))....((((({{{|{{.....},,)),||||}||||{(((({{{{|.{{{{.{{{{{{{{{{{.||,|{{{....,,,)))}.}|.}}}}}}...,||,...|||{{({{(({((({((((({....((((((((((((,.((((((,((.,{((((((((,.({,...,|||,|}}|{{......,,((((((((...........)))))))},}})},}},))))}}}|}}}}||||||}|{((....)).,{{{||}||}...,|.|||}}},|||,,,.(((((.((.((((.(((((((..(((((..,,...((((...((((((..((..,,.(((((((((((...(((...(((.....((((((.....))))))......)))...)))))))))))))),}(((((((...)))))))....))..))))))...)))),{.{{.,,.....,,.}},,....,..))))).))))))).)))).)).)))))...((,...})){{{((......}})))|,,...,|,,...,,}||||||,{{{....,||||||,.||,||||||||}||||}|}}},|,,,|||,,||{|||,..}}|,||}}.}))}}||||||...{{{((,.,{{....,,.,}.))))){((((((({..(((((,.,||||,..,.(((.....))),..(((((((...}))))))...,{|{||,,..,,,,,.....},}}}.}})||,|},,},,.}}}}}}}}||||||||}..|||,,|,..{||||,|,,||||,....,{,.((((((((((((((((,,{{(({,......,)}}}},)))))))),......,,)))))))).||.{,,..((((.((((..............)))).)}})},)},}}}}},}}||{....,})})|,,...,,.,,,..((((((((.(......((((...(((((...(((((.{.(((((({{((((.....((((((.(((((.(..(((((.......)))))..).)))))...))))))....(((((..{{..((.....)).,}...))))).,))))))))))).})))))..)))))...))))......).)))))))),,,))))||,}}}..}},,,|{,,,,.((((.{{.(((((.(((((((((.{......})))))))))))))).},..))))...|||||,|{{{{|||}}},|{|,.,,}})))...}))})))}),},}||,,,,,...,..,,{{{{{,,,.{{{...((((((((..{{,.((((..((((.(((....))))))})))).}},.)))))))).}}}.((((((({....,,)))))))).,...((((.(((((....)))))))))((((((({{,..{{{,,...,|||,,...,,....((((.(((((.,{{{..((...(((((((((..(((.....((((.(((.,,,...,.....,.(((({..((((((,.....{((((({{{{{,{{{{{.,{(((,...,,.||||,....{{{{{{{........,,.......,,||||{{|...}}}}}},,.....,.......,,,(({({{{((((((({{,.....,{{{.........))))||||{{,{,,,....||}||||..{{{,|||||,,,,..||||||,|}},,..(((((((((..(((((.((.(((((((((.....(({.((((.....,,.((((..........(((((.((((.(((............((((......))))..((((({....{(((((..........}})}}}......,,((((....))))........))))))...))).)))).))))).......,..)))).,,.....)))).})))))))).....))).)).)))))..))))).)))).,,,,....(({{.....,..}))),................((((((((.((((....)))).)))))))}}}||||}}}}))))||||.,.{{{{{{{{{{{{.,,..},,||||||,||||}}||}},.....,,.....}}),,,}}},,..}))))})...}}))}))}})))),,}}})))))))))))))})))).((((....))))..(((((((....(((..,(((((....(((((((..(((((((........))))))).{(((,,....}}}}...,|||||({|{|{{{(..(((({{{......{{{((,(((((..{{{,,...||},.,|}..}}}}}.}}})),,.....))}},}},...))}}}})}..||{{{.,||{.,,.,|||||....})))).,}}..)))))}}},.)))))))))))).,..)))..)))))))))).))))))).)))))))))..)).}},.,)))))))))..}}.,,.}}}},,})).))))))).,,,}.,...((((((((((,,,{,....,,,,{{{...}}))}}.)))))))))).{{{{((.......||,,,..,,,}||||||{,.}}}))).|||},||||||}}}}}.|||}}}}}}||||||||.,|}}}.{(((((((((({..{(((((((((((.((((...((.((...((((((,{{||,,,.}}))),...(((((((..((({.,.....}.})))..))))))}((({.{{.,|{.{{{|..,,,||||.,,},)),)))}))))))..)))))))).)))))))))),}})))))))))))|(((((((,.,((((............(((((((..((((((,(........,))))))..))}}))))........,...))))))))))))}.,,,,,...,||||}}}}|({{{{{.||{{{{{||,,},}||||...,,,}),,,,,)))))))}}.}))))})),..}}},,,|||{{{{{||,.{||||||,....||,,,,.}},..,.})))))}.}}))))}.|||||,,{{,|}}}||}},}.))),)))).)))))))))........)))))..)))))){{(((({((((((.((((((....((((((((((...(((.........})).{({{((...(({{......}}}}.,,.,,,,{{|,{{|||,|{{{.........,,,,,,(,{{({,,....||||{(({{{......{{{{,,........((.(((((((((((((((((((((.,.....)))))).||{...,,))}....))).))))...)))))))).))....,,.(((((.(((((.......))))).))))).....((((......))))..{(((((.........))))))))))))))))}{|||,||||,,,,...,,||||.}||||{{{.{{{{,,{{({{{{{||.,},{{|||,,}}.}}}|||.(((((((((...))))))))).}}}..}}}},))))).}}}}}}}}}}}........((((((.,.(((..((((((((((.........(((((((((,{......,......,{,....,)),,,..,{{{,.((((((((..{.....}..))))))))....||||.(((((({....})))))).,}}|((({.(((.((((((((((,,(((((((.......))))))}....,..)))))))))).))).},.}}},.......(((((((((((((((.((((.....((((((((,{{((({{.,,,|||}|{{,.((((.......}}}}........{{((.{((.((((.(.,,...,,}.}))).})}.))}}.....(((({,.,{((((((.......)))))))))))),|||.,}|||||}},.})))),.{{{{{{{{{{{{{(((({....((((...}}})|)}}}|}}..}}}}}}||,(((((...((((((.....))))))...))))).)}}||,..,,...{{(((((({(((((.,.,,,..,.})))))),)}})))),,..,{{({{(((.,{|||{{|||{{{||,((((((((.......)))))))){(({...,(((.((((((((((...((((((((((.(((..{{,{{{.((.(((..,.(((((.{{....)).))))).}..))).))..)))..{(((...)))).,.((((((({..(((((((...)))))))..})))))))..,..{((((....(((({.....}))))...})))}.....||........}),...,,}..))).))))))))))..((.((...(((((((((((((((...((((((((((.{(((((,{({({,,...{(((..((((.((((.(((((((.((......)).)))))))...)))}.))))..))))}}}.,,..,))|},...,{{,....,{(((,,.....))))},},,},.,}}}|(((.((((((((((.....)))))))))))))}.....,,.((((((((((..((((.......(((({.,((({.............(((((....(((.......)))....))))),,{{{{{........((((((.((((((({((((.((((,......,))))...))))).})))))).)).))))})))))},..,,,,,,,((((((.......))))))}...,,,.,))}}}.....)))).)))))))))).,||.(((((((.(((..(((((((((({(..(((.((.(((.......))).))...)))..,,..)))))))))).,.))).))))))).}}||{{{.,......,,)))}|,{,,.,,}}},...,..{(({{{(((.(((...{{{,({(((,......,.)))))))}..)))..}}))}..}))})))))))))))))))))))))))))...)}})}...}))))))))).)))}})}.{{{{...,,,|||}{|.|||.||,,....}}))),))|}},|||{{{,,,,.,}})))}||{.{(.(((({...})))).}})})}})))))))}|||,,...|||||||,..,}}|}},,...))))))},))))))))..))))..))))))...))))))))).}},})))))))))...,{{{..{{,..{(((.......))))}}..}...))))))))))..}}}.,.)))))).............|,...(((((((....))))))).},,})}},.,,,,,..))))))))))...))))))))))){,{....,,......{{,..,.,||(((((((..({{((((((.((((..........))))...)))))).......{(((.......)))}.....}))..)))))},.....}}))))}}|,,,,..,,,(({{(((((.(((((((((.(((((.(((....})).))))).))))..,)))))))))}.}}}|,,,,,.,})))))))))..,))))))).))))),,.(((((..(({{{{{.{|||{||....,}})}})))).))..)))))..},...|||,|||||,,|}|..,}}|}||||}}}})}}}..,..))))))).............

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001010986.3 NCBI
AUUCUCUCUGAGAUUUAGCUGCCAUUGUGUUGCCAAAUUUCUGCAUGUC… 5964 nt 0.3642
NM_001353810.2 NCBI
GACACAAAGCCUGACUUUACAACCUCAGAGAAAGUGGAAGUAAGAAGGC… 6433 nt 0.3905
NM_001353811.2 NCBI
GACACAAAGCCUGACUUUACAACCUCAGAGAAAGUGGAAGUAAGAAGGC… 7005 nt 0.4198
NM_001353812.2 NCBI
GACACAAAGCCUGACUUUACAACCUCAGAGAAAGUGGAAGUAAGAAGGC… 7019 nt 0.4196
NM_173694.5 NCBI
AUUCUCUCUGAGAUUUAGCUGCCAUUGUGUUGCCAAAUUUCUGCAUGUC… 6069 nt 0.3651
Summary

Enables phosphatidylethanolamine flippase activity and phosphatidylserine flippase activity. Involved in phospholipid translocation. Located in endoplasmic reticulum and plasma membrane. Part of phospholipid-translocating ATPase complex. Implicated in X-linked congenital hemolytic anemia. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the ATP11C transcript, classified as a cancer-related gene, increased in relative abundance postmortem, with its profile identified as part of a step-wise shutdown of biological processes after organismal death [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].