Basic Information

Symbol
RAD23B
RNA class
mRNA
Alias
RAD23 Nucleotide Excision Repair Protein B HHR23B HR23B P58 RAD23 Homolog B, Nucleotide Excision Repair Protein XP-C Repair-Complementing Complex 58 KDa Protein UV Excision Repair Protein RAD23 Homolog B XP-C Repair Complementing Complex 58 KDa XP-C Repair Complementing Protein RAD23 (S. Cerevisiae) Homolog B RAD23 Homolog B (S. Cerevisiae) RAD23, Yeast Homolog Of, B
Location (GRCh38)
9:107283137-107332192
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002874.5
Sequence length
4114.0 nt
GC content
0.4251

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1174.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1253 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1041.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001244713.1 NCBI
GAUCAGGGGCUUUGGUGUUAAGUAGACCUGAGUUCCAUUUGUGGUUUUG… 3852 nt 0.3907
NM_001244724.2 NCBI
GCUUAGUUCCCAGAGUUGGUAACCCGAGAAGAUGAGCCUUAAGAAAAAA… 3777 nt 0.3926
NM_002874.5 NCBI
GAGUCACGAUGAUGGCGGCCACCAUCCUGUGGUGAGCUAGCGGAUUCCC… 4114 nt 0.4251
Summary

The protein encoded by this gene is one of two human homologs of Saccharomyces cerevisiae Rad23, a protein involved in the nucleotide excision repair (NER). This protein was found to be a component of the protein complex that specifically complements the NER defect of xeroderma pigmentosum group C (XP-c) cell extracts in vitro. This protein was also shown to interact with, and elevate the nucleotide excision activity of 3-methyladenine-DNA glycosylase (MPG), which suggested a role in DNA damage recognition in base excision repair. This protein contains an N-terminal ubiquitin-like domain, which was reported to interact with 26S proteasome, and thus this protein may be involved in the ubiquitin mediated proteolytic pathway in cells. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Sep 2011] CIViC Summary for RAD23B Gene

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.