Basic Information

Symbol
RAD54L
RNA class
mRNA
Alias
RAD54 Like HRAD54 RAD54A HHR54 DNA Repair And Recombination Protein RAD54-Like RAD54 Homolog RAD54 Like (S. Cerevisiae) RAD54 (S.Cerevisiae)-Like EC 3.6.4.12 EC 3.6.1 HR54
Location (GRCh38)
1:46246461-46278482
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003579.4
Sequence length
3078.0 nt
GC content
0.5296

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1076.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1133.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 820.08
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001142548.2 NCBI
AAUGGGUGAUACGACGGCAGCGCGGCGGGAGGUUCGAUUGACCCGGUCU… 2556 nt 0.5211
NM_001370766.1 NCBI
AAUGGGUGAUACGACGGCAGCGCGGCGGGAGGUUCGAUUGACCCGGUCU… 2491 nt 0.5211
NM_003579.4 NCBI
GUUAACGCGCGCUUUGGGAACAGGAAGGUUGAGAGAGAGGUGCUGGGGU… 3078 nt 0.5296
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the DEAD-like helicase superfamily, and shares similarity with Saccharomyces cerevisiae Rad54, a protein known to be involved in the homologous recombination and repair of DNA. This protein has been shown to play a role in homologous recombination related repair of DNA double-strand breaks. The binding of this protein to double-strand DNA induces a DNA topological change, which is thought to facilitate homologous DNA paring, and stimulate DNA recombination. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding the same protein.[provided by RefSeq, Dec 2008] CIViC Summary for RAD54L Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the RAD54L mRNA was down-regulated (0.39-fold) in bone marrow cells 6 hours after 6.5 Gy whole-body ionizing radiation, indicating its involvement in the DNA damage response [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389].