Basic Information

Symbol
ATP1A1
RNA class
mRNA
Alias
ATPase Na+/K+ Transporting Subunit Alpha 1 Sodium/Potassium-Transporting ATPase Subunit Alpha-1 Sodium Pump Subunit Alpha-1 Sodium-Potassium ATPase Catalytic Subunit Alpha-1 ATPase, Na+/K+ Transporting, Alpha 1 Polypeptide Na(+)/K(+) ATPase Alpha-1 Subunit Na,K-ATPase Catalytic Subunit Alpha-A Protein Sodium-Potassium-ATPase, Alpha 1 Polypeptide Na, K-ATPase, Alpha-A Catalytic Polypeptide Na,K-ATPase Alpha-1 Subunit Na+/K+ ATPase 1 EC 7.2.2.13 EC 3.6.3.9 HOMGSMR2 EC 3.6.3 CMT2DD
Location (GRCh38)
1:116372668-116410261
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000701.8
Sequence length
3670.0 nt
GC content
0.5142

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1248.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1318.78 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1049.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000701.8 NCBI
GGAGCUGCGGCGGGGUCUGGGGCGCAGAGCAGCGGCGGGAGGAGGCGGA… 3670 nt 0.5142
NM_001160233.2 NCBI
AGCAGCGGGGGCGGCCCCGGGACUGAGCCGGCAUCCCUGAGCCUGGCUC… 3765 nt 0.5158
NM_001160234.2 NCBI
GAUAUGUAAUAAUGUCUUUGCAAAGCAAAGAAUAUAAACAGUAUAAAAG… 3574 nt 0.4857
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the family of P-type cation transport ATPases, and to the subfamily of Na+/K+ -ATPases. Na+/K+ -ATPase is an integral membrane protein responsible for establishing and maintaining the electrochemical gradients of Na and K ions across the plasma membrane. These gradients are essential for osmoregulation, for sodium-coupled transport of a variety of organic and inorganic molecules, and for electrical excitability of nerve and muscle. This enzyme is composed of two subunits, a large catalytic subunit (alpha) and a smaller glycoprotein subunit (beta). The catalytic subunit of Na+/K+ -ATPase is encoded by multiple genes. This gene encodes an alpha 1 subunit. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2009]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the ATP1A1 was significantly downregulated (0.27-fold) in injured dorsal root ganglia following spinal nerve ligation, as identified through whole transcriptome RNA sequencing and validated by quantitative real-time PCR [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].