Basic Information

Symbol
RALY
RNA class
mRNA
Alias
RALY Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein HNRPCL2 P542 RNA-Binding Protein (Autoantigenic, HnRNP-Associated With Lethal Yellow) HnRNP Associated With Lethal Yellow Protein Homolog Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein C-Like 2 HnRNP Core Protein C-Like 2 RNA-Binding Protein Raly Autoantigen P542 RNA Binding Protein, Autoantigenic (HnRNP-Associated With Lethal Yellow Homolog (Mouse)) RNA Binding Protein, Autoantigenic (HnRNP-Associated With Lethal Yellow Homolog) RNA-Binding Protein (Autoantigenic)
Location (GRCh38)
20:33993632-34108308
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016732.3
Sequence length
6213.0 nt
GC content
0.5295

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2237.73 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2348.16 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1802.55
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((((.(.(.(.((((.(((.((((((((..(((.......(((.....(((((((((((.(((((((.((.(((((((.((.((.....))))))).))))........))))))))).))))))))))).....))).....)))))))))))..)))....))))).)).)))).)))))))(((((.(((..(.((....)))..))).))))).........((((.(.((((((((.(((..(((((((......))....((((.....)))).......))))).))).)))))))).)))))..(((.((...((((((((((.........((..(((.....)))..))..((((((.(....(((((((........((((..((((((......))))))))))((((......))))..(((.(((((....))))))))((.(((...((((((((...)))))))).))).)))))))))((((((.......))).)))((((((((...((((((..(((((((((((((((....(((((.......(((((.((((((.....(((((............)))))....(((......)))(((((.....)))))....)))))).))))).......)))))...........(((((((.(((((.....)))))..)))))))))))).))))))))))..((.((((.((....)).))))))(((((....(((((((((..((((.((((.............((((((.((.....))((((..(((.((((((((((((.((((.((...((((..(((...((((.((.....(((((.((((.....(((..(((......)))..)))......)))).)))))...)).))))..))).))))...)).)))).....((((.((((....((..........))..))))..))))((((.((....)).)))))))))))))))).)))))))))))))(((.((.(((((((((..((((....)))))))))).))))))))..((((......))))..)))).))).)..)))))))))......))))).......((((...((((((((((((((..(.....)..))))((((((((.........(((((.(((((..(((...(((((.((((((.(...(((((.(.(((((((.((((...(((((((((...(((((....)))))...)))).......((((.(((....))).))))((((......))))..(((((((..((((((.....(((.............)))......))))))......)))))))((((.((.(((..(((............)))..)))))..))))..(((.((((((........)))))).)))..((((...))))......((..(((((((((((.(((.((.(((((..((((((((.....((((.((((((((((((((((...((((.((................)).))))..)))))........((((((.((((((......))))))..)))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))))))........(((....)))....((((.(((((.((((.((....)).)))).))))).))))))))))))..))....))))).))))..)).)))))).))))).).)).))))..(((.(((((.((((((......))).))).))))).)))...........)))))...)))..))))))))))..))))))))..((((((((.(((.(((((((((.................)))))...)))).))).)))))))).....((((...)))).....(((((((((((((((((((...(((((((...((((((((.(((((((((((((.....)))....(((...(((((.(((...........(((((((((((.(((..((((((............))))))))).)))))(((((......)))))....((((((...(((((((((.((((.......(((((((((((...............))))........(((......)))...........)))))))..)))).))))))))))))).))....)))))).........))))))))..)))..((.((((((.((((.....))))...)))))).))..(((((.((.((...(((((....))))))))).))))).........)))).))))))((((((.......)))))).((((((((..(((.......((.((((((......)))))).))........((((((.(((((.....(((.(((((((...((.......))....)))))))...........(((((.......)))))...))).....))))))).)))).........((((.....)))))))..)))))))).))))..)))).)))))))....))))...)))))....((((((((((((..(((((((((((((((((...((((((..((((((....((..((((((....(((....)))(((((...))))).))))))..)).))))))((((((.....(((((((((..((((((((((.((((.((((((((...(((................................)))....))))))))(((.(((((...((((..((((..........)))).(((((........((((((........))))))......))))).....(((((.((((.(((((((.((((((((((..(((((.....))).))..(((((((..(((((((...))))))))))))))((.(((((((((((.(((((..((.(.(((((((........))))))).).)).)))..(((((((((((.((((.((..............)))))).)))))))))))((((.(((((.((....)))))))..)))).(((((.((....))))))).....(((.....(((((((((....))).))))))..(((((((.((((...(((.(((...((......))...))).))).))))))))))).))))).))).)))))))).)).)))))))).)).)))))))....)))))))))))))))))).)))...)))).))).))))))).((((.((((((((((((((....))))))))))))....))..)))).......)))))))))....))))))....)))))))))))).)))......))))))))(((.((((((((...........(((((......)))))(((..(((((((((.........((((((.....)))))).((((((.........(((((((((((.((..(((.(((.......((.....))....(.(((((((...(((...)))..))))))).).))).))).)))))))))..))))...(((((........)))))(((((((((.....(((((...))))).....((((((((((((.(((....))).)))))))))))).((((((((((.(((.((..((((((..((..(((((((((.(((((.(((....))))))))(((((...)))))...(((((((....)))))))))))))))).))...)))))))).)))..............((((....))))....))))))))))))))))))).......(((((....((((...))))))))).))))))...)))).))))).))).))))))))..)))..(((((..(((((.((((((........))))).).)))))....))))).........))))))))..)))).)))))))))).........(((....)))..))))))))))...))))((((((.............((((.(((.((.((.((((((((..(((..(.((((.......)))).).))).)))))))).))))))).))))..))))))..(((((((.......((.(((((((...))))))).)).....)))))))(((((((.(((....))).....(((((.(((.((((.(((((((.........((((((((((((...)))).(((((.(((....((((((((((...(((((..(((........))).)))))(((((.(((.(......).))).))))).))))))))))..))).))))).....))))))))))))))))))).))))))))....(((((..((.(((.((((((.(((..((((((....))))))))).))))))...)))...))..)))))))))))).((((((.(((((((((((((((((.(.(((((....).)))).).)))))(((..(((((((((((...))))))))))))))..(((.......)))(.(((((((((.((((((((..(((((........))))).........((((((((..(((((((..((.(((((((.((..(((........((((((...((..((.......))..)).)))))).)))..))))))))).))......((((((.....((((....))))((((.....(((((((....))))))))))).......))))))..............(((((((((...........((((..(((((((((((..........((((((...(((((((((((((.((((.........(((((((((((..........)).))))))))))))).)))))...((((.......))))..(((((....((.((...(((((..(((((((((.(((.((((((((((.....)))))..)))))..)))..)))))......))))...))))).)).))....))))).......))))))))...))).))))))).)))))))...))))))))(((((........)))))(((((.....))))))))))....((((.........((((((.(((((....((((((((...((((((((((((((.((((.((((.(((..((((..((((((((((............................................))))))))))....))))....)))))))..))))(((..((((....)))).))).......))))))))))))))((((.(((...)))..)))).))))))))....)).))))))...))).........))))....)))))))))))))))(((((((......)))))))(((((((((........)))))))))....((((.((((((.((((((((.((....(((.(((((.((........))))))).)))..))..))))))))..(((((.(((((((.......))))......))).))))).((...(((((((((((.(((((((((((.(((((....(.((((........((.((((((((((...)))))......(((..((((((((.....)))....((((((((((...))))..))))))..((((((.....)))))).((((............(((((.......)).))).............)))))))))..)))....)))))..)).........)))).)...))))).))))))))))).).....(((((((((..(((((.......)))))...........)).))))))).....))))))))))...))......(((((..((.......))..))))).((((((.(.(.(.(((((....((((((...........)))))))))))..).).)..)))))).)))))))))).))))))))))))))))).).....)))))))))))).))))))..))))))....))))))))).))))))........))))))))))..)).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{.(((((((((((.{.{.(,(({{|(((.((((((((..(((.......({(..,..(((((((((((.(((((((.((.((({{((,((.((.....})))))).)}}}..}}}...}}))))))).))))))))))).,},.))}..,..)))))))))))..)}}.|..)))}||}}.}))).))))))){{|{{,{{{,.{.{{....||}|,|||{}||||{.....,..||||.|}||||{|||.|||,.{{,,{,,...,||}},...{(((,,,,.}||||,{{...}}}}},))),)))}}}}}{||||{{{{({,{|.,|{{,{{,,{{{......,,.{,..{{{.....|||,,||..{(((,(,{{{{((((((((...,,...,{{{,.||||||,,,,,.})))))}}||((({...,,,|||||..,..{(((({{,{||||{|||{{{{,((({((((((((...)))))))).,,}}}}||,,,,))),}}|.{((((((.(((((.((((.(.......).)))).).)))).))))))}{,(((,((.({{{{((.(((((((,,{((,,.(((.(((((((((.((((((((..{{({{......}}}(((((.....)))))...,||,,,......}.......,{(((.((,{......(((,((({((,{{.....}))))}})))})))))))).},..{{{{{(.{((.((((.((....)).))))))))),))})))))))).)))}.,((((..........))))..}))))).))}..{(((({(((((((.((((((((((((({(((.((,..{{((..{{{...|{((.{{|.,||(((((.((((.....(((..(((......)))..)))....,.)))).))))).,.})||}}}.,|}}.}})}|||}}.}}}).....((((.((((..,.{(........,.}}..))))..)))){(((.||.}}})),))}))))))))))))).)))).))}))))}(((.((.(((((((((..((((....)))})))))).)))))))),,((,,......})))..((({.,,,})}}.{((((((((,...{{.{({{,{.,,.((((...(((((((((((((({.,...,,}.,))}|((((((((,,.......{((((.(((((..(((.{.(((((.((((((.,...(((((.(.(((((((.((((,,,(((((({(,{..(((({....||}}}..(((.....))),((((.(((....))).))))((((......))))..(((((((..{{((((.,..{(({.............,}}......)))})),,,,..)))))))..((.(((((.........)))))..}}.,.,|}|}}}|||||||.{((.((((((........)))))).)))}}||||...},}}......((..(((((((((((.(((.((.(((((..((((((((.....(({{{((((((((((((((((...((((,((...,............)).))))..)))))........((((((.((((((......))))))..)))))))))))).)))))))))))))))))))))).)))))}},.,,{{{(,(((....)))..,}||||,(((((.((((.((....)).)))).))))).},))))))))))..))...})}))),))))..)).)))))).))))).|.}}.}}})..(((.(((((.((((((......))).))).))))).))),,.........))))).}.)))..))))))))))}.))))))))}.{(((((({.(((.(((((((((.................)))))...)))).))).}))))))}....,((({,,,)))),,,,.((((((({{{{{{{{((((..,(((((({...{{{{((((.(((((((((((((.....)))....{{,...{{{{{{{{{..........,{{{{{{{{{{{.{{{..((((((........,...}))))},}),))))){{{{(.,.,,,}|}}|....{,,.{{.{((((((((((.((((.......((((((({(((...............}}})........{{{......))}...........)))))))..)))).)))))))))))}|,|..|,.|})))}.,}...,,,))))))))..)))..((.((((((.((((.....))))...)))))).))..(((((.((.((...(((({....})))))))).))))).........)))).))))))((((((.......)))))).{(((((((..(((....,,.|{,((((({......}))))).)),.......{(((((.(((((.....{{,,(((((((..,({{{{....)),.}}}})))}},,.........{((((.......))))}...|)),.,,,)))))}}.)))}......||,((((.....)))})))..)))))))}.)))).,}}}},})))))).|..))))|..}}}}|....,(((((((((((..(((((((((((((((((.,,((((((,,((((((....{(..((((((.{{,,((,,,.}},|||||.,,)})}}.,)))))..)).))))))((((((.....(((((((((..((((((((((.((((.((({,,.|}}}..((((((.{{,....,....(((...........)))....,||,,,,,,,,.,.,.,....))))))......(((((((..(({..(((...{{{{,((((((........))))))........(((((.(((((((((((({...,|))}((((((((((..(((((.....))).})..(((((((..(((((((...))))))))))))))((.(((((((((((.({(((..((.(.(((((((,.......))))))).).)).)))..(((((((((({.((((.{(.,.......,....}})))).})))))))))){(((.(((((.((....)))))))..)))}.(((({{({....}))))))....,(({.....(((((((((....))).))))))..(((({{{{((((,..(({.(({...((......))...))).))).))))))))))).)))}).))).)))))))).)).)))))))).))}))))))))))))).)))))))).,))))))))))..)))).)))}}}))))).((((.((((((((((((((....))))))))))))....))..)))).......)))))))))....)))))),,,.)))))})))))).)))......))))))))(((.((((((((..,,....,,.(((((......))))){{{..{((({((((.........((((((.....)))))).((((((.,,....({(({,{((((({.{{..(((,{({....}}}}}}..,,{{....(.(((((((...(({...})).,))))))).),)))})},.))}))))}}..|{((({{(({({.....,{{||...(((((((({.,{..(((({...})))).....((((((((((((.(((....))).)))))))))))).((((((((((.{{{.((..((((((.{({..((((((((({(({,,.(({...,{|{|||,,(((((...})))).,,)))}}|,}})..,,)),)))))))))).),,}.)))))),}.}||.{........},,|{{{{...,))))..,,))))))))))))))))))).......,{|||,,,.,|||}}}))))))))}.))))))...)))),))))),))).))))))))..)))..(((((..(((((.((((((........))))).).)))))....))))).........))))))))..})))})))))))))),.}},....(((....)))..))))))))))...))))((((((.............((((.(((.(,{((.{(((((((,{(((....((((.......)))).)}))).}))))))}.))))))).)))),}))))))..(((((((.......((.(((((({...})))))).)).....))))))),}||(((.{(({....,...,,,(((({{(((|,.,,))}))),))})...|}}}||||||||||,||}}}))}}}|,,}}}.}})))}},))})})),}},.))).,||,,....,{{{,.|||||||,||,|,,,((({.........})))}))}}))})))),},))))},{{({,.(((({.,.,))))),}))))|||||{{,....,|||.({{{.,,,..((((((.(((..((((((....))))))))).))))))}.)})).,})}||}}|((((((((,,(((((({(((((({{{{{{(((((.(.(((((....|.|}}}.}.||}||((,{{{((({{(((((,,.|}||}||||||{{{.,{({{,.{|{,|||{..,||||)}},|||{||||..|||||}}},.}}}}))}}|,|||.|}.||||{||{|||{{{,|,,,,..,,.|||{||||{{{{,....||||{{{{||,.||..||}}|,,.|}}{{{{{|((|((((({.{{{(({{{{{{,{,,{,,,(((({{.,|,.,|||...|||||{{{{.....{((((((,...})))))))}},.......})))))}..............||||||||,,{,,,,{{,|{|||.|{{,{{,,,,,|,|}},}}||,{{{,|{,|||,{{|,,,})))..||{|||..{{{{{((((,,,||}|}}}},.}}}.}}.))))))))))))))}))}))},})}}}}}}}.}}})}.,}}})}|{,{{{||{,.|{|,((,{,{({(((((.{((.((((((((((.....)))))..))))).})},..))))).,,.,,)),},.|})}||{||....}}}){{|{{{..{{{{{{{|||,...(((({|....}.)))))(((((((,..,||((,(({{{..,,.((((.(((((.....)))))..))))...}},.........{(({({,,||,{{{((({({,,,,|,..{(((((((((((((.{{{{.(({{{(((..((((..((((((((((............................................))))))))))....))))....)))))}}..}},,(((..((((....)))).))).......))))))))))))))}|||.||....|},..,}||||||,.||{{((..,.)))))}}}}))|||,...,,{{|||..{{||||||}||||,,||(((((((......))))))}(((((((((........)))))))))|{{{((.,.((.((((((((((((.{(....(((.((((({{,......,,,}))))).)))..})..)))))))).)))}..}|..{|||.......))))....,,))}))))}}}}}||||({{(({,{,.,(({{{{{{{{{.(((||.,}}}}|||,.,....}}}}}|..,.(((((...)))))....}}|||.}}}|||}}|}}}.........((((({((((...))))..})))))..((((((,...,)))))).((((......,{....(((((.......)).)))....,,.......)))))))))}.))),...)))))},{{.,{({........})}}}))|||{|}}}}||||}|{{,,..{((((..,}))}|{||{,,,.,,,)}}}),,,........}}}})))))}|.,}}},}})))}))}}))),))}}||||,..,)))))}}}))))})}}...,,})))}|,|,,.{(({{....((((((...........)))))))))))}})}}}),.})))))}})},))),,,})))))))}}}}}|||},,|.,...}},}}},))))).)))))),||,,,.,..,,}}}})}},,.}}}}}}........}}}))))))}.,)},)}}..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_007367.4 NCBI
GUCAGUGCGGCGGGGCGCGCGAGCGGCGCCAGCUCGGGGCAGCGGAACC… 6165 nt 0.5301
NM_016732.3 NCBI
GUCAGUGCGGCGGGGCGCGCGAGCGGCGCCAGCUCGGGGCAGCGGAACC… 6213 nt 0.5295
Summary

This gene encodes a member of the heterogeneous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP) gene family. This protein may play a role in pre-mRNA splicing and in embryonic development. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.