Basic Information

Symbol
RAPGEF2
RNA class
mRNA
Alias
Rap Guanine Nucleotide Exchange Factor 2 PDZ-GEF1 KIAA0313 PDZGEF1 RA-GEF PDZ Domain Containing Guanine Nucleotide Exchange Factor (GEF) 1 PDZ Domain-Containing Guanine Nucleotide Exchange Factor 1 Rap Guanine Nucleotide Exchange Factor (GEF) 2 Neural RAP Guanine Nucleotide Exchange Protein Ras/Rap1-Associating GEF-1 Cyclic Nucleotide Ras GEF DKFZP586O1422 CNrasGEF RA-GEF-1 NRap GEP NRAPGEP RA(Ras/Rap1A-Associating)-GEF Rap GEP Rap-GEP RAGEF
Location (GRCh38)
4:159103013-159360174
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001394067.2
Sequence length
8101.0 nt
GC content
0.4798

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2660.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2815.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1705.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.(((((((((.((((....((((.((((((.((((((..(((((..((((...(((((.......))))).....))))))))).((((((((((.(((((((((((((((((((...(((....))).)))))))).))))....))))))).)))))))))))))))).)))))).))))((.((....)).))......((((((((((((.(((.((((...((((....)))).)))).)))))))).....))))))).))))))))))))).)))))((((.((.(((((((.((((....(.((....)).)....)))))))).))).)).)))).(((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((..(((((.(((((((..(((.(((((...........(((((((.(.((((((..(((...((((((........)))))).)))..))).).))).)))))))..(((((((...(((((.(.((((((((((.((.(((((((((((((...)))..))).)))))))....)).))))))(((....)))..((((((.......))))))...)))).))))))...)))))))))))).))).........))))))).)))))..)).)))..)))).........)))))).)))))..)))).......)))))).)))))(((((.((...))))))).((((((((.((((((((((((......)))))(((((.....(((.((((((((((((((((((((((((.(((...(((((((.((.(((((((..((((((((((((((((..(((((...(((((.(((.((((..(((((.(((.(((((((...((((....)))).)))....((((((.(((((((.......((((((((....)))))..))).......))))))).))))))))))..))))))))..))))))).)))))...(((.....)))(((((..((((((...((.(((...))).))))))))..))))).)))))..).))))))))).....(((((..((((((((((((.((.(((.....))))).))...........((((...))))((((((.......))))))...))))..)))))).)))))....((((.......))))..))))))..)))))))..((((((((((.(((.((((((((((.......))))..((((((((((.(((....((((((((((.((.....((((((((.((((((((((((((...((((((((((((......((((.(((((((((..(((...(((((((((((((((((((((...(((.((((.(((((((....((((((((...(((((((((.(((((...((..((((((((.....)))))))).))...)).)))))))....((((((....))))))......)))))..))).))))).......))))))))))).)))((((((((((((......((((((((.....))))))))))))..))).))))).)))).))))).....)))))))))))))))..))))))))).))))............((((....))))......((((((...(.(((((((((.....((((((((((((((((((....))).))))((((((...(((...)))...)))))).....)))))))))))...))))))))).)....)))))))))).)))))))).....(((((..((((((.......(((...(..(((((((...)))))))..)(((((..(((((.(((..((..((((....(((...(((((..(((((.((((((..((((((((..(((((((..((((((((.(((...(((((((((((....((((...))))....))).....(((((((((((((......)))))))..........))))))(((((.((.....)).)))))(((..((((..(....)..))))..)))(((.(((((..((.......))..)))))..)))))))))))....)))))))))))(((((((((((.(((((.(((((..((((...........))))..))))).)))(((..((((((((..((.((((.(((((((((((((....((((((((((..(((.((.((((...((.....))..)))).)))))............((((((((..........((((......)))).....((((.((......)).))))..((.((((((((((((.(((((((.((........(((((((((((.(((.....))).))))).(((((((.((.(...(((((....((.((((.((((.((((((((((..((((((((..(((((.......)))))..(((((((((((((((((((((((((((((((((........)))))...)))))..)))))............)))))))))))))))))))))))))))))).......(((..((((((((.....(((....)))))))))))..)))...)))))).))))...))))))..)))))...).)).))))))).......................))))))......(((((......(((....((((((..........))))))...)))..)))))..)).))))))).)))))))))...(((((...((...))..)))))...(((((.....(((((.((((.....((.((((((((((......((..(((..(((..((((......)))))))....)))..))........((((............))))....)).)))))))).)).........(((((.(((....))).)))))..........)))).)))))((((...........)))).........))))).))).)).)))).)))).))))))))))...)))))))....((((((((((((.(...((((((....................((((((.((((........(((((....((...((.....)).))...))))).)))).))))))...........((((.(((((..(((.((((..((...((((.(((...((((((((.(((((.(((.(((.........))).))).)))))..((((.........)))).))))))))......))).)))).......(((.....((((((..((.((..(((((...((((..((...((((..((((((((...((((((((((......)).......)))))))))))))).))..))))...))..))))...))))).)).)).)))))))))))..))))))).)))))))))...))))))...).))))).)))))))..((((((((((..((.......))..))))))...)))).....)))))).)))).))...)))..(((((((.......((((((((......(((.(((.........))).)))))))))))...)))))))((((((..(.(((.(((......))).))))..)))))).(((...(((((((((.....))))).)))))))....)))))..))).((((((...(((...((((((........((((((((.(((((((((...(((.....((....))......))).))).)))))).))))))))..((((((....))))))((..(.(((((.....))))))..))......((((.....(((((((...........)))))))....))))....(((((....((.((((((.(((.......))).)))))).))..)))))(((.......)))..)))))))))...)))))).....((((((....))))))......))..)))))))))))......)))))))..))))))))....(((......))).....))))))..)))))))))).)))....))))))..))).)))))))))).......((((((((....((..((((((((((......)))))...(((((....(((......))))))))....)))))..))...)))))))))))......)))))).)))))(((....)))....))))))))))).((((..(....)..))))))).)))))))).....))..)))...))))))))))..)))))))))).....((((((........))))))...(((.....))).......(((((.((.(.(((((((((................(((((((...((.(((.....))))).....))))))).............((((((((((....((((.((((...(((....)))....(((..((((((((.............))))))))...))).((.((((((((.......)))))...))).)))))))))).))))))))))(((((((.(...............).)))))))...((....))....((........))..............)))))))))).)).))))))))))).)))))))..))))))......)))))))))..))).)))))..(((.((((............((((((...........(((((((((....)))))))))))))))....)))).)))......((.((((((.((........)).))))))))..))))))))))))))).))))))).((((((...((.......))....))))))))))).(((((((((((((((..............(((.....(((((.....)))))...)))(((((...((((((..(((....)))...((((.(((...)))))))..(((((((.(((((.((((.............(((((((....(((.(((((.((.(((..((.((((((......((((...(((((((((((((((((..((((((..(((....)))...)))))).)))))...)))))..............(((((((........))))))).........)))))))..))))(((((((....))))).))...(((((((((((((((((((((((((((.....((((...)))).....)))...)))).)))))).((((....(((.((.(((((((...(((((((...((((((((((((..(((((((((......(((((((((((........))).)))))))).......))))))))).....((..............))..))))))))).)))...))).)))).)))...)))))).)))...)))).....)))))).))))))))(((...((((((....(((..(((((((........((((.(((((((((((...(((((((.((.(((((...((((((((((....(((((....))))).........((.((....)).)).((((.(((....)))))))...............))))).)))))......((((((..((...((........)).))..))))))))))).)).)))))........))...)))))).(((((((((.....(((.((..((...)))).))).......)).)))))))........((((.((((....)))).)))).....((((.((........)).)))).(((.....)))))))).)).)).....)))))))......((.....)).....)))....))))))..))).)))))).)).))).)).))))).)))..))))))).((((((((.(..((.(((.((((((((((((((((((((((((.((((((((....))))).)))....))).((((((.(((........((((((.((.(.(((((........))).)).))).))))))...........)))))))))...))))))))..)))))).))))))).)))))..).))))))))....(((((((.(((...))))))))))....))))))))).)))))))......))))))...))))).(((.((((((((...............)))))))))))....))).))))))))))))...........(((((((.......)))))))......((((....((((((((((((.((((((((((((((..((((((((...(((....)))((((.(((((......((((((((...))))))))...)))))..)))).......((((........))))..))))))))..))))........)))))))))).)....((((((.(((((...(((...(((((....((((((((((((((......((((((((((.(((((((..((((............))))..)))..)))).)))..)))))))((((((..(((((((((.((((((((.....)))))).....(((((((.(((((.(((((......((((((((((((.((.((........)).))))))))..)).))))))))).)))))....(((.((((.((((((...((((...(((.(((.......(((.((((.((((((((((((........))))))))))))))))..))).....))).))))))).)))))).)))).)))(((((......)))))))))).))(((((((((.(((((((..(((.......))).)))))))))))).))))..)).)))).)))))....))))))((((((((((..((((......)))).)))))))))).....................))))))))))))))..)))))...))))))))))))))((((((.((((((((.((.((..........)).)))))))))).))))))...(((((...((.....))...)))))..)))))).)))))......))))........((((.....))))....))))))).)))))))).)))))))).(((((((((((((......)))))))))......((((((((((..(((((((.(((.......))).)))))))..)).(((((((((((..((........(((((((.(((.....(((((((.((((((...(((((((......)))))))....)))...))).)))...........((((((.((((....))))..)))))))))).((((.......)))).........((((((((...))))))))........((..(((((((...((..(((((.(((...(((((((......)))))))....(((((((((((((.....................))))..))))).)))).....(((.((((((((.((.((((((......))))))..)))))))))).))).......))).)))))..))..)))))))..))....((((((..((((.(((......)))...))))........))))))((((((.....)))))).))).)))))))......((((((.......)))))))).))))))........)))))(((((((((((....((((.....))))......(((((.((((.((((...((((((((...)))))))).))))))))..)))))....(((((((...))))))))))))))))))....(((((((((..((((((.((((((......)))))).)))).)).......((((((((....))))))))........)))))))))))))))))..))))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((.(((((((({{((((....((((.((((((.((((({,.(((((,.{(((...(((({.......))))).....))))))))).((((((((((.(((((((((((((((((((...(((....))).)))))))).))))....))))))).)))))))))))))))).)))))).))))((.((....)).))......|||((({(((((,{((.((((...((((....)))).)))).))))))))}}},||}}}})),))))))))))))).)))))((({,(((({(((((.(((({,..(.((....}}.)....))),))})}})}}))))))).(((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((..(((((.(((((((.,(((.(((((.........,.(((((((.(.(({(((..(((...((((((........)))))).)))..))).}.))).)))))))}.(((((((..,(((({{(.((((((((((.((.(((((((((((({...)))..))).)))))))...})}}))))))(((....)))..((((((.......))))))...)))).)))))).,.)))))))))))).)))........,))))))).)))))..)).)))..)))).........)))))))))))).})))).......)))))).)))))|{{{(,((,,,|.}|||}.((((((((.{(((((((((((......)))))(((({{{{..(({,((((((((((((((((((((((((.(((...(((((({{((.(((((((..((((((((((((((((..(((((...(((((.(((.((((..((((({(((.((((.(.((((,((({..{||.{{{{{{{{((((,,.,{{(((({{...}},}|||,|..,..)))))}))))))....,)))))),}))),),))))..))))))))..))))))).))))).,,|(({((.((((((.......)))))).,}})))(((((((|....)})})))))..)))))..).))))))))}.....(((((..((((((((((((.((.(((.....)))})})}....||...,.{{{{...))}}((((((.......)))))}...))))..)))))).)))))...,{(((,....,.))},.,))))))..)))))))..((((((((((.(((.((((((,,{{.......}}||,.((((((((((.(((....(((((((,((,,{,,.{,((((((((,((((((((((((,{...((((((((((((.,....((((.(((((((((..{{{...(((((((((((((((((((((.,{((((({.{,.{(((({|,.,|||{((((...{({((((((.(({{{...{{,.((((((((.....)))))))).}....}),)}}))))}...{(((((....)))))}.......,}}}.,|}},,,)))...,,,,}},}},,,,}}..,.{(({((({,,,,,,||..((((((((.....)))))))),,)),.})),))))).)))).))))}....,))))))))))))}}}..))))))))).))))...},..{{,.,({{{....))}),,....((((((..,(,(((((((((.,...(((((((((((,,{{(((,..,}}},||,|,,,|||...,||.,,})|,..}}}}},,,...)))))))))))..,))))))))).),}..))))))}))},))))))))...,|{{{{{,{((((,......}}}}}...{..(((((((...})))))),.}(((((..(((((.(((..((..((((....(((...(((((..(((((.((((({..((((((((..(((((((..((((((({,(((...(((((((((((....((((...))))....)))},...(((((((((((((......)))))))..........))))))(((((.((.....)).)))))(((..((((,,(,...)})))))..))){({.(((((..((.......))..)))))..))}}}))))))....))))))))))}(((((((((((.(((((.(((((..((((...........))))..))))).))}..((((((((((,..{{.,,,(((,,{(((((((((....((((((((((.,{,,,{{.((((,..({..,,.},..,}}}.,))),....,},,..,,((((((((.,....{{.{((((......))))}..,,{(((.((......)).))))..((,((,(((((((((.(((((((.((,.....,}|{{{{{{((((.(((.....})}.))))}.(((((((.((.{...(((((....((.((({.((((.((((((((((..((((((((..(((((.......)))))..((((((((((((((((((,,,,.((((((((((........)))))...}}}))..,,}}},,.,,}}}....)))))))))))))))))))))))))))))).......(((..((((((((.....{{{....,,,))))))))..)))...}))))).))))...)))}))..)))))...}.)).)))))))....|,.........}}}.},..}}}}}}....{{(((((......(((....((((((..........))))))...)))..))))}.,)).))))))).))))))))).,.(((((((.((...|,..}},,.}).,|||}}},..((((({((((.....((.((((((((((......{,.{((,..,,{,.((((......)))),}},...,}}.,|},.......{,,|,,..,,,,,...}))}....))},))))))).)}.........(((((.(((....))).)))))..........)))).)))))|,{{,,,,,.....,||||,{........,,,,.))),)),)))).)))).))))))))))...))))))}.(((((((((((((((.(...((((({........,,..........((((((.((((........(((((....((..,((,....},.))...))))).)))).))))))...........((((.{((((..(((.((((..{{.{,((((.((({{{((((((({.(((((.(((.(((.........))).))).)))))..((((.........)))).))))))))..,}}.})).)))}..,,...{{,...,,((((((..((.,,..(((((...((((..((...((((..((((((((...((((((((((......)),......}))))))))))))).))..))))...))..)))).}.))))).,,.)).))))))))}))..))))))).))))}))))...})))))...).))))).))))),,,)))).((((((..((.......))..)))))){(({..((((((({..{{,.{{{...........)))}}))))))))...})))|....,}}},.)))...))...}).)))))))).(((({{({(((({(({.{{(((((.((((((((((((((((.,,,,..,{{{,..{{,|{{,{|,||{{|.....})))).,,,.,},))))}}}}),,))))))).))))).....}},.|||,.......(((((({|.|{{{..{{{,,.,.......((((((,,,,..{{{{.,{,(((((..,.})))).}}..{||||,....,})))){|.,|.{((({.....))))),..,,....))))))..}}}{{|||}}}))))).})))))))))).......{{{{{(((((....((.(((({{.{{{.......}}},|})))).}).,)))))(((.......)))..))}))|{{.,,.))),,,,....((((({....}))))).....,}).,)))))))))))......)))))))..))))))))..,,(((......))).,...})))))..)))))))))).)))....))))))..))).))))))))))||..,..{{{(({((....{{,.{{{{,{{(((,,....})))),,.,,,(({{{{({{.(((......)))..))})))),..}}...))))}))).....,...,))))).},}}|(((....)))}...}|||||||||,.{{{{..{.,,,),,))))))},)))))))),.},}})}}}}}...))))))))))..))))))))))..,..((((((........))))))...(((.....))).......(((((.((.(.(((((((((........,.......(((((((...((.(((.....))))).....))))))).............,(((((((((....((((.((((,,.(((....)))....,{{,,((((((((.............))))))))...}}}.,,.((((((((.......)))))...))).)})))))))).)))))))))}(((((((.{...............).)))))))...((....}}.},.{{........))..............)))))))))).)).))))))))))).)))))))..))))))......)))))))))..))).))))).,(,,.,||.........,{{,.,{{{{..........,(((((((((....))))))))))}}|||,,..,|,...,}.....,{{.((((((.((........)).)))))))}..))))))))))))))).))))))).,.,.||})}}}...,{{{((((....,{|||}},|,{((((((((((((((.........,,..,(((.,...(((((.....))))),..)))(((((...((((((..(((....))),,.((({,(((...)))))))},(((((((.(((((.((((.............(((((({...,(((.(((((.((.(((..((.((((((......((((...(((((((,((({(((((.{((((((..(((....,))...)))))).))))}.,}}}|||...,.....}},..{((((((........))))))}...,,,...)))))))..))))(((((((....))))),}}.,.(((((((((((({{((((((((((,({.....((((...)))).....,,,...)))).)))))).||{{....,}||((((...,}}}}.{((((((.,.((((((((((((...((((....))))..(((((((((((........))).))))))))....,,,{||,||||,..|||,{.....,},,..,.,},..))))))))).))).,.)))},))}...(((((((.........))))))).,|||||}|,|}}}})))|||,,.{(((((.,.{(((..(((((((.,.....,{{((((((((((...((,.{{{||}...|,,||{{...{(,{,,{|,.....{||||....})}},.........{,{(.((...((((((((((.{.....{(({{((...(({.((.....}),)))...)))))}...,}.)))))))))).)}.})}..},..)))))))))).{|||..,.|(({,..{|{....,,{,.,|||}}((((((({{.....{{{,{{,.({...},}),))}.......)}}})))))).},}.,,{((((.((((....)))).)))).....((((,{{........)}.}))).||,...{((|...}}},,},)}.}}.,))))))).....}}})}..|||......)}...,))))))..))).)))))).)).))).)).))))).})),,))))))).|{((((((.(,,({.(((.(((((((((((((((((((((.,(.{{,{{{{(...,}}|}}.|}},,.,,,,.{{((((.(((........((((((.((.{.{((((........))).)).,)).)))))).,.......},))))))))),..))))))),.,)))))).))))))).)))}}..),))})))))....(((((((.(({...})))))))))....))))))))).))))))),,,...))))))...))))).(((.((((((((....,..........)))))))))))....))).)))))))))))},,,,,.,,,..(((((((.......)))))))......(((({{..{{{{{,,{{{((.((((((((((((((..((((((((..,{..,{{{{{.,,{,.(((((..,{..((((((({...}))))))).,,)))))..))))},.,...((((........))))..))))))))..)))))}......,})))))))).)}..,((((({,(((((.,,((,...(((((..,.(((((((((((((({{{,({((((((((((.(((((((..((((..,,....,,..))))..)))..)))).))}.,))))))){{{(((,.(((((((((.((((((((.....)))))).....(((((((,(((((.((((,.....{((((((((((((.((.((,....,.,)}.))))))))..))}})))))))).)))))....(((.((((.((((((..,({({...(((,{,....,},}}|,.((((.((((((((((((........)))))))))))))))).{{{{{{...,)))))),)),.)))))).)))).))){((((......)))))))))).))(((((((({{(((((((..{((.......))).))))))))))))},)))..)).)))))}}))).}},}}}||}((((((((((,,(((,...,,,))}}.)))))))))).,........,.,,,},,,,.})))))))))))))..))))).,,))})))))))))))|(((((.(((((((||((.{{.,........}).)))))))))).)))))}....,,,|},}}|}..,.||...,|},...})))))})))),......))))}}}.....((((.....))))....))))))}.)))))))).|||||}}}.||||(((((((((......)))))))))....{,((({{{((({..(((((((.(((.,....,))).)))))))..}|||,,||.|||,,,.|,{{{{{......}}|||,,.,..,,,,|}}}}}}}}}}....,{((((({{,..,||||(((((((((...(((....))).}}....,((((((((.((((((((((((((.,((((((..((((.......))))......||,((((((({...}))))))).||.....{{..(((((((...{(..(((((.(((...(((((((......)))))))....(((((((((((((.....................))))..)))))))})).....(((.((((((({,((.((((((......))))))..)))))))))).))).......))).)))))..)}..)))))))..))....((((((..{{{,.{({.{,...,}}...)}},.....,..)))))}{(((({.....}))))}..|{((((((|.,.,.,.(,(((,...{{{.{{|,.....))),))}....}}),),..,}}))))))}}})))))}..)))))))))..))))))))))))),.(((...((((((({...}))))))).)))))))))})},,.....{((((({...)))))))...,,|||||.,{,||||||,,,..,|||{{|,|||||{......}}}|||,||||,.........{((((({|....))))))))......},}))})))}))))))))),}))}}....,{.....,,.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001351724.5 NCBI
GAGGAGCGGCUCCGGCGGCCGGAGAAGGCGCAGGAGGAGGAAGAGGCGG… 8176 nt 0.4802
NM_001351725.2 NCBI
GCCUUUCGUGGAAAGCUCACACUGGCAGAAAGUGCUCUUGACCCAACUU… 6889 nt 0.4361
NM_001351726.3 NCBI
GAUCUUUGCUGGUUUAGAUUGUGGCAAGAGAGAAAAACUGCUUGCUCUC… 6805 nt 0.4351
NM_001351727.4 NCBI
CUCUCCUUUUCUUUUGCCUCUUGUUCUUCAAUCUCAGAAAUGAUCUUGU… 6956 nt 0.4344
NM_001351728.4 NCBI
CUCUCCUUUUCUUUUGCCUCUUGUUCUUCAAUCUCAGAAAUGAUCUUGU… 7004 nt 0.4345
NM_001394067.2 NCBI
GAGGAGCGGCUCCGGCGGCCGGAGAAGGCGCAGGAGGAGGAAGAGGCGG… 8101 nt 0.4798
NM_014247.5 NCBI
CUCUCCUUUUCUUUUGCCUCUUGUUCUUCAAUCUCAGAAAUGAUCUUGU… 6881 nt 0.4335
Summary

Members of the RAS (see HRAS; MIM 190020) subfamily of GTPases function in signal transduction as GTP/GDP-regulated switches that cycle between inactive GDP- and active GTP-bound states. Guanine nucleotide exchange factors (GEFs), such as RAPGEF2, serve as RAS activators by promoting acquisition of GTP to maintain the active GTP-bound state and are the key link between cell surface receptors and RAS activation (Rebhun et al., 2000 [PubMed 10934204]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.