Basic Information

Symbol
ATP2A1
RNA class
mRNA
Alias
ATPase Sarcoplasmic/Endoplasmic Reticulum Ca2+ Transporting 1 SERCA1 Sarcoplasmic/Endoplasmic Reticulum Calcium ATPase 1 Calcium Pump 1 ATPase, Ca++ Transporting, Cardiac Muscle, Fast Twitch 1 Endoplasmic Reticulum Class 1/2 Ca(2+) ATPase SR Ca(2+)-ATPase 1 ATP2A Calcium-Transporting ATPase Sarcoplasmic Reticulum Type, Fast Twitch Skeletal Muscle Isoform EC 7.2.2.10 EC 3.6.3.8 EC 3.6.3
Location (GRCh38)
16:28878405-28904466
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004320.6
Sequence length
3493.0 nt
GC content
0.5855

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1373.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1431.81 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 773.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((.(((((.(((...(((.((((...((((((((((((((...........(((((((.(((((((......((((.......((((....((((((.(((..((..(((((.(((..((..(.((.(((...))))).)..))....(((((((((((..((.(((..(((((((.((...((((((((....)).....(..((((....((((((((....(((((((((((.(..........))))))))))))....))))))))...))))..)......))))))..)).))))))).))).)).((((....)))).)))).)))))))...(((.((((((...(((....))).))))))))).....(((((((((.(......)))))).)))).(((((((.(((((((..((.....))..))))))).)))))))....))).))))).)).)))..))))))..))))...(((((((....((((((.(((...((((.((..(((.....))).((..((((.(((((((((....((((..(((((((((((((((((.....))))))((..(((((((.(((..(((((...))))).((((.((.((((((((.((..((((((((((........(((((.....((.(((..((((............(((.(((((..(((..((.(.((..(((((((...(((((((.(((((((........((.(((((.(((((.................)))))..((((((......))))))))))).)).......(((((((((.((((.(((..(((.(((...((((....))))...))).))).(((((((.(((((.(((.((((((((.(((((..(((.((((.....))))((((....))))(((((.(((((((((...))))))))).)))))..)))..))))))))))))).)))))).........(((((((...(((....)))..(((((((((((((((((((.(((((..((((.............((((.(((..(((..((((((((.........(((....)))))))))))..)))...))))))).(((((..((((((((((((((........)))))).(((((...))))).(.(((.....((((..(((((((((..((((.........))))(((((((((...((...........)))))))))))....((((....(((((.(..(((((((((....)))))))))..).)))))......))))...((((.((..((.(((((((.((.((.((((..(((((.......(((((((((((((((((((.......((((((.(((((.(((((.....)).))).(((.((..(((.((((((((........)))))....))).)))..))))).(((.((((.((.(((((((...((((((((..((...(((..(((.((....)).)))..)))))..)))))..(((((((.......))))).)).......)))..))))))).)))))).))).........(((((((......)))))))....(((((((.........)))))))...)))))))))))......((..((((.(((.(.(((((........))))).).)))))))..))(((((((((.(((.(((((.(((..((((......))))((((..(((.((......)).)))))))..........(((((((.((((((..(..(((((((..((((((((...((..((...))..)).))))))))..((((.......))))..(((((.(.....(((((.(..(.(..((.((((....))))))..).)..))))))...).)))))((((((((((((((((.(((..(((((......)))))...((((((...(((.(((((((((...((((((.(.((.((((((....)))))).)).........((((.......))))...).))))))...))))..(((((.......)))))((((.(.((((((.((((....)))))))....))).).))))(((...)))...))))).)))))))))))).))))))))))))...)))).(((((.(..(((.(((((........))))))))..)))))))))))))..)..)))))).)))))))..))).)))))))).))))))))))))))))......))))).)))))))...(((((((.(........).)))))))...((((((.(((((((((((((.((((........(((((((((.............)))))))))))))))))))))).)).......)).)))))).....((((((((...(((........))).)))))))).....)))))..)))).)).)))))))))))..)).))))........))))))))).....)))).....))).).))))))))..)))))...(((..((((...........))))..))).......))))..)))))...)))))))...))))))))).))).))))))))).)))))))......(((((...(((((((((.....((((((.....((((((((((((((.(((.((((...((.(((.(((((.....))))))))))))))))).)))))).)))...)))))...))))))((((((..(((...((.((....)).))...)))..))))))..)))))))))..))))).))).)))).)).))).))))...........)))).))))))))..))...))))))).))).))..)))))))).)))((((.((((...))))..))))))))....))).))..))))).......))))))).)))..))....)))))))).)).))))..)))..)))))))...)).))))....)))))))..)))).))))))))).))))..))...)).)))).((((....)))).((((((.........))))))(((((((........(((((...........))))).......)))))))..(((((((((..((.(((((((.....((((...(((((......)))))..))))...(((.......)))...))))))).)).....)))))))))......))))))))))))))))......(.(((((............))))).)..)))).))))))).)))))))(((.....))))))))))...((((((((...((((((.........)))))).)))))))))))))))))))..))))))))))).)))..................(((......)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((.(((({,(((.,.,(,.((((...((((((((((((((.,......,,.(((((((.(((((((......({{{.......((((....((((((.(((..{{..(((((.(((..((,.,.{{.|||...}}}}},}.,||....((((((((((,,,{(,(((..(((((((.({.,.((((((({....}}.....,..((((....((((((((....(((((((((((.,...,,...,,})))))))))))....))))))))...)))),.}.....}))))))..)).))))))).))).)).((((....)))),)))).)))))))...(((.((((((...(((....))).))))))))).,,..(((((((((.{......}))))).)))).(((((((.(((((({..((.....))..})))))).)))))))....))).))))).)).)))..))))))..))))...(((((((....((((((.(((...(((({((..(((.....))).{({.((((.(((((((((....((((..(((((((((((((((((.....))))))((..(((((((.(((..(((((...))))).((((.((.((((((((,((..((((((((((..{.....(((((.....,....((((((.,{,,,(((.{......}.))))})}...({,....,,)}}.)))))),,,{{...{({...,..,,}.,.((((((((,{,.,{...{{{{{{.((((.....,))}},((((......})))|||||||{,,|,.....{((((((({{.((((.{((,,,{{{(((({{({{{,{|,|}||,|,|||.,..,|((({((.|{(((.(((.(((((((,{(((((..(((.((((.....))))((((....))))(((((.(((((((((...))))))))).)))))..)))..))))))))))))).)))))}........,|{{{{{{...{{(....})),.{{(((((((((((((((((.(((((.,(((,........}}}}.,|,(,(((((.(((((((((((.....((((..((((..((.,.(((..(({((...{((..(((((.((((.,.,..((((.(((({{(.....(((....))).....)))))).))))..}.,)))).)))))}}|.,..,(((,{{{{,...,}},(((((((((...,,...........},))))))))),,..||}},...(((((.(..(((((((((....)))))))))..).)))))....(((.(((((((((((....(((((((((.(((...{.((((((.(({{.....(((,...(((((.(((.((.{{....((((((.(((((.(({(({....,)}))),(((.((..(((.((({{(((,.,,,...})))),,,,))).)))..))))).(((.((((.((.(((((((.{{((.(((((..{(...(((..(((.((....)).)))..)))))..)))))..(((((((.......))))).))....},,)),..))))))).)))))).))).........(((((((......)))))))....(((((((.,.....,.)))))))...)))))))))))..}})).))).)))))...,,)}).......})))).)))))).}.)))))).))))))....,,,(((...........))),|||((((((.....))))))},}...))))))))))).))).....,(((((({((({{(..({{,{(((((..((((((((...((..((...))..)).)))))))).,((((.{,.,,{|||,..{((.({({{{{{(((,,{({((((..((((((((((({{,.......),.,))))))).|,,||||((((((((((((((((,(((,,(((((......)))))}}.((,,((((..((((..((((((...((((((.{,((.((((((....)))))).))}....,,,.(((,..}},.,))}}...}.))))))...))))))..})))}}}}..)).||((((.(.((((((.((((....)))))))....))).).)))).|{{{{|||....}))|||}..|},},))}.)))))))))))},,|)))},{||||,|,.{{{.((({(.,,.....))))))))..,}}))}}})}})),,}..||||,|{|||,|,.((((,|,.((((((...))))))..,||)))).....))))).)))}((((.(((((.{....,))))).))))|}||{...}}}})),.,{((((((((((.((((........(((((((((,,.,,....,)..)))))))))))))))))))))).}}.......,..)))),)}}}}}}..|||,|}}}})))}...}},|||{,,|||((((.,.........))))})}}))),||||,}|||}}.))))}},.))),}).}))))})),,,))))))))).)).))))..))))....)))))))))))..))))}.,...,|,{{{....)))....,.})),..)))))...)))))))...))))))))).))}.)))))}))),)},))},}},,,.(((((,..(((((((((..,,,((((({,,...{{{(((((((((((.(({{((((...{(.(((.(((((.....))))))))))))))))).)))))).))).,.,},}},..))))))({((((..{{(,,.|,.((.,,,|}.}}...}))..)))))),.))))))))),,))))).))}.))}}.}||||||||}||||.|,.{||.|||{{((...)))}....,,}},})))})},.,,||}},,,.}},))}||||,|{{{...)))}..,,,)))))})}.))))))).})))).......))))))).)))..}}.,,.)))))))).)).))))..)))..)))))))...)).))))....)))))))..)))).))))))))).))))},}).}})).})))..,,,...{|||{{(({((,.......,{|||}},{{{{{||,,,.....(((((........,..))))).......}))))))}}(((((((((..((.(((((((...{.((((...(((((......)))))..))))...(((.......)))...))))))).)).....))))))))).,....))))))))))))))))....{.(.{{(((,...........))))).}..)))}.))))))).)))))))(((.....))))))))))...((((((((...((((((,........)))))).)))))))))))))))))))..)),)))))))).)))..{{{......}}}},..(((......)))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001286075.2 NCBI
GUGGCGGGAAAGCGCGGCGGUGUGAUGAUGACUCCAAGGAGCCCGGCGC… 3142 nt 0.5875
NM_004320.6 NCBI
GGCCGGCUGCUCAAGUGGGACGGGGGUCAGAGCUUUGUGGAGGGAAGAA… 3493 nt 0.5855
NM_173201.5 NCBI
GGCCGGCUGCUCAAGUGGGACGGGGGUCAGAGCUUUGUGGAGGGAAGAA… 3451 nt 0.5856
Summary

This gene encodes one of the SERCA Ca(2+)-ATPases, which are intracellular pumps located in the sarcoplasmic or endoplasmic reticula of muscle cells. This enzyme catalyzes the hydrolysis of ATP coupled with the translocation of calcium from the cytosol to the sarcoplasmic reticulum lumen, and is involved in muscular excitation and contraction. Mutations in this gene cause some autosomal recessive forms of Brody disease, characterized by increasing impairment of muscular relaxation during exercise. Alternative splicing results in three transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Oct 2013]

Forensic Context

A study in human postmortem liver tissues from criminal casework demonstrated that targeted RNA massively parallel sequencing could identify tissue origin using a panel of gene biomarkers, with the assay correctly identifying liver in all 27 analyzed samples (PMI 3.5 hours to 37 days) as 98–100% of reads mapped to liver-specific biomarkers [Javan et al. DOI:10.1038/s41598-020-63727-9].