Basic Information

Symbol
RBFOX2
RNA class
mRNA
Alias
RNA Binding Fox-1 Homolog 2 HRNBP2 HNRBP2 FOX-2 RBM9 Repressor Of Tamoxifen Transcriptional Activity RNA Binding Protein, Fox-1 Homolog 2 Hexaribonucleotide-Binding Protein 2 RNA Binding Protein Fox-1 Homolog 2 RNA-Binding Motif Protein 9 Fox-1 Homolog B FOX2 RTA RNA Binding Protein, Fox-1 Homolog (C. Elegans) 2 Hexaribonucleotide Binding Protein 2 RNA Binding Motif Protein 9 RNA-Binding Protein 9 Fox-1 Homologue DJ106I20.3 Fxh
Location (GRCh38)
22:35738736-36028824
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001349999.2
Sequence length
7212.0 nt
GC content
0.4842

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2429 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2565.9 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1671.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001349992.2 NCBI
AGAAUUCCAGGAAGGAAGAGAGAGUGAUGUCAUCAGAUUCCAUGGACCA… 6664 nt 0.4565
NM_001349994.2 NCBI
AGAAUUCCAGGAAGGAAGAGAGAGUGAUGUCAUCAGAUUCCAUGGACCA… 6652 nt 0.4564
NM_001349995.2 NCBI
AGAAUUCCAGGAAGGAAGAGAGAGUGAUGUCAUCAGAUUCCAUGGACCA… 6571 nt 0.4555
NM_001349996.2 NCBI
AGAAUUCCAGGAAGGAAGAGAGAGUGAUGUCAUCAGAUUCCAUGGACCA… 6692 nt 0.4565
NM_001349997.2 NCBI
CUUCAGCCAUCUGCCUGAGAUAUGGGAGGGAGCUGGAGAAAGAAGGAGG… 6861 nt 0.4553
NM_001349998.2 NCBI
CUUCAGCCAUCUGCCUGAGAUAUGGGAGGGAGCUGGAGAAAGAAGGAGG… 6890 nt 0.4549
NM_001349999.2 NCBI
GGACCGCCCCCUUCCUCCCUCGGCCGGCGUGCUGUGAGGGAGAGUGUGA… 7212 nt 0.4842
NM_001394108.1 NCBI
GGACCGCCCCCUUCCUCCCUCGGCCGGCGUGCUGUGAGGGAGAGUGUGA… 7206 nt 0.4840
NM_001394109.1 NCBI
GGACCGCCCCCUUCCUCCCUCGGCCGGCGUGCUGUGAGGGAGAGUGUGA… 7116 nt 0.4836
NM_001394110.1 NCBI
GGACCGCCCCCUUCCUCCCUCGGCCGGCGUGCUGUGAGGGAGAGUGUGA… 7116 nt 0.4836
Showing 11 to 20 of 26 entries
Summary

This gene is one of several human genes similar to the C. elegans gene Fox-1. This gene encodes an RNA binding protein that is thought to be a key regulator of alternative exon splicing in the nervous system and other cell types. The protein binds to a conserved UGCAUG element found downstream of many alternatively spliced exons and promotes inclusion of the alternative exon in mature transcripts. The protein also interacts with the estrogen receptor 1 transcription factor and regulates estrogen receptor 1 transcriptional activity. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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