Basic Information

Symbol
ATP2B2
RNA class
mRNA
Alias
ATPase Plasma Membrane Ca2+ Transporting 2 PMCA2 Plasma Membrane Calcium-Transporting ATPase 2 ATPase, Ca++ Transporting, Plasma Membrane 2 Plasma Membrane Ca2+ Pump 2 Plasma Membrane Calcium ATPase Isoform 2 Plasma Membrane Calcium Pump Isoform 2 Plasma Membrane Calcium ATPase Plasma Membrane Ca(2+)-ATPase Plasma Membrane Calcium Pump EC 7.2.2.10 EC 3.6.3.8 EC 3.6.3 DFNA82 PMCA2a PMCA2i
Location (GRCh38)
3:10324023-10708007
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001001331.4
Sequence length
8964.0 nt
GC content
0.5202

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3107.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3261.72 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2179.20
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001331.4 NCBI
ACAGUCUGCAGAGGGGCCCGGGCACGCUGGCUGGGCUCAGCCGCGGCAC… 8964 nt 0.5202
NM_001330611.3 NCBI
ACAGUCUGCAGAGGGGCCCGGGCACGCUGGCUGGGCUCAGCCGCGGCAC… 9056 nt 0.5206
NM_001353564.1 NCBI
GUUUCCCUGUACUUAGAGCGUGGACUGUGAACCCCCAAGCAGACGAGCU… 8864 nt 0.5173
NM_001363862.1 NCBI
AGUCUGCAGAGGGGCCCGGGCACGCUGGCUGGGCUCAGCCGCGGCACCA… 8999 nt 0.5211
NM_001683.5 NCBI
ACAGUCUGCAGAGGGGCCCGGGCACGCUGGCUGGGCUCAGCCGCGGCAC… 8829 nt 0.5198
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the family of P-type primary ion transport ATPases characterized by the formation of an aspartyl phosphate intermediate during the reaction cycle. These enzymes remove bivalent calcium ions from eukaryotic cells against very large concentration gradients and play a critical role in intracellular calcium homeostasis. The mammalian plasma membrane calcium ATPase isoforms are encoded by at least four separate genes and the diversity of these enzymes is further increased by alternative splicing of transcripts. The expression of different isoforms and splice variants is regulated in a developmental, tissue- and cell type-specific manner, suggesting that these pumps are functionally adapted to the physiological needs of particular cells and tissues. This gene encodes the plasma membrane calcium ATPase isoform 2. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human postmortem nucleus accumbens tissue from alcohol dependence cases and controls identified the ATP2B2 as a target mRNA within a significant circRNA-miRNA-mRNA interaction network, where it was positively correlated with circRNA-406742 and negatively correlated with miR-1200 [Vornholt et al. DOI:10.1111/Adb.13071].