Basic Information

Symbol
ATP2B3
RNA class
mRNA
Alias
ATPase Plasma Membrane Ca2+ Transporting 3 PMCA3 Plasma Membrane Calcium-Transporting ATPase 3 CFAP39 ATPase, Ca++ Transporting, Plasma Membrane 3 Cilia And Flagella Associated Protein 39 SCAX1 CLA2 Plasma Membrane Calcium ATPase Isoform 3 Plasma Membrane Calcium Pump Isoform 3 Spinocerebellar Ataxia, X-Linked 1 Cerebellar Ataxia 2 (X-Linked) Plasma Membrane Calcium ATPase Plasma Membrane Calcium Pump EC 7.2.2.10 EC 3.6.3.8 EC 3.6.3 PMCA3a OPCA
Location (GRCh38)
X:153517637-153582939
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001001344.3
Sequence length
6774.0 nt
GC content
0.5614

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2596.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2718.24 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1493.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001344.3 NCBI
AGAGCUGCGGUUGGAGCCGAGCGCGCCGCGUCGCCCGCCGCCGGUGCAG… 6774 nt 0.5614
NM_001388360.1 NCBI
AGAGCUGCGGUUGGAGCCGAGCGCGCCGCGUCGCCCGCCGCCGGUGCAG… 6808 nt 0.5610
NM_001388361.1 NCBI
AGAGCUGCGGUUGGAGCCGAGCGCGCCGCGUCGCCCGCCGCCGGUGCAG… 6654 nt 0.5613
NM_001388362.1 NCBI
AGAGCUGCGGUUGGAGCCGAGCGCGCCGCGUCGCCCGCCGCCGGUGCAG… 6206 nt 0.6051
NM_001410708.1 NCBI
AGAGCUGCGGUUGGAGCCGAGCGCGCCGCGUCGCCCGCCGCCGGUGCAG… 4135 nt 0.6017
NM_021949.4 NCBI
AGAGCUGCGGUUGGAGCCGAGCGCGCCGCGUCGCCCGCCGCCGGUGCAG… 6928 nt 0.5611
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the family of P-type primary ion transport ATPases characterized by the formation of an aspartyl phosphate intermediate during the reaction cycle. These enzymes remove bivalent calcium ions from eukaryotic cells against very large concentration gradients and play a critical role in intracellular calcium homeostasis. The mammalian plasma membrane calcium ATPase isoforms are encoded by at least four separate genes and the diversity of these enzymes is further increased by alternative splicing of transcripts. The expression of different isoforms and splice variants is regulated in a developmental, tissue- and cell type-specific manner, suggesting that these pumps are functionally adapted to the physiological needs of particular cells and tissues. This gene encodes the plasma membrane calcium ATPase isoform 3. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in the forensically important fly *Sarcophaga peregrina* demonstrated that the ATP2B3 was identified as a stably expressed gene used as an internal control for qRT-PCR during molecular age estimation of immature stages [Ren et al. DOI:10.3390/insects13050453].