Basic Information

Symbol
RIMS2
RNA class
mRNA
Alias
Regulating Synaptic Membrane Exocytosis 2 RIM2 KIAA0751 RAB3IP3 OBOE Regulating Synaptic Membrane Exocytosis Protein 2 Rab-3-Interacting Molecule 2 Rab-3-Interacting Protein 3 RAB3 Interacting Protein 3 Non-Small Cell Lung Cancer RimL3a Protein Non-Small Cell Lung Cancer RimL3c Protein Rab3-Interacting Molecule 2 Rab3-Interacting Protein Nuclear Protein CRSDS RIM 2
Location (GRCh38)
8:103500610-104254430
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001348484.3
Sequence length
7711.0 nt
GC content
0.4217

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2094.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2244.09 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2060.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((((((((..(((........)))..)))(((..(((((((........)))))))..).))..(((((...((((((((.....((....))....(((((((((..........)))))))))(((((((.(((((......)))))(((........)))...........((((.((.(((((...))))).)))))).((.((((.((.((...(((((((((((.(((..........))).)))..))))))))....)))).)))).))....(((....((((((....))))))...)))((((((......))))))...)))))))(((.((.(((....))).)).)))..)))))))).))))).......(((((((((((.((((.(((((.(((((((((((..(((((((..(((...((((....(((..(((((((..(((((((..........))))))).(((((((((....)))))))..))........))))))).((....)).............)))....))))....))).(((((((....)))))))...........((((.((((((((....(((((((((.......((....))......(((((((((.(((((.....((((((.(((((((..(((((..((((((((.(((...((((.(((........))).))))......((..((.((((.((.(((.(((.((((((....)))))).....((((((((...((((((.(((((........(((((((................((((.........))))...(((((((......((((..........))))....((((.......))))((((((((((((............))).)))).))))).)))))))......((((.((((..((........)).((((..((((((((.(((.(((.....))).))).)))))((((((.(((((.((..(((......))).......(((((((..(..((((((.((((.......))))....))))))..)..).......)))))).)).)))))))))))...............)))..)))).......((((((((((.(((..(((((..((((((((.(((((......(((((.(((((((......))))).)).)))))....((((...((((..((.....))..)))))))).....((((((((.((((....))))...((((..((.(((((.......((((......))))......))))).))....))))........(((...(((((..((..((((.(..(((((.........)))))..).))))..))..)).)))......)))....))))))))........)))))))))(((((...((((.....)))))))))....))))))))))))))))))))))(((....)))...(((((....)))))....(((.((((...(((((.....)))))..)))).)))(((((........))))).)))))))).......(((..((((.(((........)))...)))).))).((((((...))))))..)))))))...))))))))))).))))))))))).))).)).)))).))..)))))))).)))))((((((.(((((.(((((((((.........((((((...((........))...)))))).......................((....)).......((..(((..........)))..)).....))))))))).).)))).........(((((((........(((((((((........)))).((((.(.((((...((((((((((((.....((((((.(((((((((((........(((((((.((((((((((..(((.(((.(((((......((((..((((.....(((..........(((((.(((.(((..(((((.((((((.((......))))))))))))).((((...........)))).((((.(.(((((((((((((((((((((((((.(((.((((((((........))))))))...((..(((.((..(((((((((....((((.((((..((((.(((.....)))((........))...(((((....)))))(((.((((((.(((((........))))).))))))))).....))))..)))).))))(((((((((((((...(((.(((((...((((((.......((((((.((....((((((((((...(.(.(((.((((....)))).))).).).....))))))).)))..)).))))))....((((((.((..((((((((((((....(.(.(((.((.((((........)))).)).))).).)....))))))))...(((((.(((((((.((((((...)))))).))))..)))....)))))...))))..))..))))))...(((....))))))))).))))).)))....)))))..))))))))....(((((.(((((((((((.(((.((((...(((((((...(((((((((((((((((.(((((..............))))).))))))))).((((((((((((((.......))))..)))).))))))........(((((........)))))))))))))...)))))))(((.((((((..............((((((((((((........((.......)).........(((.....))).........((((((....(((((((........)))))))....))))))...(((((......)))))(((((...(((...(((..(((...)))))).)))...)))))....)))))))))))))))))).))).......)))).))).)))))....((((((...)))))).((((...)))).............(((((((((((.((((((((.((((((.....(((((((((....((..........))...))))))).))........)))))).))...(((((.((.(((((.(((....(((((((((.((((((.(.(((((((((....((((((...)))))))))))).)))).)))))))))).))))).......(((((((..((......))..)))))))........)))))))).......(((((.(((((((.....)))......((...(((((.....)))))..))...((((((..((((((.........))))))..))))))...)))))))))...)).))))).......................)))))).)))))))))))...)))))))))))..((((......)))).)))).)))))..)).)))..))..))))))).)).))))))).((((..........((((((((((((((((((........))))))...(((((..(.....((((.........(((((((((....))))).....)))).((((((.((.((((((...((.(((((......((((......))))(((((((((.(((....))).))))....))))).......)))))..)))))))).))...))))))((((((((.......)))).)))).................((((....))))........))))..)..)))))...)))))))).....(((.........................))).)))))))).(((((((..((((..............((((....))))))))..)))))))(((((((..((((((....((((((((((...((((.((((((((.....(((....(((((.((((.((((((.((((.((((((.((.(((.....)))....(((((...((((......))))..(((((((.................((((((((((........(((...)))((....(((((...(((.(......).)))......)).)))...)).))))))))))((((((((((.((........(((...)))........)).)))))))))))))))))....)))))....)).)))))))))))))))).))).........(((.(((((((.(((.....((.((((......)))).))....))))).))))).))).).)))))....)))......)))))))).)))))))..)))))))((((.((((((((((((.(.(((((((..(((((....((....))..)))))..((((.((((((..(((((.(......(((((......)))))........).))))))))..)))))))....)))))))..).))))))...))))))..))))))))))..)).)))))..(((((...)))))...(((((.((((.....))))))))).(((((..(((((((.((((.((..((((((((....))).)))))....))..)))).))))....))).))))).......(((..((.((((((.(((.((.....)).))).)).)))).))..)))..((((...............)))).........(((((..........)))))........)))))))))))).).))))..((((((((((.........((((((((((..(((..((((((............((((....))))))))))..)))..))))))))))....(((((((((.((......)).)))))))))))))))))))..)))..))).)))))....(((....))).)))(((....))).((((((.(((........))).)))))).))))..))))))))).)))((((...((((((...................((((..(((.(((((....................((((........))))))))).)))..))))...((((.(.((.(((((((((.(((.(((((.(((((.((((((((.((....)).))))..)))).....)))))))))).)))))))..))))).)).).)))).))))))...))))..(((((((((((((((..........))))))))....)))))))...)))...))))))))))...)))).)))((((((((.......(((((.((((..(((((............(((((...((((....................))))...))))))))))..)))).)).))).......)))))))).))))).))))))((((......)))).))))))....(((((.........(((((......)))))........)))))...)))))))))))).....)))).).)))).((((((((((((((((..(((((..((((((((((...(((((((...............))))))))))..........(((......))))))))))..)).)))...............))))))))))).))))).(((.....)))..............))))))))))))(((...)))...................(((((((..((((......(((((((.(((....)))..))))))).....))))..)))))))......((.((((((((.((((.((((((......)).)))).))))))))))))..))..)))))))))))))))))).)))))).(((((((((..((.((....(((((((....((.(.....).))....)))))))....))...))..)))))))))..............((....))..........))))).........))))))))).))))))))))))))))).))))..)))))))...)))))))))))..)))))..((((.......))))..........((.(((((..(((....(((((.........(((..((((((((((.......).))))))))).))).........)))))......(((((((..((((........((((((((((((.(((....))).))))))).)))))))))...)))))))..((((((((......(((((((((((((((((......((((((((((((.(((..((((((((((.......(((.((((......)))).)))................))))))).)))..))).)))))))).........((....))............((.((((((..((((((.((((..(((...(((..((((((................))))))..)))...))).(((((.((((((...)))))).)))))....((((((((((((..(((((.....)))))......................((..((((((((((.(((......((((((((((....))))))))))......))).)))....)))))))..))))))))))))))((((((.......)))))).....)))).))))))..)))))).)).....(((((((..(((((((((.....(((((((((.......(((((((......)))).)))....(((((.((((((...((((((((....(((((.((((((......)))))).)))))....))).....))))).....)))))))))))...............((((((....))))))....)))))))))..)))))))))..)))))))..........(((.......)))..............)))))))))))))))))).)))..))))))))..........(((((....))))))))..))))).)).......(((((((((((((.......)))))).)))))))..............((((((...))))))..))))))))))..)))))(((((((.................))))))).........((((((((.((((((((..((((((((.(((...(((((((....).))))))...))).(((((.((..(((...........))).)).))))).....(((((..........(((((((((((((..((.....(((((..........)))))....))..)).))))))..)))))(((((.((......)))))))........((((((((((.....................)))))..))))).((((.(((((.........).)))).))))))))).))))))))...))))))))..)))))))).....)))))).((((.....))))..))))).........(((((((.((((((((...((((...........)))).)))))(((.(((((((....)))))))...))).))).))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,{.(((((((((((..,..(((..(((...{(((((((.({..{{{|{{|........|||||}|,.{.((.(((((((((((((.........(((((((((((((((((((((..........)))))))))).(((((.(((((......)))))...,,.,{({,.,{,.{((.(((((((((.((.(((((...))))).))))))((((...}))){((({.(((((((((((.{((,.........))).)),.,))))))))......(((((((((((.(((((,...((((((....))}}))...}}}((((((......))))))(((((...(((.((((((,{{((((..((.(({{..,)})).)).)|||,...,,,}},,))},))).)))....)))))..........,|{....(((({.....)))))..,,}}...(((((((..{((((((..........))))))},(,(((((((....)))))))..))........))))))).||,...))..............},..)))))))...))))(((((((....))))))).....,......,.))))..........))))).))),}},)}}}}.))))).........})))))).)))).....((((((....)))))).......,,|{((((.(((.((((.,,,,.((((({,(((..((({......,|,.|{{|(((.{{{{.,,,,,.((((((....))))))..,,,|.|||{|,....{{{{,...(.((((({.....}))))).}.....,)}.....))))),)}.,|||},}}}}.))))..}}}}))))).,......)))))))))))|((((.......))))}....))))))}......,)))))))).}.}}.)),)),}............((((((..(((....(((((..,...{,((((({{(......))))))).,})))))....)))...))))))))))...}}}..)))..,|,.......||||(((.{({|(({||..||||...,,,.}))),...(((((...........))))),.,|(((.(((({...,(((((((..((((((({.{{...{||........,.((.,((({..((((((........((((.(((((.{{...(((((.(((((((......))))).)).)))))...,|{({...{{((,{{{....,}},,}}}}}},,.....((((((((.((((....))))...((((..((.(((((.....,.((((......}))}....,.))))).))....)))}........(((...(((,{..((..((((.{..(((((.........)))))..}.))))..)),.},.)))......)))....))))))))........))))))))))))))).)))))}))..((((.((((((((((((((((((((((({(((({(((((...|||{{((((((....)))))|,,,{{{.({{|..,(((((,,,..}}}}}..))}}.}))||{{(,,{{{..,||}||{||||||,}|||,.{{,,((({{({.{((...,}}}})}..}}}.((((((..((,.....((((((.......}}))}}............(((((((......)))))))|||..{{{....}}}.,,),,..,,,,.(((((.(((((((((.,,..,,..((((((...{(,,,...}}))...))))))..............,........,{....|..,,,,..{{..{{{,,,,.,,..,)},..)),}}..))))))))).).)))).....))..)))))).....,,,..,,,.((((........)))).,,)))),}))}|||||||{{.(({((,,....})))),}|.)))}|}..,((((((((((((((({,,,,((({{{{{(,{{((({{,,((({,..((((,.((.((...(((((.((((((({,,,((((((.(({,,(((((.((((((.({......}))))))),)))}.....(((((,(((({({.{((((({(,(((({{,,,,|,(({{(((({,(({{((({((((((((........))))))))....,{{((({((..,,,,,,,{,.{{{(((({((((.{(,,(,((,.....},|(((({...,,{|,..(((((....))))),((,(({{{,.{{||||,,...,.,,,}}.},,)|||||....,)))|{{||||{||,,(((((((((((((...(({.(((({...((((((....,..((((((.((,..,((({({((((,,.(.,.(((,(({{...,)))),,,,,,,),,,,.)}))))).)}),,)}.))))))....(((((,.{(..{(,(((((((((..,,,.{.(((.((.((((........)))).)).))).).}....)))))))),..|{{{,,||||(((.((((((...}))))).)}}}}}})}..,,)))),...,,,),.)...)))))}...{{,....,)))))))}.}))}),)))....))))),.,)))))))....,,(((.(((((,.((((.{{({(((....(((((((...(((((((((((((((((.(((((..............))))).))))))))).(((((((((,((((.......)))),,)}},.,)))))........(((((........)))))))))))))...)))))))(((,((({,.,,,........,{(((((((((((((...,....{|........,.........,{{.....,||.........{(((((....{((((((........)))))))....))))))...(((((,....,)))))|.,{(,{{{(({({(,,..{{|,,,)),})}...||{|}}}})),,.)))))))))))))))})).)))..,.,{{||||.}})}))))),}}}||,,,.}})),))))},|||...,)))}}...}}}}.|||(({{(((((((.((((((((.((((((.....{((((((((....((..........))...)))))))},)........)))))).))}..{((({.,,.,,...,((,({{{((({((({(,{{{{{{.{,{{((((((({,..{(((({..,}}}}|||||}|||||,,.)))))))))),))}},..,,},.{||||||,,(({{..{,||..||}}|||......,,}}}}}))).....,,{((((,(((((((.....)))}....,||...(((((.....))))).{||.,.((((((..((((((.........))))))..))))))...}}))))))},}})).))))}({.,................)),}))))).))))))))))),.,||}}}}))))}..|{{|,,....))})})))).,}}||{{||.|||((((..,,||.{|{||{{.|.|||{{|{{....{{,{,.(((((((,,|,.((((((........)))))){{{.....|||...,{{{(({........|,,,|||||}}.|}||||||,...|||,||||{{{(({(((((({..,..(((((..,,,{((((......))))(((((((((.(((....))).))))}...,)))){{{{{{{}}}}}.,}.,|||||.}...,))))}}{{((((((......|}}}}.}))},,.,,...,{,|||||}((((....))))..,|||{||||},.,,,|}.}}}},},{{,((,,..}),}}...,.............,,{....,||}},,,||{,,.(((((((..((((.....{,..,,...{{{,.,,,)),,))))..))))))),|,,{,|}}||||||,,..{{{||||,,,...|||,.||||,|||}}}}.,||....|||||}|.||}|||,,,}||||,,|||||}}}}}}}...,..,,....)))}}}}}{(((......)))}.{((((((({({,...........,.{(((((((,(,{,....,|{{..,}}}.,,...||((({{{((({({.......,,,......({.,,,}}....|||||||||,((((((((((.((......({(((...})}.}}.....)).))))))))))},}}|||{{{{{.{{(....{|{,,,))),,,)))))))})))....||||.|||,|||||{{{((({.{{.,,...,,.{{{{{((({{{,,{,,,.|||...,}}.})).},})}},....,)).}}})}))))))}}.,,,,,})},})),,||((((.((((((((((((.{.(((((((..(((((....((....))..)))))..((((.((({((..(((((.(....,.(((({.,,,,,}}}}}.}},,,,}),))))))}}..)))))))....)))))))..}.))))))...))))))..))))}))|||..}},,))))..(((((...)))))...(((((.((((.....)))))))))((((((((((((.,.{(((({...,{{((((((....}}}.)))|{(((...|||||{{(({{,,{{{(((((((.((((((({((.{((.((((((.(((.((.....)).))).)),,))).)}}}))}..((((...............))))......((((((((......((((,{(((.(((((.........(((((.(((((...((((((((((.........(((((((((({((((..((((((.,{,,,......|{{|...,}}},))))))..))).}))))))))))....(((((((((.{{......}}.)))))))))))))))))))............,{{..{..(({....}))..,.,}}}...}),.((((((.(((........))).))))))...))))).)))))......,...))))).))))))))....{(((((...)))))}))))))))......................(((((({{....,,,,))})).))){{{.....}})}.)))))))..))))))),{{,(((((.(((((.((((((((.((....)).))))..)))).....)))))))))).}}))|||..((((((....((.((((((({({,.,...,.{{{,,.,|||,.,}}..,,,,.,,,,))))))).))..)))))).|||,,,(({{..{{{...,}}.,.,}}}.||||{.|}},,},},|||{,.,,,,.,}))).))))}.....))))))))))))..,}))},,}}..,,,....,,....}}}))))))))).|,...{{|{.{{{....,||}}},..}}|||||{.|,,,..((((......)))).,}.}))})}.|||||...,},...(((((......)))))..,.....}},}}.|,||}}}}}}))))},,..|||}|,||,||.||||{{{{{|||||||,,|{{{{..((((((((((..{(((((((.....,....,....))))))))}},....,,...,,,...,,,,}}|||||}},,||.}}}.,,,..,..,,,,..,))))}}))}),)}}}},,,)}}),)))}}..........,,}}}))})))))))}}}..,}}}....................,,,||,,,,|||,,....{{{{{{{.{{{....,,,..))))}}},))))))))}}),)))))...{(((((((((((((.((((.((((,(......,).)))).))))))))))}........((((((......)))))).......(((((((((..{{.,{....(((((((....((.(.....}.))....)))))))....,,...}}..))))))))),,.................,||,,......{((((.{,....}}))))).,}}))))))},,},,,}......,,.,},}}}.}},.....)))))))).)))))....)).))..)))}.,,,,.....,||,,.|.}}}}}}})),,||||||.}}}}},|.,.|||.,{{{(((((({.......)}})))))))},}}|{,,{{{{.,{{||,,.....,||||,||}{{{|||,...{{((((((((((((,{({....))}.))))))).)))))))||,,.|,}}}}},.|||||,|,,,,|||}||,,|,,||||||{||,,{{{{{(((((((((((.(((..((((((((((.,{{,..(((.((((......)))).))).,},............))))))),}))..))).)))))))),.|,,,,,,({..,.}}..........,.||,||{{{{,.{{{{{{,{({{,,(({|,.{((||{{{|{({|{,{,,,,....,,}))))))..,,},,|||}.(((((.((((((...)))))).)))))...,||||{{{(((({..(((((.....))))).,{{{{{{{,.......,,,,|||||,|{{{,..,,,|||,,,,,.{{((((((((....)))))))))),,,,,,|{|.|||,..,}}.}}},..,,})))))))))}|((((((.......)))))),.,..))}}.}}))))..}))}}}.,,.,||{|,,,.{{{..|||||{{,...,||{{{{.{{,..,,..}|{|||||}}}}}})))),|||....|||,,{{{{|{(,||||{|{{{|,,..{{{{{.|{{{{|,,,...)}}})),)))},.,},},},,,..}}}}},,.,{|||,}}})))),.})))),}}},})))}))..,})))))))))))))))(((((((({{((((((({......|{,...........,.......}}},,...{{{{((.((.((((....{,,......}}}...)))))).)).}))},,,,(((((....))))).})))))))))))))))),,,)))))))}...,)))))))))))))))).))))..............,.....})))))))...)))))))))))).))){(((((((.,,..............))))))))........((((((((.((((((((..((((((({.(((...(((((({....}.))))))...))).(((((.,,..(((...........))).,}.))))).....(((((.........{((((((((((({{..{{.....(((((.,,....,,.)))))....)}..}}.))))))..}))))|{((,,((,....,}})}}},........(((({(((((.....................))))}..)))}},{(((.((((..,{....,.},)))).)))}))))).))))))))...))))))))..))))))))..,,.)))))}.{(((....,))),..,))))..},,....(((((((.((((((((...((((...........)))).))))),{{.(((((({....}))))))...}},.))).))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001395653.1 NCBI
AGUUCCCCUUUCCCUUGAACCGCUCACUUCACAGCCCUUCGCCCCCGGG… 9087 nt 0.4194
NM_001395654.1 NCBI
AGUUCCCCUUUCCCUUGAACCGCUCACUUCACAGCCCUUCGCCCCCGGG… 9234 nt 0.4214
NM_014677.5 NCBI
ACACUUCAGCUGGGAAUGCCCAAAAAGCUUACUGCUGUUUAGAAUUCUU… 8054 nt 0.4030
Showing 31 to 33 of 33 entries
Summary

The protein encoded by this gene is a presynaptic protein that interacts with RAB3, a protein important for normal neurotransmitter release. The encoded protein can also bind several other synaptic proteins, including UNC-13 homolog B, ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1, and synaptotagmin 1. This protein is involved in synaptic membrane exocytosis. Polymorphisms in this gene have been associated with degenerative lumbar scoliosis. [provided by RefSeq, Feb 2017]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.