Basic Information

Symbol
RIPPLY3
RNA class
mRNA
Alias
Ripply Transcriptional Repressor 3 DSCR6 Down Syndrome Critical Region Protein 6 Down Syndrome Critical Region Gene 6 Protein Ripply3 Ripply3 Homolog (Zebrafish) Ripply3 Homolog
Location (GRCh38)
21:37006150-37019662
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018962.3
Sequence length
2099.0 nt
GC content
0.4859

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-894.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -928.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 325.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001317768.2 NCBI
CAAAGCCCGAGGCCGCGGGGACCACAGAGGGACGGAGAAGCCGGGACUC… 2008 nt 0.4681
NM_001317777.1 NCBI
ACAUCCCACAUCCGGCAGGGGAAGCCCAGCAGCCCCGCGCCGUGGCGAC… 1910 nt 0.4550
NM_018962.3 NCBI
GUUAGCCCGAGUGGAUCUAGGCGCGCUCGUAGGCCGGCGCCGCAGCAAG… 2099 nt 0.4859
Summary

Predicted to be involved in embryonic pattern specification and negative regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to act upstream of or within negative regulation of cell population proliferation. Predicted to be active in nucleus. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in zebrafish and mouse demonstrated that the RIPPLY3 transcript, a gene involved in ectoderm development, showed significantly increased abundance at 1 hour postmortem in mouse brain and liver tissues, indicating its active upregulation as part of a step-wise shutdown during organismal death [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].