Basic Information
Symbol
ATP6AP1
RNA class
mRNA
Alias
ATPase H+ Transporting Accessory Protein 1
VATPS1
XAP3
ATP6IP1
ATP6S1
XAP-3
Ac45
16A
CF2
ATPase, H+ Transporting, Lysosomal (Vacuolar Proton Pump), Subunit 1
ATPase, H+ Transporting, Lysosomal Accessory Protein 1
V-Type Proton ATPase Subunit S1
Vacuolar Proton Pump Subunit S1
V-ATPase S1 Accessory Protein
Vacuolar ATPase Subunit S1
X-Associated Protein 3
V-ATPase Ac45 Subunit
V-ATPase Subunit S1
Protein XAP-3
ORF
ATPase, H+ Transporting, Lysosomal Interacting Protein 1
Epididymis Secretory Sperm Binding Protein
H-ATPase Subunit
Location (GRCh38)
X:154428618-154436517
Forensic tag(s)
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_001183.6
Sequence length
2054.0 nt
GC content
0.5798
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-809.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-843.97 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
607.37
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGUGGAGGCUGAGGCUAUGAUGGCGGCCAUGGCGACGGCUCGAGUGCGG… | 2054 nt | 0.5798 |
Summary
This gene encodes a component of a multisubunit enzyme that mediates acidification of eukaryotic intracellular organelles. Vacuolar ATPase (V-ATPase) is comprised of a cytosolic V1 (site of the ATP catalytic site) and a transmembrane V0 domain. V-ATPase dependent organelle acidification is necessary for such intracellular processes as protein sorting, zymogen activation, and receptor-mediated endocytosis. The encoded protein of this gene may assist in the V-ATPase-mediated acidification of neuroendocrine secretory granules. This protein may also play a role in early development. [provided by RefSeq, Aug 2013]
Forensic Context
A study in primary rat microglia demonstrated that alcohol exposure significantly alters the transcriptome, downregulating numerous phagocytosis-related mRNAs including the ATP6AP1 (Atp6ap1), a component of the phagosomal H+ transporting vacuolar ATPase [Kalinin et al. DOI:10.1186/S12974-018-1184-7].