Basic Information

Symbol
RNASEH2C
RNA class
mRNA
Alias
Ribonuclease H2 Subunit C AYP1 AGS3 Aicardi-Goutieres Syndrome 3 Protein Ribonuclease HI Subunit C RNase H1 Small Subunit RNase H2 Subunit C Aicardi-Goutieres Syndrome 3 Ribonuclease H2, Subunit C
Location (GRCh38)
11:65714005-65720818
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032193.4
Sequence length
2645.0 nt
GC content
0.5747

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1078.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1123.91 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 522.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_032193.4 NCBI
AGUGUCAGCUCGCGAGCCCUGGCGUCGCGUAGGAGGGAGGAUGGAGAGC… 2645 nt 0.5747
Summary

This gene encodes a ribonuclease H subunit that can cleave ribonucleotides from RNA:DNA duplexes. Mutations in this gene cause Aicardi-Goutieres syndrome-3, a disease that causes severe neurologic dysfunction. A pseudogene for this gene has been identified on chromosome Y, near the sex determining region Y (SRY) gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the RNASEH2C mRNA was hypermethylated in the nucleus accumbens of subjects with alcohol use disorder compared to matched controls, with a mean methylation level of 0.287 in cases versus 0.130 in controls [Liu et al. DOI:10.3390/genes13060958]. This finding was part of a broader epitranscriptomic profile revealing 26 hypermethylated and three hypomethylated mRNAs in AUD subjects, with most involved in immune-related pathways.