Basic Information

Symbol
RNF115
RNA class
mRNA
Alias
Ring Finger Protein 115 Zinc Finger Protein 364 ZNF364 RING-Type E3 Ubiquitin Transferase RNF115 Rab7-Interacting RING Finger Protein E3 Ubiquitin-Protein Ligase RNF115 Rabring 7 CL469780 RING Finger Protein 115 EC 2.3.2.27 RABRING7 ZFP364 BCA2
Location (GRCh38)
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis

MANE select

Transcript ID
NM_014455.4
Sequence length
9135.0 nt
GC content
0.4319

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3486.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3647.62 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1796.53
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..((((((.(((((.....))))).)))))).((((.((((.((.(((((((.(((((((.((((((.(((((((......((....))......))))))).)))))((((.....))))).))))))).))))))).))..)))).))))((((((((((((((((........)))))).)))).))))))))))...(((.(((((((((((((.((((((((((..(((((.(((((.....))))).)))))..))(((((.....))))).)))))))).))))))..((((.......)))).........(((.........))).(((.(.(((.(((((......(((((((.((((((.((...(((((.....(((((((((((((..(((((((((...((..((((((((.....(((((.(((((((((((....))(((....)))..((((((..(((....(((((((((..((((((((.....(((..((.((((...((((..(((((((((((..(((((.(((...)))..)))))(((((((((.(((((.(((.(((((((((..((((((((((.((((.(((..((((((...(((((.....(((..(....)..)))..((((((((.....((((((((....))))))))...((((..(((((((((((((............((((((((....))))..))))...((((((.....(((((((((...(((((((.....))).)))).))))...((((((.....))))))....)))))....)))))).......((((.((((...)))).)))).(((.((((((((((((..((((..((....))..)))).))))((((((..............(((((.((((..((((((((...((((.....))))....))))))))..)))).).))))....(((((((((....(((((((((....)))....))))))....))))...)))))((((.(((..((((((...))).)))....))).))))(((((((((((..........((((((.((((.....((((..((((((((.((((..((((((.....(((((((((.(((((((((((.....))))))))))).)...((((......))))..............))))))))........(((((((((...(((.......)))...)))..))))))..))))))..)))).(((((((.(((((((((((.......((((((............(((((((((....))).).))))).....(((((.....)))))....)))))).......)))))))..)))))))))))....)))))))).....))))..)))).))))))))))).)))))).(((((((((.((((((.(((((((.(((((.((((((((...(((((((((.(((((....(((.(((((((((((((((((.....((.((((...........))))((((......))))....................((((((...((((..((((((((((........((.(((.(((((...............)))))))).))((((((.(((((..(((((((((((.((.(((((((..((((((.............))))))..))))))).)).))))))))))).((((((((((((((((((((((.(((((((((.((((((((((.((((((.(((...(((((.(((((((((((..((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((..((((((((...((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((((((((((((.(((.((((.((((((.((((((..(((((.((((((((((.((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((........(((.((((((((((((.(.((....)).).))))((((((...................))))))(((((((((((.....((.((.(((((((........))))))).))))...))))))).)))).(((((.(.((((.(((...))).))))))))))....)))))))).))).....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))))))))).)))))..)))))).)))))).)))).))).))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))...))))))))..))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))..))))))))))))))))...))).)))))).)))))))))).)).))))))).))))))))))))))))))))))..........................))))))))))).......(((((((((((....))))..)).))))).......)))))).))))...))))...)))))).......(((((((........)))))))((((((((.(((((..((((.(((((((((((....(((...((.((....)).))...)))...))))))))))))))).........((((((((((((((((((((((...(((((((((...(.(((((...(((...(((((((((((((((...((((............))))......)))).))))))))))))))..)).))))...(((((.((((((..........((.(((.((((((((((((...((...))...)))))))))))))))))....((((.(((((((....(((((((..((((((.(((((((((.....(((((((..((((((((((((((.(((..((((...(((.(((.(((((((((....))))....)))))))).))).((((((((((((((.......))).))))((.(((((...))))).))........((((.((((........))))..))))...(((((..............)))))((((.....))))...((((((.......))))))..)))))))..))))))).))))))).....)))))))..((((((........))))))......................)))))))......))))))))).)((((((..((((......)))).((((.(((......))).)))).))))))((..((((((.......))))))..))......))))).)))))))))))))).)))))))))).)))))))))).(((..((((......))))..))).......))))....)))...))).)).)))))))))))))).((((.....(((((......)))))...))))....))))).))))))))....))...)))))))..((((.....))))))))).))).)).)))...)))))....)))))))))..))))........)))).))))).))).)))).....))))))......)))))))))(((....(((.....)))...))).((((((.((((((((.((......))))))))))...))))))..((((((.............)))))))))))).....))).))))).))).))))))).))))))..)))))))))))).....)).)))...)))))).....))).)))).)).((((((((((((((((((((...)))))))...........(((((((((((((((((...(((((...((....((((.(((((((((((((((.....(((((....)))))....))))).)))))))(((((.(..((.(((((..........))))).))..))))))(((.....)))..)))))))....))...))))).))))))).)))....)))))))..........((.((.((((.(((((((((.(((((((((.................................((((.(((.(((.(((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((.(((((((((((((((((..((((((((((((..((((((((((....(((((.((((((((..((((...((((....(((.(((((..((((((((..(((((((((....((((((.....((((((((((......))))....(((((.(((((((((((((....((((.(((((...........(((((((((.((((..(((.((((...)))).)))..)).))..)))))))))....)))))))))...))..))))))..))))).))))).)))))).((.((....)).))..((((((............))))))...))))))......))))))))).))))))))))))).)))..))))......((((((.....((((.((((........)))).))))))))))((((((....((((((((((((((((.((..(((((((....)))))))......((((...................))))...((((((....((......))....)))))))).)))))))))).((((...)))).((((..((((((.......(((((((..................((((.....)))))))))))...................))))))..))))))))))....)))))).((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(.(.(((((((....)).((((...((((((.(((((.((.((.....)).)).))))).(((((.(((((((.(((((..((((((((((((((((.....)))))))))((((((...))))))...........((((.....)))).....((((((((((.((((((((...(((....)))...)))))))))))))))))).........(((((((......(((....)))..........(((((((((((......((((((((....(((...(((((((((((.((((.....((((.(((((..(((((.......((((((....((.....(((((((.........))))))).....))..)))))).))))).))))).))))......))))...)))))))..((((....)))).(((((((((...........(((((.(((((((........)))))))..)))))(((((.....))))).))))))))).(((((..((((((......(((((..((((...(((((......))))).....))))....)))))......))))))))))))))).)))))))))))....)))))))))))((((...))))(((((..((((((((((...(((.........)))...))))..........))))))))))).))))))).(((((((................))))))).(((((((..(((((((((.....))).))))))...((((((((((...((((.((((...((((....(((((((((((((((((((((..(.(((((((((((((...(((((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((.((((.((((((...((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((..(((((((...((((((((((((((((((((((((.((((((...((((((.((((((.((((((((.(((((((((((..((((...(((((((((....)))))))))..((((.....)))).....(((((((((((((((.(((((((..(((((.......))))).....((((((.((((....))))))))))(((((..((((((((((((...((.(((((.((..(((((((((..((((((.....))))))..))........((.((((....)))).)).))).)))).))))))).))))))))))))))..)...)))).((((....(((((((((((....((((((..(((((((((((.(((........))).)))))........((((((........))))))...)))))))))))).....((((((....((....))....)))))))))))))))))..))))))))))).))).....))))))))((((.....))))))))....(((((...)))))....(((((((((((.(((......(((..((((((....))))))...)))..))).))))))))))).)))))))))).)))))...............))))))))(((((((((.......)))))))))..........((((((((((((......))))............)))))))))))))).))))))...)))))).))))))))))))))))))))))))...)))))))..))..)))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))...)))))).)))).))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)))))...))))))))))))).)..)))))))))))))))))))))))))...)))).))))...)))))))))).......)))))))...))))))).)))))....))))))).)))))........((((((((.....)))))))).((((.((((((((((........))))..))))))..)))).............((((.(((((.((.((.....((((((...(((....)))....)))))).....)).)).))))).))))((((((...(((((.((((((((((((((((((..((((...)))).((((..(((...)))..))))....))))))))..(((((((...((........))..))))))).......)).))).))))).)))))...))))))....))))))...))))...................(((((((((((.((....((((((.((((((((((......))))).....(((........)))((((((((((((((......))))))))))))))..))))).))))))(((((........)))))((((.((((((((((((........(((((....)))..))..((((((((.....))))))))..........((((((((..(((((((.(((((((.(((..((((........))))(((....((....))....)))))).))))))).))))))))))).))))))))).)))))))..)))).............(((((((((......((((..((..(((((((..........)))))))..)))))))))))))))..(((((((((((....((.((..((((......(((((.(((((.(((((((.........))))))))))))))))))))).)))))))))))))))...........(((((((((((.((.................)).)))))))))))..))))))))))))).(((...............))).))))).).).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))..))))))))...))))).))))))))))..))))))))))))..))))))))))))))))).)))))))).))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))))))))))).)))))))))).))))))))))))))).))).))).))))(((((.....))))).......(((((.((...))..)))))....)))))))((((......))))((((((.(((.....)))...))))))(((..(((((..((.(((((...)))))))..)))))))).))...))))))))))))).)).)))))))....))).)))))...........((((..(((((.....(((((((....))))))))))))..))))...))))))))..)))...))))))..))).))))).............))).)))))).))))))...)))))...)))).((((...)))).)))).)).)))....)))))..)))..)).))).))))....)))....))))))((((((((((((((.(.(((((((........(((((.((...((((((...(((.((((((((((........(((((.....))))).......))))))))))))).)))))))).)))))......)))))))..).)))))).))..)))))))))))).))).)))))....))))))))...))....)))))))))................))))..))).))))))......)))))...))...)))))))).....))))))))))..))).))))....))))))).)))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.{,{.((((((.(((((.....))))).)))))).}|{{{({.(,(({(,(((((.((((((({((((((.((((((({{,..,{{.,{,|.....,,))))}}).)})))|||,,||||},}}},))))))))))))),))))}.)))).|||(((((((((((((((((........)))))),,)))))))))))}.}}})|{{.(((((((((((((.((((((((((,.(((((.(((((.....))))).)))))..}}||||(||...,))),.,))))))).))))))..((((.......)))).........(({{(.....||||},{((,{.{{|,{{{((......{{,||||.||||{{.{|,,,|(({{...,,((((((((((((((.(((((((((,..,...(((((((({,{,.(((((.(((((((((.,....({(,,....}}},......,,{{{{,{((((,,...}}}}|{{,((((.(({..({{{{{.,,,....((((..(((((((((((..(((((.(({...}))..)))))(((((((((.(((((.(((.(((((((((..(((((((({(.((((.(((..((((((.,.(((((.....(((..(....)..))}..((((((((.....((((((({....})))))))...((((..((((((((((((({{({({{,{{{{{{({({((.,,,||||,{||}|{{{({((((.....(((((((((...(((((((.....))).}))).}}}}...{{{{{(,,...})))},....)))))..},)))}}||||....((((.((((...)))).))))..||,|{,{{|{{{{({,.|{{,.,||,,..,}}}))),.))))||{|||},,.|.........(((((.((((..((((((((...((((.....))))....))))))))..)))).),}))).},}{{{((((((,,,.{{{((((({{,,..||,||,}}}))),...}}}}...}}))}((((.(((..((((((...))).)))....))).))))(((((((((({.........,((((((.((((.....((((..((((((((.{{{,..{{{{{{...,.(((((((({,(((((((((((.....))))))))))}.,...{(((......)))}........,.,,|,}||||}}}..,,{{,.{(({{.,{{..||||.......}},...}},.,)},})}}}))}}}}..}})}.|{(((((.((({(((((((....{{.{{{{({............{(((({(((....))).).))))}.....(((((.....)))))....}))))||......)))))))..))))))))))}....)))))))).....))))..)))).)))))))))))},)))))..(((.,..}}|{{{(({(({((((.(((((.((((((((.,.(((((((((,(((((....(((.(((((((((((((((((,,...,,,{{{{,,,{{,..,|,|},}{{{,..,...}},,....................((((((.,.((((..((((((((((........((.(((.(((((.{{,,.....}}}..)))))))),)}(((({((((((,(((((((((((((.{(.(((((((..((((((....,.....,..})))))..))))))).}}.)))))))}}||.{(((((((((((((((((((((.(((((((((.((((((((((.((((((.(((.,.((((,,(((((((((((,.((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((..((((((((.,,(((((((((((((((((({{{{(((((.(((((((((((((((((((.(((.((((.((((((.((((((..(((((.((((((((((.((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....,{{{{{{.{((((({{((((.(.{(....}}.).)))}((((((...................))))))(((((((((((.....,,.((.(((((((........))))))).))})...))))))).)))).((((({(.((((.(((...))).)))))))))).,..}))))))),})).....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))))))))).)))))..)))))).)))))).)))).))).))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))),}.))))))))..))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).,)))))))))))))))).,.))).)))))).)))))))))).)),})))))).)))))))))))))))))))))}.,,.............,,.,}}}}}}))))))))))).......(((((({((((....)))}..}}.))))),.,...,)))))).))))...)))).,.)))))).......(((((((........)))))))((((((((.(((((..((((.(((((((((((.,,,,((,..,,}||.}}}}|.||,...))}..))))))))))))))).........((((((((((((((((((((((.,.(((((((((..,{,{{,..,,.{{{..,(((((((((((((((...((((............)))}......)))).)))))))))))}}}..||.}}|||,.{{{{{.{(((((..........((.(((.((((((((((((...{{...}}...)))))))))))))))))....((((.(((((((....(((((((..(((((,.(((((((((.....((((((({{(((((((.{.((((((({,.,......(((.(({{((((((((({{..,,}},}}})))))))).))).(((((((.,{({{{,.,,...|}},)}||(({((({{...))}))))),.......((((.((((.,....}.))))..))))...|{{{{,...,....},...)))))}}........||||{{(({(({.......||||||{{||,,,,)}.}}})}}}}}}})),)}}}}})))))).,.})))))}}},.{,.||,,},............,,.,,,....}))))))......))))))))).|((((((,,((((......))}}.{((,.(((......))).}))).))))))},|,{(((((.......))))))|{|,...)},))))).)))))))))))))),)))))))))}.))))))))||.(((..((({......))))..))).,,....)))).}..)))...))).)),}))))))))))))).((((.....(((((......)))))...))))....})))).))))))))....,....}))))))..{{((.....)))}))))).))).)).)))...)))))....))))))))),.)))}.......,)))).))))).))))}))).....))})))}.,,,,),,,,))))|||}}..||,....))))}},))},{(((((.((((((((,{{......))))))))))...)))))}{{((((((...,......,..))))))}))|||{.....,,.)))),}))}.})))))).))))))..)))))))))))).....)).)))...)))))).....))).)))).}}.((({(({{||{,||,((({,...})))||{{.{{,......(((((((((((((((((...(((((...((.,..((((((((((((((((((((.....(((((....)))))....))))).)))))))(((((.(..((.(((((..........))))).))..))))))(((.....)))..))))))),.}.}}...))))).))))))).)))....))))))).......,,,(({(({((({,(((((((((.,,(((((((....................,,...........,,,|.,{{.{({.(((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((.(((((((((((((((((..{(((((((((((..((((((((((....(((((.((((((((..((((({{((.({{{{((({((((({{((((((((..(((((((((....((((((,.,..{(((((((((......)))),...(((((.(((((((((((((.,..((((.(((((.......,...(((((((((.{{,{..(((.({((....}}}.)))..}}.)}..)))))))))}},.)))))))))...))..))))))..))))).))))).}))))}||{,((....)).,,..(((({{..,..,,,,...}}}}}),,,))))))......))))))))).))))))|||||||.|||,(((({....}))),,..{{{,,((((.((((........)))).))))}}}|{(((((((.{{.{(((({((((((((((.((..(((((((....))))))).,{,..((((...................)))),,.((((((....{(......}}..,,)))))))).)))))))))).((({...}))),((({..((((((.......(((((((....{.....{{.,....,|||.....))},)))))))....,.....,,.......))))))..))))))))))}}..)))))))||((((,,,|||||,|||||}|{(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(.(.(((((,{,..,||{((({...,,((((.((((({((.((({{{{||.|}.,|||,.(((((.(((((((.(((((..((((((((((((((((.....)))))))))((((((...)))))).....,.....((((.....)))).,,..((((((((((.((((((((...(((....})).,.)))))))))))))))))).........(((((((......(((....,}}....,.....(((((((((((.,,...((((((((((((.((({.({(((((((((((..({,.,.{(((.{{{((,,({((({..,,,{((,,,.....,..,{{{(((((((.........)))))}|,,...,||,||}|||,}}}}}.}}}}}.)))),}|,||||||{,,{{{{{|{||,..}}}}}.}))}|||||||,,..........,|||||,|||||||}}},,....))))})}})),,,}}}),}))..))))).))))))},,,.))}}..))))|.,...........((((({..,|{({.,,..((((((((...((.(({....})).))..)))))))),}),}}))))))}))))))),,..)))))))))))((((...))))(((((..(((((({(((...(({.........})}...))))..........))))))))))).))))))).(((((((...{{.......,...))))))).{(((((({{(,(((((((.....}}),))))),...((((((((((...((((.((((.,.((((....((((((((((((((({(((((..(.(((((((((((((...(((((.((((((((((((((((({.(((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((.((((.((((((...((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((..(((((((...((((((((((((((((((((((((.((((((.,.((((((.((((((.((((((({.(((((((((((..((((.{(((((({{{,,,,,)))||||||||{(((,....)))).....{{{{(((((((((((.(((((((.,(((,,..,,,,.||},}.....{{((((.,{({....)}}}))))||(((,(..((((((((((((...((.(((({,((..,({{(((((..((((((.....))))))..))........{|,((({....)))).}},))).}),,.))))))).))))))))))))))..)...)))),{(((,{{,{{(((((((((....((((((,.(((((((((((.(((,,...,,.))).)))))......,.((((((........)))))).,.)))))))))))).....((((((....((....))..,.))))))))))))))))),.})))))))))).))}....,))))))))|(((.....)))},)))},,,|{({,...}))},....(((((((((((.{({..,{{.,((..((((((....))))))...}))))))).))))))))))).))))))))))},)))},,.....},......))))))))(((((((((.......)))))))))..........(((((((({{{{......}}}}............)))))))))))))).)))))).,.)))))).))))))))))))))))))))))))...)))))))..))..)))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))...)))))).)))).))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))).}))))))))))))))))).)))))...))))))))))))).)..)))))}))))))))))))))))))).,.)))).))))...))))))))))...}))}))))))}...))))))).)))))....))))))).)))))..,.....{{||||||}.,}})))))})),|{{,.{((((({(((.,,....,)}},..)))))}..}}}}..,},.,,||,..((((.{((((.((.((...,.((((((...{{{,,,,))}...,)))))}..,,.)).)).))))}.)))),{{{{{{{,{{{{{,{{{{{{{{{,{(((((((,.((((...}}}).|||{,{((({..,.,,}}))}|||,})))}}}}.,(((((((,,.{{........}}..}}}}}|}.......)),))},|}}}|.}}}}}.,,}||},}.,,.,,,}}}}},,}}}}..}}},,..,,...,...((((((((((,,((..{{((,(({,{{{{{(((((......)))))...,,.,{.,{{{{.{{{.((((((((((((((,....,))))))))))))},,.))),)}}))}}|||((({{.,,...,))),.))))|{{{{(((((({........|{{{(....})},,,,..((((((((.....))))))))..........((((((((..(((((((.(((((((.((((.{{,{,.,,....||,,|||....{{,...})},.,},)))).))))))).))))))))))).)))))))))}|}}}}},..,}}..............(((((((((......(((,.,((..(((((((..........)))))))..)))))))))))))))..(((((((((((....((.((..((((......(((((.(((({{(((((((.........))))))))))))))))))))).)))))))))))))))}),,,,.....(((((((((((.({..,,.,.........,.)).)))))))))))..))))))))))))).}}}}}}.....,,,.,,}))..))))).).).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))})))))))))))))),)))))))))..))))))))...))))).))))))))))..)))))))))))}..))))))))))))))))).)))))))).))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))))))))))).)))))))))).))))))))))))))).})}.,,,.,,..{{(((,,...}}})}|||||..(((((.{,...,,..))))).,,.)))))))((((......))))((((((.,((.....,,,.,.))))))(({..(((((..{{.(((({...}))))}}..)))))))).,,...))))))))))))).,,..}))))),.,,),}.})))).},,,,,....((((..(((((.....(((((({....})))))))))))..))))...))))))))..)))...))))))..))).))))).............})).)))))).))))))}..,))))...)))){((({{.{((({...})))),{{{((((({.{{{..{{.,(((||{{.,,,.)))))).,.}},,.}}|.}))))}|.,|||},.,||||||........(((((.((...((((((...(((.((((((((((........(((((.....))))).......))))))))))))).)))))))).))))).}}}).)},,))).))))}},}}}}}},}...,,)))))).))).))))).,},))))))))..}}}.|..))})))))),,,.............}|||,.|||..}}}}}.}),.}))))),,.}}...})))))))}}}.,}}},,)))})..}}}.},}},...))))))).)}}...{{{......}}},..........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
GUCUCUCCUUCCUGCGCCUCUUUGGUGCUGGGAGGCGGGCCGCAGGGUA… 9135 nt 0.4319
Summary

Enables ubiquitin protein ligase activity. Involved in negative regulation of signal transduction; protein ubiquitination; and ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway. Is active in endoplasmic reticulum. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the RNF115 mRNA, a gene involved in proteolysis, was relatively upregulated in adult burn animals compared to young burn animals following a severe scald injury [Song et al. DOI:10.1038/s41598-022-26040-1].