Basic Information

Symbol
RNF14
RNA class
mRNA
Alias
Ring Finger Protein 14 ARA54 HFB30 TRIAD2 E3 Ubiquitin-Protein Ligase RNF14 Androgen Receptor Associated Protein 54 Androgen Receptor-Associated Protein 54 RING Finger Protein 14 EC 2.3.2.31 HRIHFB2038
Location (GRCh38)
5:141958328-141990292
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004290.5
Sequence length
4170.0 nt
GC content
0.4029

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1209.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1294.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 848.34
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001201365.2 NCBI
GGGCUUCCUCACUUUUUUCCUCACGAAGAGGUCUCUGGUCUCCCCUCUC… 4169 nt 0.4001
NM_004290.5 NCBI
GAGAACGGAAGAGGCGGCGCGCCGGUUGAGCAGGGCGUCUCUAGGCCUG… 4170 nt 0.4029
NM_183398.3 NCBI
GAGAACGGAAGAGGCGGCGCGCCGGUUGAGCAGGGCGUCUCUAGGCCUG… 4018 nt 0.4009
NM_183399.3 NCBI
GGGCUUCCUCACUUUUUUCCUCACGAAGAGGUCUCUGGUCUCCCCUCUC… 3995 nt 0.4000
NM_183400.3 NCBI
GAGAACGGAAGAGGCGGCGCGCCGGUUGAGCAGGGCGUCUCUAGGCCUG… 3996 nt 0.4029
NM_183401.3 NCBI
GAGAACGGAAGAGGCGGCGCGCCGGUUGAGCAGGGCGUCUCUAGGCCUG… 4237 nt 0.4081
Summary

The protein encoded by this gene contains a RING zinc finger, a motif known to be involved in protein-protein interactions. This protein interacts with androgen receptor (AR) and may function as a coactivator that induces AR target gene expression in prostate. A dominant negative mutant of this gene has been demonstrated to inhibit the AR-mediated growth of prostate cancer. This protein also interacts with class III ubiquitin-conjugating enzymes (E2s) and may act as a ubiquitin-ligase (E3) in the ubiquitination of certain nuclear proteins. Six alternatively spliced transcript variants encoding two distinct isoforms have been reported. [provided by RefSeq, Jan 2011]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the RNF14 is down-regulated in both the frontal and motor cortices of alcoholic cases compared to controls, with this differential expression validated by Bayesian statistical analysis and hierarchical clustering that accurately distinguished the groups [Liu et al. DOI:10.1111/J.1471-4159.2004.02570.X].