Basic Information

Symbol
ATP6V0B
RNA class
mRNA
Alias
ATPase H+ Transporting V0 Subunit B HATPL VMA16 ATP6F ATPase, H+ Transporting, Lysosomal 21kDa, V0 Subunit B V-Type Proton ATPase 21 KDa Proteolipid Subunit C'' Vacuolar Proton Pump 21 KDa Proteolipid Subunit C'' V-ATPase 21 KDa Proteolipid Subunit C'' V-ATPase Subunit B ATPase, H+ Transporting, Lysosomal, 21-KD, V0 Subunit C-Prime, Prime ATPase, H+ Transporting, Lysosomal (Vacuolar Proton Pump) 21kD ATPase, H+ Transporting, Lysosomal 21kDa, V0 Subunit C'' Vacuolar ATP Synthase 21 KDa Proteolipid Subunit V-Type Proton ATPase 21 KDa Proteolipid Subunit Vacuolar Proton Pump 21 KDa Proteolipid Subunit H(+)-Transporting Two-Sector ATPase, Subunit F ATPase, H+ Transporting, Lysosomal, Subunit F V-ATPase 21 KDa Proteolipid Subunit V-ATPase Subunit C''
Location (GRCh38)
1:43974487-43978295
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004047.5
Sequence length
987.0 nt
GC content
0.5816

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-406.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -425.13 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 305.83
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((.((((((((((..((((((..((.......)))))))).)))))).))))...))))).(((.(.(((((...(((((((.(((((..((((....(((.((((..((((((((...)))))...)))..)))).))))))).)))))...((....))..(((((...((((..(((.(.(((..((((((....))).)))..)))).))).))))))))).((((((....))))))......))))))).))))).).)))..((((((((.((..........(((((((((((...)))))))))))))..).))))))).....(((((......)))))...........(((.((((((..((((((.....((......(((((....)))))..))...)))))).)))))).)))(((.((.(((((((((((((..(((...(((..((((..((.(((((((((((....))))).))))))))..))))..)))...............((((.(((..(((((((((.(((((((...)))))))....)))))))))......))).))))((((((((((.(((......))))))))).)))).)))..))))))...)))))))...)).)))......(((((..((((((.((((((((((((((((.(((((.(((.(((((((((...))))))))).))).))))))))))).....((((((((....))..))))))..((((((...)))))).((.((.(((((....))))).)).))(((...((((((((((........))))).)))))..)))..(((......(((.((((((((((.(((.((.((((.(.....))))).)))))))))).)))))))).......))).))))))))))))...((((((...)))))))))).....))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((({(((((.((((((((((..((((((..((.......))}))))).))))))}})))...))))),,((((({,,,,..,|||||((|(((({,.(({{..,,((({((((..{({(((({...)))}}.,,)}},,)))),|||||||,||}||...{{....}}..,{{{{|,.||||..(((.(.(((..((((((....)))},))..)))).))).}}))}}}},.((((((..,{|||||||,,...}}},|||,|}||||||||}.,((((((({.,{..........(((((((((((...)))))))))))}},,)})))}))).....(((((......))))),,,,.,.....,,({({{((({(((({,{,||,|{{.{{{{{{((((..,,|},,|{{||...}}})))))))),,.}}}})))}}}|{|{({{{(((({..||||...||.....(((((((({{.,{((((({...(((((.(((((......))))).)}}...)},,....))))))))))))))),,,|||.(((((((...))))))),}}})))))),}}}.....,,||}....{{{((((({{(((......)))))))))}})}|{|}|..||||||,..})))))),..},|}}......,(({{(..{{{{{{.((((((((((((((((.(((((.(((.(((((((((...))))))))).))).))))))))))}.....((((((((....))}}}}))))..{(((({...||||}}.((.((.(((((....))))).)).}}|||,..((((((((((........))))).)))))..})),.{{{......(((.((((((((((.(((.((.((((.{.....})))).)))))))))).)))))))).......,}}.))))))))))}}...((((((...))))))}))).....))))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001039457.3 NCBI
AGACUGCGGGACGGACGGUGGACGCUGGGACGCGUUUGUAGCUCCGGCC… 938 nt 0.5874
NM_001294333.2 NCBI
AGACUGCGGGACGGACGGUGGACGCUGGGACGCGUUUGUAGCUCCGGCC… 1751 nt 0.5277
NM_004047.5 NCBI
AGACUGCGGGACGGACGGUGGACGCUGGGACGCGUUUGUAGCUCCGGCC… 987 nt 0.5816
Summary

This gene encodes a portion of the V0 domain of vacuolar ATPase (V-ATPase), a multisubunit enzyme that mediates acidification of eukaryotic intracellular organelles. Activity of this enzyme is necessary for such varied processes as protein sorting, zymogen activation, receptor-mediated endocytosis, and synaptic vesicle proton gradient generation. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jun 2014]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the ATP6V0B mRNA in cardiac tissue showed a significant correlation with the early postmortem interval at both 25°C and 35°C, though with a lower coefficient of determination than the primary biomarker Cdc25b [Tao et al. DOI:10.1016/j.legalmed.2018.09.004].