Basic Information

Symbol
RORA
RNA class
mRNA
Alias
RAR Related Orphan Receptor A NR1F1 RZRA Nuclear Receptor Subfamily 1 Group F Member 1 Nuclear Receptor ROR-Alpha ROR-Alpha RORalpha RORa1 ROR1 ROR2 ROR3 RAR-Related Orphan Nuclear Receptor Alpha RAR-Related Orphan Receptor A Nuclear Receptor RZR-Alpha Retinoic Acid Receptor-Related Orphan Receptor Alpha Retinoid-Related Orphan Receptor Alpha Retinoid-Related Orphan Receptor-Alpha Transcription Factor RZR-Alpha RZR-ALPHA IDDECA RORα RORA
Location (GRCh38)
15:60488284-61229302
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_134261.3
Sequence length
10827.0 nt
GC content
0.3585

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2675.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2895.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2809.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002943.4 NCBI
GAUUCACAGGGCCUCUGAGCAUUAUCCCCCAUACUCCUCCCCAUCAUUC… 10974 nt 0.3582
NM_134260.3 NCBI
GAUUCACAGGGCCUCUGAGCAUUAUCCCCCAUACUCCUCCCCAUCAUUC… 10998 nt 0.3580
NM_134261.3 NCBI
GUACCAUAGAGUUGCUCUGAAAACAGAAGAUAGAGGGAGUCUCGGAGCU… 10827 nt 0.3585
NM_134262.3 NCBI
AGCUGCGGCAGCUGCUGCUGUGGCUCGGGCGGCGGCGGCGCGGCGGCGG… 10687 nt 0.3560
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the NR1 subfamily of nuclear hormone receptors. It can bind as a monomer or as a homodimer to hormone response elements upstream of several genes to enhance the expression of those genes. The encoded protein has been shown to interact with NM23-2, a nucleoside diphosphate kinase involved in organogenesis and differentiation, as well as with NM23-1, the product of a tumor metastasis suppressor candidate gene. Also, it has been shown to aid in the transcriptional regulation of some genes involved in circadian rhythm. Four transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2014]

Forensic Context

A study in humans identified the RORA (RAR related orphan receptor A) as a high-degree node in a protein-protein interaction network and a differentially expressed gene downregulated in the blood of myocardial infarction patients compared to healthy controls [Zhao et al. DOI:10.3892/etm.2017.5580].