Basic Information

Symbol
RPA3
RNA class
mRNA
Alias
Replication Protein A3 REPA3 Replication Protein A 14 KDa Subunit Replication Factor A Protein 3 Replication Protein A3, 14kDa RF-A Protein 3 RP-A P14 Replication Protein A3 (14kD) RPA14
Location (GRCh38)
7:7634843-7718607
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002947.5
Sequence length
2020.0 nt
GC content
0.4589

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-583.82 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -621.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 433.71
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((............(((.(((((.(......(((((((((((((((.((((((((.(((((((((...(((((((((((((......((((....))))(((((((......(((..((((((((((((......)))))....)))))))..))))))))))((((((((((((((.......((((((.............)))))).(((((..(......)..))))).........((((..(((....((((((....)))).))..)))..)))).)))))))..(((((.(((.((((..(((((((((((((((((......(((((.....)))))......)).................)))))))..............)))).)))).))))))).)))))....(((((((((..((..((((((((.(((.((((.(.....)..)))).)))......(((((..............((((((....))))))((((..((((((.(((........)))))))))))))...........)))))(((........((((.((....(((((((........(((((.....((((((((.(((((.((..((.(((....((((.....))))...))).))....(((((........)))))..)).)))))..))))))))..))))).)))))))....)).)))).......))).((((((..(((((.(((((.(((((((((..(((((..(.((........)).)..)))))..))).((.(((((......(((((((((......))).))))))....)))))..)).((.(((((((...((((...((..........))...))))..))))))).)).....)))))))))....)))))))))))))))))))))..))......))))))))).(((((((.(((((((.((..(((((...(((((((((..((((((((..(...((((((((((.(((((.(((((((((((((((....)))).)))))))))))))))))).)))))))).......((.(((((((((.((.((.......))))))))))))).))..((.(((((((((((...(((((....))))))))).)).))).)).)))..)))))))).........(((......)))...((((((((..(((((.(((((...))))).)))))...(((.(((..(((....)))..))).))).(((((((.......))))))).....((..(((((.....)))))..))..))))))))....)))))))))..))))))).))))))).))))..))).(((((......)))))............((((((....((((.(((....))).))))....))))))......))))))).((((((...((((((....((..((((((..(((((...))))).....))).)))..)).....))))))))))))))))))))))))).(((...((((......))))....)))(((((......)))))(((....))).((((((((..(((((((((((((((.....((..((((......((((.(((((.((((((((.........)))))).)).)))))..))))......))))..))..........)))).)))))))))))..)))...)))))))))))).......(((((.((((.....)))).)))))..(((((..((......)).))))))).)))))))).))))..)))))).((((((......))))))..............(((((........))))).))))).....)))))))))))))((((((((((.......................................)))))))))).((((((........))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.,({......}}(((,((((({(....,,|||||{(((((((((.((((((((,({(((((((...(((((((((((({.....,((((....))))|((((((......(((..(((((((((((,,,....)))))...})))))))..)))))))))}((((((((((((((....,{{((((((...{,...|,...))))),.|||(({,,......,..,,,},....,},..{(((..(((....((((((....)))).))..)))..)))}.)))))))}.(((((.(((.{(((,,(((((((((((((((,,......(((((.....))))).....,||.................))))))),.............)))).)))).))))))).)))))..{,(((((((((..((..((((((((.(((.((((.{.....}..)))).)))......(((((.....{{.,..,..((((((....))))))((((..((((((.(((........)))))))))}))).....,...,.{|||.....|||.....,,{|{.....||||||{,.,,,,..|,,{,..||||,{{{|||.,(((({((..(({(((....((((.....}}}}...,,}.}}...|{{{|{|,{(({{{.||.|.....,))))))))}}.}}}.,.,})},}|||||{.,.,|((((.........{||,((((((,{(({{{.{,|,,}||||,,{,(.{(((({..,.{|}},,...,)),)},)),}}..|||.(({(,..(((((......))))).}}}}..))}}}}||{,.{{{|,|{{.((.,...,}},))).))))}})),,}}}}}}....,))}))),,.}))))),)))))))..}},)))))),.}})}})))},)))))))))))))..))......))))))))),|((((((.(((((((.((..(((((...(((((((((..(((((((({{{...((((((((((.((({{{(((((((((((((((....)))).)))))))))))))))))).)))))))).......((.((((((((((((.((.......))))))))))))).))..((.{{{{||{{{{{..,(((({....|}))}}}}).)),))).}}.))...}))))))}......||.{({......))}...((((((((,.(((((.(((((...))))).))))),,.{{{.{{{..(((....)))..}}},|||.(((((((.......))))))).,,,,((..(((((,...,)))))..))..))))))))....)))))))))..))))))).))))))).))))..))|{(((({......})))).},.........((((((.{{{(((,.(({....})).))))}}.,})))))......,)))))),((((((,..,(((((,{..((..((((({..(((((...)))))...,.}}).)))..))..,}.))))))))))))))))))))))))).{{{....,..,.,....,..,||{|,|(((((......)))))||,,.,,))).((((((((..(((((((((((((((.....((..((((......((((.(((((.((((((((.........)))))).)).)))))..))))......))))..)).....,....)))).)))))))))))..))),..}))))))))))).......(((((.((((.....)))).))))).,{((((..((......)).}))}))}.)))))))).))))..))))}}.((((((......)))))).........,,...(((((........))))).||||}.....}}))))))}))))((((((((((..{,........................,},....,}..)))))))))).((((((.,....,}))))))........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002947.5 NCBI
AAGCUACUCAGAUAAGAGGCUCCAAGAGGACAUUUUUGGAUGUGAAAAA… 2020 nt 0.4589
Summary

Enables damaged DNA binding activity and single-stranded DNA binding activity. Involved in DNA metabolic process. Part of DNA replication factor A complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans using post-mortem tissue RNA sequencing demonstrated that the RPA3 gene, involved in DNA repair and telomere maintenance, was downregulated as part of inhibited base excision repair and telomere maintenance pathways specifically in the lungs of sepsis patients compared to uninfected controls [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].