Basic Information

Symbol
RPH3A
RNA class
mRNA
Alias
Rabphilin 3A Exophilin-1 KIAA0985 Rabphilin-3A Rabphilin Rabphilin 3A Homolog (Mouse) Rabphilin 3A Homolog
Location (GRCh38)
12:112570380-112898881
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001143854.2
Sequence length
4590.0 nt
GC content
0.5388

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1536.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1620.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1167.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001143854.2 NCBI
ACACAGGGCUUUGCAGUAGUGGUGGCAGCCGCGGCAGAAACUGGCUCUG… 4590 nt 0.5388
NM_001347952.2 NCBI
GGCUUUGCCGCGGUGGUGGCAGCGGUGGCAGAGGCGACACCGCUGGAGG… 4409 nt 0.5416
NM_001347953.1 NCBI
AAGGCAUCUUAGCGCUGUCCGUGGUGCUGACCGCCAAUCCCCUGGUUGC… 4398 nt 0.5384
NM_001347954.2 NCBI
ACACAGGGCUUUGCAGUAGUGGUGGCAGCCGCGGCAGAAACUGGCUCUG… 4562 nt 0.5386
NM_001347955.2 NCBI
ACACAGGGCUUUGCAGUAGUGGUGGCAGCCGCGGCAGAAACUGGCUCUG… 4501 nt 0.5397
NM_014954.4 NCBI
ACACAGGGCUUUGCAGUAGUGGUGGCAGCCGCGGCAGAAACUGGCUCUG… 4578 nt 0.5395
Summary

The protein encoded by this gene is thought to be an effector for RAB3A, which is a small G protein that acts in the late stages of neurotransmitter exocytosis. The encoded protein may be involved in neurotransmitter release and synaptic vesicle traffic. [provided by RefSeq, Dec 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that early blood transcriptome analysis can predict multiple organ failure (MOF) following blunt trauma, with models based on selected transcripts, including the RPH3A (RPH3A), significantly outperforming clinical severity scores [Duran et al. DOI:10.1186/s13613-024-01364-5].