Basic Information

Symbol
ACAN
RNA class
mRNA
Alias
Aggrecan CSPGCP CSPG1 MSK16 AGC1 Chondroitin Sulfate Proteoglycan Core Protein 1 Cartilage-Specific Proteoglycan Core Protein Chondroitin Sulfate Proteoglycan 1 Aggrecan Core Protein Large Aggregating Proteoglycan Aggrecan Proteoglycan Aggrecan 1 SSOAOD AGCAN CSPCP SEDK
Location (GRCh38)
15:88803436-88875353
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001369268.1
Sequence length
8960.0 nt
GC content
0.5762

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3640.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3793.67 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2489.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001135.4 NCBI
GCCCGCCCACCUACCUCCCCGCCGCUCCAGAGGGGGCUCGCAGAGCUGA… 8549 nt 0.5748
NM_001369268.1 NCBI
GCCCGCCCACCUACCUCCCCGCCGCUCCAGAGGGGGCUCGCAGAGCUGA… 8960 nt 0.5762
NM_001411096.1 NCBI
GCCCGCCCACCUACCUCCCCGCCGCUCCAGAGGGGGCUCGCAGAGCUGA… 8732 nt 0.5762
NM_001411097.1 NCBI
GCCCGCCCACCUACCUCCCCGCCGCUCCAGAGGGGGCUCGCAGAGCUGA… 8846 nt 0.5755
NM_013227.4 NCBI
GCCCGCCCACCUACCUCCCCGCCGCUCCAGAGGGGGCUCGCAGAGCUGA… 8846 nt 0.5769
Summary

This gene is a member of the aggrecan/versican proteoglycan family. The encoded protein is an integral part of the extracellular matrix in cartilagenous tissue and it withstands compression in cartilage. Mutations in this gene may be involved in skeletal dysplasia and spinal degeneration. Multiple alternatively spliced transcript variants that encode different protein isoforms have been observed in this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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