Basic Information

Symbol
ATP7A
RNA class
mRNA
Alias
ATPase Copper Transporting Alpha Copper-Transporting ATPase 1 Copper Pump 1 MNK ATPase, Cu++ Transporting, Alpha Polypeptide Menkes Disease-Associated Protein Cu++-Transporting P-Type ATPase Menkes Syndrome EC 7.2.2.8 EC 3.6.3.4 EC 3.6.3 DSMAX SMAX3 HMNX MC1 MK
Location (GRCh38)
X:77910690-78050395
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000052.7
Sequence length
8492.0 nt
GC content
0.3886

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2282.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2451.31 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2180.41
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((.(((((.......))))).))))))((((((((((.(((((((.(((..((((..(((((((.(((((((((((...........)))))...))))))))))))).(((((((.(((((((.........((((((((((((..((((.((.....(.(((((....))))).))).)))))))).))))))))((((((......))).))).))))))).)))))))...)))).)))))))))).))))...(((((((...)))))))....(((.(((((((((......((..(((((((...............((((((((((((((((...(((((...(((.(((((((...((......))))))))).))).)))))....(((((.(((((((........(((((((.((((((....(((....((((((.(((((.(((.((((.((((((((((.((((((((.(((.((((((.................))))))(((.......)))..(((((..((((....(((((.((((((...((((.((........))..))))(((((..((((((......))))))...)))))....((((.....))))((((...))))(((((((((((......)).)))))))))..(.((((..((((.(((.....))).)))))))).).....)))))).)))))....))))....)))))..))).))))))))......(((((((((((.....((((((((((((((((((((...((((..((......))..))))..........(((((((((.(((.((((((.....((.(((....))).)))))))))))...)))((((((...((...(((((...)))))...))......))))))..(((((....)))))....((....(((((..............)))))....)).(((((((..(((..((((((((((........)))))))))))))..))))))).....))))))..........)))))))..)))))))))))))....((...(((.(((.((((((...))))))))).)))...))..)))))...((((((....(((.......)))...)))..)))((((........))))((((((.(((.....((..((((((...(((((.((((((((.((((........(((((((.((.(((((((((((((((....((((........(((((...(((((((((((.((..(((....(((((.(.....((((..((((((((((((..........((.((((((((((.(((..(((((((((((((.....)))).))))..(((((((........((((((((..(((........((((((((((((...(((..(...)..)))..)))).)))).))))........)))..)))))))).....)))))))......(((.....))).....)))))......))).))))))))))...)).))))))))..))))))))..).)))))...))).)))))))..))))))...)))))))))))))).)))))(((((.....)))))....))))).)).)))))))..(((.(.((((.((((....)))).).))).).)))..)))))))))..))).)).))).))))))..))((((((((((..........)))))))))).((((((((((....))))))...)))))))))))))................)))))).)))))))))).....((((((((.....((((((((((....).))))))........)))...))))))))....((((((...)))...)))....))))))))))))(((((..((((..(((((...((.((((...........)))).))..)))))...........((.(((((....))))).))))))..)))))...........))))))...)))...))).))).)))))))...)))))))..))))).)))))....))).))))))))..............))))))).))......(((.((((.(((((((((......................)))))))))...)))).))).(((((((.(((.......))))))))))......((((....)))).)))))))))))).((((((.....((((((((((.......(((((((((...((((((((((...)))))).))))...))).(((((((((...)))).)))))))))))))))))))))))))))((((.....))))(((((((((((((((.((((((((((((((((((...(((((..((((.......((.((((((((((((((......))))))).(((((......((((.((((((.(((.............((((...))))...))).)))))).)))).......)))))))))))).)).............(((((((((((...((.....((((...((((....((((...........))))..))))))))))...)))))..))))))))))..)))))....))))))).)))......))))))))...)))))).))))..)))))((((((((((((((.(((((((...(((((((......)))).))).(((((((((((((.((((...((((((((.((((..(..(((((..(((((.(((((((((((.(((((.(((((.((((....))))..)))))....((((((((((..((((.(((((((((((.(((((..((((........(((.......)))((((((....))))))..((((((((..((((.((((((((((((((((((((((.((((......))))))))..........((((((........))))))(.(((....((((((..((....))...))))))..)))))))))))))))))))...(((..((((...))))....)))....(((((......((((((..((((((((((.(((((((.....((((((((.(((.(((((((...((((((((((((......))))).)))....(((((((...(((((((((.((((...(((((((...(((.(((((((((......(((((((((.(((((......(((.....)))......))))).)))))).......)))....))))))))))))..........(((((..(((((..((((((((((.....(((((...((....))((((((.((((((((..((.((((((((...((((.(((...(((((.(((...((....))...)))))))))))))))((((......))))(((.((((..(((..(((((.(((..(((((((((((((((((......(((((..((((..((((((((.((((((.(((.((((......((((((...((...((((((....((((((((((((...(((((.(((((..(((((((.((((.(((((((..((((((........(((.((((...)))))))..((((((.(((.....))).)))))).....((((.(......(((((((......)))))))....).)))).))))))))))))).)))).)))).)))(((((..((((((....)))))).((((((((((((((((((((((((((.((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))..((((.......)))).....)))))).))...))))..)))))))....)))))...))))))))...)))))..(((((((...((((((((.......))))))))...)))))))......))))).)))))))))))))))))....))))))...))...))))))(((((((((.(((....((((...))))....).)).)).))))))))))).)))..)))))).))))))))((((......))))(((((((((((.......(((((..((......)).)))))(((((.(((((((((...)))))).((((.(((((.(((((((((((.(.....(((.(((((.(((.((......))))).))))))))....(((((((.(..((((....(((((....)))))((((((((.((((((((....(((..((((((((((..........)))))..........)))))....)))....))))..)))).))))).)))....(((((((((.((..((((..((((......))))...))))..)).)))).)))))))))..).))).))))).))))))))))).))))).))))))))))))......))))))).))))....((((((........))))))......(((((((.(((..(((((........(.((((((((((.((((((.((((((......))))))..((((.(((.(.((((((((.((((.((........)).))))...)))))))).).)))...))))..((((((((....))).)))))..........(((((.(((((.((((((.....((((((((((.(((((((((((((((((((((....((((.(((....))).))))...............((((......)))))))))))))).........)))))))))))....((((((..((((((...(((.(.(((....))).).))).))))))))))))....(.(((((((((((.((((.((...........))..))))))))))))))).)((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))..((((((((((((((((.....((((((((.((..((((((....))).)))..))((((((((((...((((.....))))...))))).))))).(((((((....)))))))...((((((((.....))))))))))))))))................((((((..........)))))).((..........)).......)))))))....((((((((...((((...(((((........))))).....))))...)))))))).(((....)))..)))))))))....))))))))))))))))))))))((((((...))))))(((((....)))))..........))).))).)))))..))))).........)))))).)))))))))).)...))))).....))))))))))........))))..))))))))))))))).)))))))..)))....))))).)))..)))).)))...(((((.......)))))...................................(((((.((.....)).)))))............)))))))).))..)))..))))).))))))(((((.(((((((....))))))))))))..((((.((((((((((((..(((...))).))))))))..)))))))).((((......(..(((((..((((.((((....))))))))..)))))..).((((.....))))....))))......)))))..))))))))))((((.(((((..((((...)))).))))).))))....(.(((......))).).....)))))..)))))......((.((((((.....((((....)))).....))))))))....((((((((........))))))))..(((((((..((((((((....((((((..((..((((((((((((.(((......)))))....))))))...))))..))..))))))......((((.((((......)))).))))....(((((((...((((......)))).....))))))).(((....))).........(((((.((((((((((((...))))))).((((.((....((.(((((((.......(((((......(((((....)))))..((((.((((..(((((((((.(((.(((.....)))(((((........))))).(((((..(((((..((((....)))).))))))))))......(((((.((((.....)))).))))).))))))))))))..)))).))))......)))))..........((((....)))))))))))))....)))))).....(((((.......(((..(((((.(.....((((.....))))..).)))))..)))....))))).......))))).)))))....(((..(((.((((((((((((.(((.....)))))))))))))))..)))..)))........))))))))....))))))).....))))))).))))((((.....((((.(((((.....)))))..))))...)))).....(((((...((((((((((....((((..(((.(((..((((((((...(((((((((((.............)))))))))))...)))))).....))..))))))...((....))))))......)).))))))))...))))).................))))))))))))))))......((((..((((.(((((..((......))..))))).)))))))).....(((((........)))))..)))).))))))))))))))))))......)))))))....((((((...((((.((((((.((((.....)))).))....)))).))))..)))))))))))..........(((((.((((((((((.(((.....))).)))))))....))).))))))))))...))))))....)))))(((((...)))))))).)))).)))))))).))))...))))).)))))))).....)))))))..(((....))).(((((((.....))))))).........))))))).)))......(((((((..........((((....(((((((.(((((((((......))))))))).(((((....))))).(((((((((...(((((((.....(((((((((((........))))))))))).)))))))...)))))))))............((..((((((((((((((.....(((((..((((....((((........))))...))))..)))))...((((((.(((((...((((((((((.(((((((((((....((..(((((......))))).)).....)))))))).........((((.(((...............))).))))((((((...))))))...........((((.((((....)))).))))...)))..))))))).))).....))))).))))))....................(((((((((((....)))))......))))))((((....))))...((((((.(((((...((((..(((((((((((((((.(((......))).))))))))(((((((((.(.(((..((.((((((((......(((((((..(.((((.......)))).).)))))))....((((((.((((((((((((......((((.....))))(((((........))))))))))))))))).))))))((.(((...............)))))))))))))))..))).))))))))))(((((((..((((((..(..((((((.(.......))))))).)..))))))..)))))))......))))))).))))...))))).)))))).)))))))))))))).))....................)))))))....)))))))))))(((((((.......)))))))........))))))))...))))))))...)))))..))))).)..)))).))))..........)))))))).))))))....))))))).(((((...(((((..((((((((......))))))))))))).)))))........(((((........)))))((((((((.((((((....))))))..))))))))......((((((((((....(((((.....)))))....)))))..))))))))))))))))))).))))))).........))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(.((((((.(((((.......))))).)))))).)}.{.((((.(((((((.(((..((((..{((((({,(((((((((((...........)))))...))))))))))))}.(((((((.(((((((.........((((((((((((..((((.((.....{.(((((....))))).))).)))))))),}))))))){(({((,,....))).)},.))))))).)))))))...)))).)))))))))).)))).}.{((((((...))))))|(((((({.,(((.(((((....,.(((.(((..{((((((...((((((((,(..(((............))}..}}....((({..((((((((..((((({............,((((((((....{.((((((((......({(((.,(((.(((.{.((((((..,,,,,(((..((({......,)))..))}..((((((((.(((.((((((.................))))))(((.......)))..(((((..((((....(((((.((((((...((((.((........))..))))(((((..((((((......))))))...)))))....,{{{,....}}}}{{{{...}}}|(((((((((((......)),}))))))))|.{.((((..((((.(((.....))).)))))))).}.....)))))).)))))....))))....)))))..))).)))))))).....|{|{{,,{{||||,,,...,.{{{{.{.,{(((({.(((.((((..({......})..))))...)))..}}})},.,.|.}))}.((((((.....((.(((....})).))))))))|||.,{|,.....))),)))..)))))).}))))))...}}))}}...)))))))).,...}),})))))))))))..))))))))))))....(((((.(((((((((.(((((((..(({..((((((((((.{.....}))))))))))}))..)))))))((({((((((({(........)}..)))).)))).))){(((..{(.((...(((.((,{((((((...))))))))).)))...)).))..)))}.{({.(((((((((((..{(((((((((.,..((,((.(((((((((((.(.(((((((.{,,{(((((.....))))),})}((((((((..((((((((({{{{{,..,,|}}}}}||,,(((((((((..,.,{,,((({......}))).....,,..,.)))).))))).....,(((((((((({{(({.,{{{{((((((((.,,.......{{.((((((((((.(((..,(((({(({((((.....)))).))))}}((((((({{{,,.,|(({{{,,({{(((.,......|{||}|||,,||.}}||,,,|,,,|,.}}},.|}}}.||,},|||}.......||||,.||||}}}}}}}}.)))))}},.,,..(((.....)))....,}}}}},,....})).))))))))))...}),))))))))((((((((((((((((((.{(..{({(((((.....({(((((((((((((({......})))))){{.(((..(({{.....}))}.}}}}},.(((((((((((((,,.{{{{.,,,,{{{{.{{({{{({(((,{,.,,.|||,}},}}}),}}}},}}}}}},.}}||((((((((..........)))))))))}.{((({(((({....)))))}..,}}}}}||{({(({{{{..,({((({{{{{((({,({((((((((,,.,..(((((.((((...,,..(((((((....).))))))...,,,(((......|||......{{(.(((|{........,}.))).))).)))).))))).,.}}}}}}}}{{{{|...{{.((((,{.......,})))).}}..||},,..,,,......,|,(((((,...}}}}}.)}}}}}|||}|||,,,||||||||||||}}||.{{{.,,,,,,||....{((((({..|((((..||...}},)))))))))))),|||,|{{{{|{{{{{..,,.(({,..(((((({{|{{{.,...,{.(((((,,.}}))}.}|{.{(((((((.......{((((((({....(((({.(((((({{(((.......))))))))))..,.{(((((({,,......,,))))))))..((((({.....((((((((((.......{{{{(((((...((((((((({...))))))}})))...)))}|((((((((...)))).))))}}}}}}}))))))))))))))))((((.....)))).(((((.{{,...||...}))))}))))})))))))}......}))))))}.}}.((.((((((((((((((......))))))).(((((......((((.((((((.,(((((,....,.{,,{{({...)))),)))))})))))).)))).......)))))))))))).))..,,..,,,{{{{((((((((,(({{{,{{{,..,,||...,,||}.,}|||,.......,,,{|{|{({|,,,{{{{{{|,,|||{.,|}}}}|,|.,|,.|||||{||.,}||.,||||}.|||{{||||,.||{,{(|||(((,,{((.(........).))).,)))}))).}|||{{|}|{||},}},,.||||{((({,,||||(({((((,{....,)))).,}}|||{{|||}|{((({.....)))))|,,.{|||}}}}|....(((((.((((....))))..)))))....,|||{|||,{,..,({.,{{{{{||{{||||,({{,{....,,,,..||||,,..}}}},,||||||},|,||||},,{(((({{,,.,,|,,,,..{{{{||{{{{|||{((((,{((((......))))))))}.........((((((........)))))),|((|,,.,|||||}}}||},}}),.,,},,))}}})}}})}}|||}}}}}}}}}.,.{{,,,((({...,}}}.}||||||{{||||||}|,,,,{|||||||{||||||||)))||((((.....((((((((.{((.(((((((...((((|{{({(({,,...,)))}}.}},....{((((((...((((((((({((((|..(((((((...(((.(((((((((......,,(((((((.(((((,,,.,.{{{....,)))......))))).))))))}.,,...,}}....))))))))))))..........(((((..(((((..((((((((((.....(((({...{,....}}((((((.(((((,{(,,(,.((((((((,.{({((,({(,..{{{{||{||,.,|,,,..}|...|||||||}||}||||((((.{{.,{||||,{,.((((,.,((..,,||,.|||,,(((((((((((((((((......(((((..((((..{(((((({.{(((((.(((.((((......{(((((...{{...((((((..,.((((((((((((..,(((((.(((((..(((((({.((((.(((((({.,((((((......,{(((.{(((...))))))).,((((((.(((.....))).)))))).....((((.{...,..(((((((......)))))))..,.}.)))).))))))))))))).)))).}))).))),.,,,..((((((....)))))).((((((((((((((((((((((((((.((((((.{(((((..........)))))}.((((((....))))))..((((.......)))).....)))))).)),..}))),.}))))))....)))))...))))))))....|{({{.(((((((...((((((((.......))))))))...)))))))}}}}.,))))).))))))))))))))))).,..))))))...||...}}}}||{(((((({(,((.....((({...))))....),)).,}.))))))))))).)))..)))))}.)))))))}{({{....,|}}|||{{{{{{{(({...,,..{{{||,.||.....,||,|||},{((({.{,,((({,....,}}}||{((((.(((((.(((((((((((.(.,..((((.,((({,{({{({......||{||,{||},|||,...,|||||,.,}}}))),.,,(((((....))))).{{((((({(((,({((,...{{{..((((((((((,,....,},.)))))..........)))))....}}}|}}}|||}..}}}},}}}|}{|||{.,.,,,}||)|,,||..,{(({{{{{{..},,}))))}}}))),..|,.,||||...,)))),..,}))),.},}}.))))))))))).))))).)))))))))))).....}}),,}))})))){{{,((((((........))))))}}}...(((((({,(((..(((((..,.....(.((((((((((.((((((.{(((((..,,,.}}||||..,{((.(((.(.((((((((.{{{{.,,...,,,,,,,.}})),,,)))))))).).)))...||||{{({{{,,,......,)},))))}.....,{{{{{{((({.,,...,(,(({{{..,,,|||||,|.{((((((((((((((((((((....((((.(((....))).))))...............((((......)))))))))))))).........))))))))))},|||||||{|}}||((({,,,{{||{|((({,.,,{{,{,{|{{|,,,,,}},,,,..}||,||||{{(((({.,,,....}}}}}}}||||||..,,{{{{(((((,{{{{,...,{(((({(,((((((((((((((....)))))))))))))),}}}},...,|({{({,......((((((((,,{..((((((....))).)))..},((((((((((...((((.....))))...))))).))))).(((((((....)))))))...{(((((((.....))))))))))))))))................((((((..........)))))).{{.,,...,}}.}}..,....,,)))))}}}}{|||||||,,,|{(({,,((({(,,,,,,,,}))}}.....}}}}...}}}}}}}}.,,,...,)))},,...,,}}}..}},,}}},,,}}}})))))))}},((((((...))))))|||||}},.}}}},..........,,,.,)))))))),.})).},}}}.....)))))).)))))))))).)...)))))..},.})))))))))..,,,,..))))..))))))))))))))).)))))))..)))}}}}})))),)))..})},.,,,...(((((.......)))))...,,{{,.....}}},..................{((({.{,.....}}.))))),,.........,)))))))).}},,)))}})),))})))|}}(((({,(((((({....})))))})))))..((((.(((((((((((({.{{,...,})},)))))))..)))))))).{{((......{,|{{{{(..((({{((((....))))))))..))))},.,.((((.....))))....)))),.....}))))..))))))))))((((.(((((..((({...}))).))))).))))....,.{{{......})).}.....)))))..)))))......((.((((((..,..((((....))))..,..))))))))....{(((((((........)))))))}..{((((((..((((((((....((((((,,{{{{{{{{((((({((.(((......}}},},,..})))))...}}))}}}}..))))))......((((.((((......)))).))))....(((((((...((({......}))).....))))))).(((....))).........|{{{{.{{{{((((((({...}))))))}{(((.((.,.,((.(((((((,.....,(.(((((((,.(((((....)))))..{(((.((((..(((((((((.(((.,{,,,,..|||,{{{||,.{,{{{|||||.(((((,.{((((..,{{,....,}}}.)))))))))).,,}}}|||{{.((((.....)))).}))}},))))))))))))..)))).)))}...,,{{,.........,,}}}))}}}))).)))))))))}},,,.)))))}...}}},,|||,,||,}|||,,||{{{,,,,,,,{{{,.....)))}.,}|||,,,..}}}.,,,{,,....}}},.}}})).))))),,,,{{{..{((.((((((((((((.(((,...,)))))))))))))))..}}}.,}}},....,,.|})))))}....))))))}.....})))))}.}}}}((((.....((((.(((((.....)))))..))))...)))),.{{{{.,|}}})||{|||||||,||,||,|{{{||||,......(((((...(((((((((({....,{,....,})))))))))))...))))))}}}}}}},}})),},..,}}},,,)))})),,,.,.}||}}}))),}||||,,,|..,..,,.......,.,)))))))))))))))).........,,(((((((,..,,,}||||,,|,|,...{|||..,||||......,,,)))))}}}}})),}},.}}}}.)))))))))}))))))))......))))|}|,,,,((((({.,.{(((.{{((,..(((|.,,..,.,,}))},,.)))).)))),})))))}.,}}}})},}},}}}|||||}||,{{|||||.{{{.....))).})})))),,}}})},)}),)})))),,,))),))}....,.......)))))))))))))..))))))))}))...))))),})}).}).....)))))))))...))))))))).....,{{{{{{.....))))))))),..))))))},}))))))))...)))))))),,,,,,..{{(((({...}},,)))}(((((((((......))))))))).{{{{,....,}}}}.(((((((((...(((((((.....(((((((((((........))))))))))).))))))).,.)))))))))...{(((((((((((((.{((((((....))))))|((((..((((.{{.{(((........)))).},))))..))))}...((((((.(((((...((((((((((.,,.{(((((((....{(..(((((......))))).||,....}))))))}........,||{|.{((...............}}).))}){{((({...}))))}.,,........((((.,,{{.},}),})})}))}}.,)),,))))))).))).....))))).))))))..,.....))))))..}))))))}..(((({....})))}....,})))),,)))))))...).))))))))))).||,||{{{{....}}}}.(((((((((.(((......))).)))))))))......(((((..(({.,.{,|||,,......,,...))))),.}},.....,})),)))))))},.......((((((.((((((((((((.....{((((.....))))|((((........))))})))))))))))).)))))).,,,....))))))))))))).)))((((((.(((((((..((((({,...,((({((({{(((((,..,..(((,....}}}....,})))))})}})})))),.,},|||{(({..{{{{,,,({{....,,)),}))})))))},,,,,..(((((((((..,,,........,,,.........,{,......,}|..(((.(((((((.......))))))).)))......)))))))))..,|||{{{......,|||}||.....(((......)))..,,,{{.,,,,)))))))))).))))))).)))))).......,,.{(((((((((......)))))))))).))))))))))))))..(((((........)))))((((((((.((((((....))))))..))))))))...........,,.))))))))....))))))}...))).)))......))))).))).,}}.})))))}....{(((((((......)))))))}...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000052.7 NCBI
AGGAGUUGUUGCUGCCGCCGCCGCAGCCGCAGCUACUGUGACUUCUCCG… 8492 nt 0.3886
NM_001282224.2 NCBI
AGGAGUUGUUGCUGCCGCCGCCGCAGCCGCAGCUACUGUGACUUCUCCG… 8258 nt 0.3877
Summary

This gene encodes a transmembrane protein that functions in copper transport across membranes. This protein is localized to the trans Golgi network, where it is predicted to supply copper to copper-dependent enzymes in the secretory pathway. It relocalizes to the plasma membrane under conditions of elevated extracellular copper, and functions in the efflux of copper from cells. Mutations in this gene are associated with Menkes disease, X-linked distal spinal muscular atrophy, and occipital horn syndrome. Alternatively-spliced transcript variants have been observed. [provided by RefSeq, Aug 2013]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the ATP7A exhibited significant differential expression between control and septic cardiomyopathy groups, linking the condition to cuproptosis [Zhao et al. DOI:10.2147/JIR.S486763].