Basic Information

Symbol
ATP9B
RNA class
mRNA
Alias
ATPase Phospholipid Transporting 9B ATPIIB ATPase Phospholipid Transporting 9B (Putative) Probable Phospholipid-Transporting ATPase IIB ATPase, Class II, Type 9B NEO1L ATPase Type IV, Phospholipid Transporting (P-Type) Putative Phospholipid-Transporting ATPase IIB Phospholipid-Transporting ATPase IIB Macrophage MHC Receptor 1 ATPase Class II Type 9B EC 7.6.2.1 EC 3.6.3.1 HUSSY-20 EC 3.6.3 ATPASEP HMMR1
Location (GRCh38)
18:79069272-79378391
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_198531.5
Sequence length
4361.0 nt
GC content
0.5182

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1491.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1569.60 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1135.33
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001306085.2 NCBI
AAAGGGGCGGUCGGAACAUGGCGGACCAGAUCCCGCUUUACCCGGUGCG… 4328 nt 0.5189
NM_198531.5 NCBI
AAAGGGGCGGUCGGAACAUGGCGGACCAGAUCCCGCUUUACCCGGUGCG… 4361 nt 0.5182
Summary

Predicted to enable ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity. Predicted to be involved in endocytosis; phospholipid translocation; and retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum. Located in perinuclear region of cytoplasm and trans-Golgi network. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human postmortem dorsolateral prefrontal cortex demonstrated differential exon usage in the ATP9B (ATPase, class II, type 9B) in individuals with major depressive disorder, as identified through DEXSeq analysis [Pantazatos et al. DOI:10.1038/mp.2016.130]. This finding provides evidence for altered ATPase activity and splicing events associated with the disorder.