Basic Information

Symbol
RTN1
RNA class
mRNA
Alias
Reticulon 1 Neuroendocrine-Specific Protein NSP Reticulon-1
Location (GRCh38)
14:59595976-59870796
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021136.3
Sequence length
3239.0 nt
GC content
0.5363

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1149 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1208.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 660.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((((.(((..(((.(.......((.(((.(((((...((...(((((....))))).))..))))))))))).)))..))).))..)))))))).(((((..((((((...(((((...(((((((((((((((..(((((.(((((.((....((((......))))..)).))))))))))...)))...(((((((((((.((.((((((((((((.(((.((.(((((((..((....)).(((((((((((.(((..(((((((...)))))))))).)))(((((...(((((((((...((((.((....)).)))).)))))))))))))).(((((..((.........))..))))).......))))))))((((((.((((......))))..)))))).........((((....))))((((((((.(.((((((.((.((((((((((((......(((((...((((.(((((((((((..........))))))))))).).)))...)))))...((((....(((((...(((((((((.((((((....)))))).))))..........(((((((((((.(((((....))))).((((((.((((.(((..........(((.((((...((((((..(((.(((((((...((((((((((...((((..(((((.((.....((((.....................((((......((.(((((................)))))))...))))........(((((((.((((........(((((((..(.(((((.......((((.((((((((((...(((......)))...(((((((((((....(((((..(((.((.....((((....))))....)).))).......)))))))))))).....))))))).)))))))))))..........((((((.........)))))).........(((((.(((...........))).))))).....))))).)..)).....)))))))))))))))).(((....((((...(((((...(((((((...))).)))))))))....))))...)))..))))..)).)))))..))))....))))))).)))((((..(((((.........)))))..)))).....((((((.(((((....((.(((.((((.(((((((.((((..((((((........((((.((.((((....)))).)).))))((((((((.(((((.(((.((((.((.....((((((((...(((((((..(((((((.(.((.(.((.((((.(.(((((.(((((.(((((.(((((((.((.((....))))((((.((....(((((((...(((((.........)))))....))))))))).)))).((((...(((((((..(((.(((....(((....)))..))))))..))))))))))).)))))).).)))))))).))))))).).)))).)).)))))))))))((((((((((((.(((((.(((((((..(.(((...((((.((((..((.((((((((((((((....)))...))))))))))).)).((.(((.((((((..((((.(((((..(((((.((((((((.....((((.............))))....))))))))..)).))))))))))))....(((..(((((((.((.((..((((.(((.(((.((((........(((........))).........))).).))).)))..)))).)).)).))))))))))))))))..))).))..(((((.....((((((.((.....))))))))((((((.....))))))......)))))..)))).))))....))).)..))))))).))))).......((((......)))).((((((((.((.((((((...........)))))))).)))).))))..((((((((....(((.((...((((((...)))))))).)))...((((.(.(((((..........))))).)))))..(((((((........))))))).((((.(((..........))))))).(((.((((.....)))).))).......)))))))))).))))).))))))))))))..)))).))))............)).)))).))).)))))..)))))).)))))))).....))))))))..)))))))..)))))))))).))))))....)))))))))).((((..((((.......))))))))..(((((........)))))))))))...)))).)))......((((.....)))).))).)))))))))))))))))))))..)).)))...))))).....)))).((((....)))).((....))..))))))))...))))))))))))).)).)))))).....)))))))..........)).))))))))))))))).)).))...(((((((((((((.......(((((((.......)))))))..)))).))).))))))...)))))))))......((((((...((((((........))))))....)))))).......((((((.(((......))))))))))))))((((((((((............))).)).)))))...........(((((.......)))))........))))))))))))..))).(((((.((....(((......)))...)))))))..((((.(((....(((.((((.((((((((..(((((..((((.((...((((....))))...)).))))..)).)))..)))))).))..)))).)))..))).)))).....((((......))))....((((......)))).......................(((((........(((((((........))))))))))))))).)))))....((((((.((((.(((....))))))))))))).........((((...))))........(((((((((((....)))....)))))))).....((((((((...(((((((.((......)).))))))).))))))))......))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,((((((((((((((,(((..{((,(.,.....((.(({{(((((..,((...(((((....))))).))..)))))))))),.))),.))).))..)))))))).{((({..{{({||||||||(((((((((((..((((((({,(((((.(((((.((....((((......))))..)).)))))))))).,{|{..,,(((((((((((.((.((((((((((((.(((.({,((((((((((({...{{((((.,((((((,((((.(((((((..,|||||||.}.)))}||||,,,.{{{{((({,...||||,||,,,,},.))))}),}})))))),,,))||,|}}}}}}}}},,..{(({.......}}},.{(((({((((((((((,{{(,,,..,||}}.{((,(((((((.....((((....)))))))))))...))).....}},....}}}}...))))))))))}..))))|..(((((((((((..........))))))))))),|,{{{{,.,,|({...((.(((((((((((.(..(((((((.((((((....)))))).)))).{{{((((..(((((((((((.(((((....))))).((((({{((((.(((........,.(((.((((.,,((((((..((,{(((((((...((((((((((...((((..(((((.((....,({((.....................((((.,.,..((.(((((.,............,.)))))))..}))))........(((((((.((((,.{,.....,,,,((,.(.(((((.......(((,,((((((((((...(((......))).,.((,{(((((({....(((((,.(((.((..,..((((....)))).,..)).))).....,.)))))))))))),.,}..,}}))).)))))))))))..........((((((.........)))))).........(((((.(((...........))).))))).....))))).),.}).....}})))))))))))))).{({...,((((...(((((...(((((((...))),,))))))))....)))}.,.}},,,))))..)).)))))..))))....))))))).)))((((..(((((..,....,.)))))..)))),,,..((((((.(((((...,(.((({.{(((.(({((((.((((,.((((({........((((.((.((((....)))).)).)))){(((((((.(((((.(((.((((.((.,,..((((((((...(((((((..(((((((.{.((.(.((.((((.(.(((((.(((((.(((((,{((((((.((.,,.,.,||{|{,{({(,.{{{(,,(((,...|||,{}|||..|,,}))))},|.||||||,...)))))).}({,.(((((((..(((.(((....(((....)))..))))))..))))))).).))}))))).).)))))))).))))))).).)))).)).))),)))))))((((((((((((.(((((.(((((((..{,(((,,,((((.((((...((((,(((((((((((....)))...)))))))))))}}|.((.(((.((((((..((((.(((((..(((((.((((((((.....((({.............})))....))))))))..)).))))))))))))....(((..((((((((((.((..((((.(((.(((.((({....,,..,,,,,{,...})),........,))),).))).)))..)))).))})),})))))))))))))))..)))})},.(((((.....(((((,{((.....))))))))((((((.....))))))......)))))..)))).))))....))).),.))))))).))))).......((((......)))).((((((((.((.((((((...........)))))))).)))},))))..(((((((((..........({((((((,,,.{{.{.(((((....((((.(.(((((..........))))).)))))..(((((((........))))))).((((.(((..........)))))))))))).|,|}..,,))))}),,.......)))))))))).)))))}})))))))))))..)))).))))..........,.)).)))).))).))))},.)))))).)))))))).....))))))))..}))))))}}),)),))))).)))))),}..)))))))))).((((..((((.......))))))))..(((((........))))))))))),,.)))).))),.....{{{{..,.,)))}.))).)))))))))}))))))))))).....,},.,.))}.)}},.......((((....)))).{{....,...})))..).))))))))))).)).))).,,))))}..,,,.....,,....,,.,}}),.))))))))))))))).)).))...(((((((((((((.......(((((((.......)))))))..)))).)))},)))))...))))))))).}....{(((((...((((((........))))))....)))))).......,,,.(.,((({....,{{((((.((.((.(((((((((((............))).)).)))))}...},,.}}..)))}..,}},..,))))..,....,,,,))))))))).)))...}))}.))).)))).,||||||,,,{((({...,,{{{{.,{({{..(((.((((.((((((((..(((((..((((.((.,.(({{....))))...)).))))..)).)))..)))))).))..)))).)))..}}}.}}}|,||,.{||}},,,,,|,}},.,,|{{({{{...,,.,,,,.,,..,,,............{{(((...,,...(((((({.,....,)))))))))))))))).)))))..,.((((((.((({,(((....))))))))))))).,....,,.((({...}))).,,.....(((((((((((....)))....))))))))....}|{{{{{({,..(((((((.((......}).))))))).}}}}}))}......,)),

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001363702.1 NCBI
GCAUGCCAUUUCUACCAGCUAUUGACCUGUUGUAUUGGCGGGACAUCAA… 1353 nt 0.4294
NM_021136.3 NCBI
GUUGCAGCAGAGGCGGCGGCGACGCUGAGACACCGCAGCUUCCCUGAGC… 3239 nt 0.5363
NM_206852.3 NCBI
AGUCUCUCCGCAGCCGCGCGGCCACUGCGAGCCCAGCCGCAGCAGCCGG… 1506 nt 0.4582
Summary

This gene belongs to the family of reticulon encoding genes. Reticulons are associated with the endoplasmic reticulum, and are involved in neuroendocrine secretion or in membrane trafficking in neuroendocrine cells. This gene is considered to be a specific marker for neurological diseases and cancer, and is a potential molecular target for therapy. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2011]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the RTN1 is a specific mRNA marker for brain tissue identification, where it functions in neuroendocrine cell maintenance and signaling and is reported to be expressed in the spinal cord [Lindenbergh et al. DOI:10.1007/s00414-013-0895-7]. The marker was included in an initial organ-typing multiplex assay, which successfully analyzed blind test sets and mock stabbing samples, though it was later replaced by GFAP and OPALIN in an updated assay design [van den Berge et al. DOI:10.1002/elps.201700241].