Basic Information

Symbol
ATRN
RNA class
mRNA
Alias
Attractin DPPT-L MGCA Mahogany Protein Mahogany Homolog Attractin-2 KIAA0548
Location (GRCh38)
20:3471018-3651118
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_139321.3
Sequence length
8651.0 nt
GC content
0.4753

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2833.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2994.17 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2244.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001207047.3 NCBI
ACAGCCCCGCCCCGCACGGCCAGGCGAAGCGGAGCCGGCCGUGCGGUGU… 3739 nt 0.4699
NM_001323332.2 NCBI
ACAGCCCCGCCCCGCACGGCCAGGCGAAGCGGAGCCGGCCGUGCGGUGU… 4352 nt 0.5030
NM_139321.3 NCBI
ACAGCCCCGCCCCGCACGGCCAGGCGAAGCGGAGCCGGCCGUGCGGUGU… 8651 nt 0.4753
NM_139322.4 NCBI
ACAGCCCCGCCCCGCACGGCCAGGCGAAGCGGAGCCGGCCGUGCGGUGU… 4122 nt 0.4966
Summary

This gene encodes both membrane-bound and secreted protein isoforms. A membrane-bound isoform exhibits sequence similarity with the mouse mahogany protein, a receptor involved in controlling obesity. A secreted isoform is involved in the initial immune cell clustering during inflammatory responses that may regulate the chemotactic activity of chemokines. [provided by RefSeq, Apr 2016]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.