Basic Information

Symbol
ATXN10
RNA class
mRNA
Alias
Ataxin 10 ATX10 SCA10 E46L Spinocerebellar Ataxia Type 10 Protein Brain Protein E46 Homolog Ataxin-10 FLJ37990 Spinocerebellar Ataxia 10 HUMEEP
Location (GRCh38)
22:45671798-45845307
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_013236.4
Sequence length
3294.0 nt
GC content
0.4423

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-958.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1019.24 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 981.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001167621.2 NCBI
GCCGUCUCCUCCUCCCGCCUGAGGCGAGUCUGGGCUCAGCCUAGAGCUC… 3102 nt 0.4423
NM_013236.4 NCBI
GCCGUCUCCUCCUCCCGCCUGAGGCGAGUCUGGGCUCAGCCUAGAGCUC… 3294 nt 0.4423
Summary

This gene encodes a protein that may function in neuron survival, neuron differentiation, and neuritogenesis. These roles may be carried out via activation of the mitogen-activated protein kinase cascade. Expansion of an ATTCT repeat from 9-32 copies to 800-4500 copies in an intronic region of this locus has been associated with spinocerebellar ataxia, type 10. Alternatively spliced transcript variants have been described.[provided by RefSeq, Jul 2016]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.