Basic Information

Symbol
SCAMP1
RNA class
mRNA
Alias
Secretory Carrier Membrane Protein 1 SCAMP37 Secretory Carrier-Associated Membrane Protein 1 SCAMP
Location (GRCh38)
5:78360114-78480739
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004866.6
Sequence length
6143.0 nt
GC content
0.3422

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1482.24 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1607.86 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1610.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001290229.2 NCBI
GCCUCGUCUCUCUCUCUGCGCCUGGGUCGGGUGGGUGACGCCGAGAGCC… 6065 nt 0.3416
NM_004866.6 NCBI
GCCUCGUCUCUCUCUCUGCGCCUGGGUCGGGUGGGUGACGCCGAGAGCC… 6143 nt 0.3422
Summary

This gene product belongs to the SCAMP family of proteins, which are secretory carrier membrane proteins. They function as carriers to the cell surface in post-golgi recycling pathways. Different family members are highly related products of distinct genes, and are usually expressed together. These findings suggest that these protein family members may function at the same site during vesicular transport rather than in separate pathways. A pseudogene of this gene has been defined on chromosome 1. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Mar 2014]

Forensic Context

A study in humans identified the SCAMP1 as a member of a ubiquitin-mediated proteolysis gene co-expression module that was downregulated in subjects with methamphetamine-associated psychosis and overlapped with a previous convergent functional genomics-based study validating blood biomarkers for delusions [Breen et al. DOI:10.1038/tp.2016.67]. A study in mice demonstrated that exposure to γ-rays resulted in the down-regulation of the SCAMP1 gene in liver tissue, as identified through oligonucleotide microarray analysis and validated by real-time PCR [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078].