Basic Information

Symbol
SCG3
RNA class
mRNA
Alias
Secretogranin III SgIII Secretogranin-3 FLJ90833
Location (GRCh38)
15:51681492-51721026
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_013243.4
Sequence length
3160.0 nt
GC content
0.4085

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-782.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -841.28 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 830.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001165257.2 NCBI
ACAGGAACUUCAGCACCCACAGGGCGGACAGCGCUCCCCUCUACCUGGA… 3107 nt 0.4100
NM_013243.4 NCBI
ACAGGAACUUCAGCACCCACAGGGCGGACAGCGCUCCCCUCUACCUGGA… 3160 nt 0.4085
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the chromogranin/secretogranin family of neuroendocrine secretory proteins. Granins may serve as precursors for biologically active peptides. Some granins have been shown to function as helper proteins in sorting and proteolytic processing of prohormones; however, the function of this protein is unknown. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2009]

Forensic Context

A study in humans using post-mortem tissue RNA sequencing demonstrated that the SCG3 gene was downregulated in the kidneys as part of the haemostasis pathway in sepsis patients who succumbed to septic shock [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].