Basic Information

Symbol
Scmh1
RNA class
mRNA
Alias
Scm Polycomb Group Protein Homolog 1 Scml3 Sex Comb On Midleg Homolog 1 Polycomb Protein SCMH1 Sex Comb On Midleg Homolog 1 (Drosophila)
Location (GRCh38)
1:41027202-41242306
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001394311.1
Sequence length
3370.0 nt
GC content
0.5540

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1228.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1286.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 899.90
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001031694.3 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3722 nt 0.5387
NM_001172218.2 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3513 nt 0.5437
NM_001172219.2 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3304 nt 0.5578
NM_001172220.2 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3233 nt 0.5602
NM_001172221.3 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3571 nt 0.5531
NM_001172222.3 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 2979 nt 0.5525
NM_001350667.2 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3583 nt 0.5403
NM_001350668.2 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3487 nt 0.5423
NM_001394299.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3857 nt 0.5416
NM_001394300.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3923 nt 0.5386
Showing 1 to 10 of 21 entries
Summary

Predicted to enable chromatin binding activity and histone binding activity. Predicted to be involved in heterochromatin formation and negative regulation of DNA-templated transcription. Predicted to act upstream of or within anterior/posterior pattern specification; chromatin remodeling; and spermatogenesis. Predicted to be located in nucleoplasm. Predicted to be active in nucleus. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

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