Basic Information

Symbol
Scmh1
RNA class
mRNA
Alias
Scm Polycomb Group Protein Homolog 1 Scml3 Sex Comb On Midleg Homolog 1 Polycomb Protein SCMH1 Sex Comb On Midleg Homolog 1 (Drosophila)
Location (GRCh38)
1:41027202-41242306
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001394311.1
Sequence length
3370.0 nt
GC content
0.5540

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1228.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1286.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 899.90
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001394301.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3793 nt 0.5428
NM_001394302.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3799 nt 0.5344
NM_001394303.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3579 nt 0.5404
NM_001394304.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3447 nt 0.5553
NM_001394305.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3733 nt 0.5374
NM_001394306.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3656 nt 0.5418
NM_001394307.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3508 nt 0.5422
NM_001394308.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3010 nt 0.5545
NM_001394309.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3619 nt 0.5419
NM_001394311.1 NCBI
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCG… 3370 nt 0.5540
Showing 11 to 20 of 21 entries
Summary

Predicted to enable chromatin binding activity and histone binding activity. Predicted to be involved in heterochromatin formation and negative regulation of DNA-templated transcription. Predicted to act upstream of or within anterior/posterior pattern specification; chromatin remodeling; and spermatogenesis. Predicted to be located in nucleoplasm. Predicted to be active in nucleus. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

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