Basic Information

Symbol
SEC24D
RNA class
mRNA
Alias
SEC24 Homolog D, COPII Component SEC24 Homolog D, COPII Coat Complex Component KIAA0755 Protein Transport Protein Sec24D SEC24-Related Protein D SEC24 (S. Cerevisiae) Related Gene Family, Member D SEC24 Family, Member D (S. Cerevisiae) SEC24 Related Gene Family, Member D SEC24 Family Member D CLCRP2
Location (GRCh38)
4:118722822-118838683
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Forensic tag(s)
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HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014822.4
Sequence length
4018.0 nt
GC content
0.4547

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1154.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1236.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 993.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001318066.2 NCBI
GUUUGACGUGGCAGUUCCCAGCCCAGCUGCAACUCCGAGCGUGAGUCCA… 4021 nt 0.4549
NM_014822.4 NCBI
GUUUGACGUGGCAGUUCCCAGCCCAGCUGCAACUCCGAGCGUGAGUCCA… 4018 nt 0.4547
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the SEC24 subfamily of the SEC23/SEC24 family, which is involved in vesicle trafficking. The encoded protein has similarity to yeast Sec24p component of COPII. COPII is the coat protein complex responsible for vesicle budding from the ER. This gene product is implicated in the shaping of the vesicle, and also in cargo selection and concentration. Mutations in this gene have been associated with Cole-Carpenter syndrome, a disorder affecting bone formation, resulting in craniofacial malformations and bones that break easily. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Dec 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly upregulated the SEC24D in oligodendrocytes, where it is involved in the protein processing of endoplasmic reticulum pathway, indicating a specific disruption in cellular protein handling within this glial cell type [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].