Basic Information

Symbol
SEC61A2
RNA class
mRNA
Alias
SEC61 Translocon Subunit Alpha 2 Protein Transport Protein Sec61 Subunit Alpha Isoform 2 Sec61 Alpha-2 FLJ10578 Protein Transport Protein Sec61 Subunit Alpha Sec61 Alpha 2 Subunit (S. Cerevisiae) SEC61 Translocon Alpha 2 Subunit Sec61 Alpha 2 Subunit Sec61 Alpha Form 2
Location (GRCh38)
10:12129637-12169961
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018144.4
Sequence length
2495.0 nt
GC content
0.4477

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-725.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -769.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 541.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001142627.3 NCBI
GCGGGGCCGGUAGGAUCGCGUCGGGAGCCGGUACCGAGGCCCGAGCCGC… 2056 nt 0.4582
NM_001142628.1 NCBI
AAGGGCGGAGUCUGCGCGGGGUUGGGCGGAGCCUGCGCGGGGCCGGUAG… 2462 nt 0.4537
NM_018144.4 NCBI
GCGGGGCCGGUAGGAUCGCGUCGGGAGCCGGUACCGAGGCCCGAGCCGC… 2495 nt 0.4477
Summary

The protein encoded by this gene has similarity to a mouse protein which suggests a role in the insertion of secretory and membrane polypeptides into the endoplasmic reticulum. It may also be required for the assembly of membrane and secretory proteins. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly upregulated the SEC61A2 in oligodendrocytes, as part of broader disruptions to protein processing in the endoplasmic reticulum pathway within cortical glial cells [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].