Basic Information

Symbol
SEMA4C
RNA class
mRNA
Alias
Semaphorin 4C Semacl1 Semaf SEMAI Sema Domain, Immunoglobulin Domain (Ig), Transmembrane Domain (TM) And Short Cytoplasmic Domain, (Semaphorin) 4C Semaphorin-4C M-Sema F M-SEMA-F KIAA1739
Location (GRCh38)
2:96859718-96873840
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017789.5
Sequence length
3652.0 nt
GC content
0.6150

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1660.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1717.85 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 894.16
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((((((((.((((.((((((((.(((((.((((..((((..(((((..(((((((((((.(((.(((((((((((.(((((..((((((((..(((((((.((((((.(((((.((.((((((....((((((((((((..((((.......))))..)))(..(((.(((((((((((((((((((((.((((.((((((..(((((((((...)))).)))))((((((..(((.(((((((((((..((((((........))))))..)).))))))))))))(((((.((((((((((((((.........(((((((...((((.(((...((((((((((((.((((....))..)))))))).))))))..((((..((((.(((((.(.(.((.(((...(((((((((...)))).))))).))).)).).).).)))).))))..))))..(((...((((((...((.((((((.((((((.(((((((((.....)))).)))))......(((..(((.(((......)))...)))..)))...((((......))))....)))))).))))))))......))))))...)))))))))))))))))))))))))..)))))).)))))...))))))..(((((((............)))))))(((.(((((.((.((((.(((((....).))))....)))).)).(((((((...))))))).((((.((..(((.((((....)))))))..)).)))).....((.(((.(((........)))))).)).(((((((........)))))))....(((.....)))(((....)))....)))))))).....((((((...)))))))).))))....)))).)))))))))((........))....((((((((((((((.((((((((((((......))))).))((((((((.....))).)))))(((((((.((((((((.((....))))))))))...))))))).))))).))))))))))))))..)))))))..))))).)))..)...)))))))))....(((..(((((...((((.(((((((((((...))(((((((((((((....)))).)))....(((.((......)))))........(((((..((.(((((......))))).))..))))).......((((((.....))))))))))))..((((((.......(((.((.(..((((....((((....))))....)).))..)))))).......))))))((((((((((((((...........))).))).)))).)))).....(((((....)))))...........(((((((((((((((....((....))))))))))(((((((.((((.(((....))).).))))))))))((((((..((...))..))))))..((((((.((((..(((((((((((..(((((.(.(((((((....(.((((((.....)))))).).....)).))))).)))))).)))))).)))))))))))))))........))))))).))))))))).))))...)))))))).(((((((.....))).))))((((((......)))))))))))).))))))).))).))).)).)))))..))))))))...(((.((((((..((((((.((((((.....(((((.....))))).....))))))..))))))....((((((...))).))).(((.((((.(.(((.(((((((......)))))))...))).).)))))))..)))))).)))))))).))).(((.(((.((.....((.(((((((.((((((((........((.(((((((((((((.......)).))))).))))))...))((((....(((....)))...))))..))))))))..))).)))).)).....)).)))))))))))))))))....)))))))))))..))))))))).....)))).))).)).)))))))).)))))))..((.((((((((...)))))))))).(((.((((((.((((((.((((((...)))))).))(((((((((((((.(.((((...(.((((((.((((((...((....)).)))))).).((((((((..(.((((.((((((((((((.(((((((.(((.((.(((((((((((.......))))))))))).))(((...((((......(((((((((((((.......)).)))))).....)))))..)))).))).((((((.((((..(((((.(((((.((((((........)))........(((.((((.((.(((...............))))).))))..)))...(((((.(((....))))))))..((.(((((((((..((((((.(((.......))).((((.((((..((((((((...........)))....(((((..((((.(((..((.((........))))..))).)))).....)))))))))).)).)).))))(((((((((((.....)))))))))))(((..(......)..)))...((((......).)))..((((...((((((........))))))..))))..))))))..))))))))).)).))).))))).).))))))))..))))))......))))))))))))))..))))))))....((((.((((....))))))))((((.(((...))))))).)))))..))))))))..)).))).)...).))).))))))).)))))))((((((.....)))))))))))))))).)))....))).)))).))))..((((((...)))))).((((((((((((((((((((((((((((......))))))))..(((((......)))))......(((((((....)))))))((((((((((((((....))))))))))))))...))))...((((((((.(.(((.((((((..(((..(((((((((....)))))...))))..)))))).))).)))(((((((.((((.((((((((((.(((((((.(((((((((........))))))...........))).))))))).)))))))))).)))))))))))).)))))).))..))).))))))(((...((((((.(((((((((((..........(((((...(.((((((.........)))))).)...)))))((((..(((((((........)))))))..)))).((((..((((........)))).))))(((((((.((((.((((......)))).)))).)))))))...(((((((((((.(((.............))).)))))))))))))))))))))).))))))))).((((((.....))))))...))))))).(((((((((((((((.((......)).)))))...))))))))))....................(((((...)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.{(((((((((.((((.((((((((.(((((.((((||{(((..{((|(..((((((((((({(((.(((((((,((({((((,..((((((((..(((((((.((((((.(((((.((.((((((....((((((((((((..((((.......))))..))){..(((.(((((((((((((((((((((.((((.,((({{..(((((((((...)))).)))))((({{{.|||,.(((((((((((..((((((.,....,.))))))..)).))))))))),||(((({.((((((((((((((.........((((((({..,(((,(,{,..((((((((((({,(({(....)}..)))))))).))))))..((((..((((.(((({,(.(.((.(((...(((((((((...))))}})))).))).)).).}.).)))).))))..))))..{{{...((((((..,((.((((((.((((((.(((((((((.....)))).))))).,,,,.(((.{(((.(((......))}...}},.})}}...{{{|.,.,,.}))),...)))))).))))))}),.....))))))...)))}.},},))))))))))))))))..)))))).})))).)},,|}||..(((((((.{{........|))))))){,{.{(({{.,{,((((.(((((....),))}}....}}}|,}}.{{{(((|,,,}}}))}|.,{||}||.|||{,||{{,...))}|||},{||.,,,......||}{{{.(({.,,,,,,.}}}}}}.},.(((((((........)))))))..,.|||,||...}||||....))),,..}}}}}}}}....,{(((((...)))))))).)))).,..)))).)))))))))((.....,,.},....((((((((((((((.((((({((((((......))))).))((((((((.....))},,)))){((((((.((((((((.((....)))))))},)}}.))))))}.))))).))))))))))))))..)))))))..))))).)))..)...)))))))))....{((..(((((...((((.((((((((({{...,,{((((({{(((({....})))||}}....(((.((......)))))........(((((..((.(((({......})))).))..))))).......((((((.....)))))))))))}..((((((....,..(((.((.,..{({(,...((((....))))....)).}}..,))))),,,....))))))((((((((((((((...........))).))).)))).)))).....(((((....)))))...........{(((((,(((((((,...,((....))))))))))(((((((.((((,(((....)))}).)),)))))))((((((..((...))..))))))..((((((.((((..(((((((((((..(((((.(.(((((((....(.((((({.....}))))).},..,.)).))))).)))))).))))}}|))))))))))))))),,......)))))))}))))))))).))))...)))))))),(((((((.....))).)))){(((((......)))))})))))).))))))).))).))).)).)))))..))))))))..,(((.{({{({..((((((.((((((...{.(((((.....))))).,...))))))..)))))}....{{{{,({{,|}}.|||||((.{({{.{,(({.(((((((......)))))))...))).),))}}}}),.}))))),)))))}}}.,},.{{{.(((,((,....,({(,(((((.(({(((,,........{{,||{||{||||{|,,,,....))})))))})))))).))))|||,....(((,,..}||,|.||||,,|}}}})))|||||.||||,|,{{...}|,)}|)))))))}}))}},.,...)))))))))).||)))}))}},|,..)))).))).)).)))))))).)))))))..((.((((((({...})))))))})}(((.((((((.((({({.((((((...)))))).))|((((((((((((.(.(((.,..(,((((((.((((((,..((....)).)))))},}{((((((((.,(.((((.((((((((((((.(((((({{(((.((.(((((((((((.......))))))))))).))(((.,{,{(({{....,((((((((((((.......)).)))))),...})))))}},})).))).((((((.((((..(((({,(((((.((({({,.,,,...)))...,,...{{{.((((.((.((({{.......,...,.))))).))))..}})...(((((.(((....))))))))..((.(((((((((..((((((.(((.......))).{(((.(({{..(({{{{{{,.,,,,...,,|||,...|||||}|{(((,(((.,{(.{{...,,...})))..})).))))}.,..}}}))))))).)).)),)))}(((((((((((.....)))))))))))(((..(......)..)))...,{{{.,....},,})..{(((...((((((........))))))..)))}..))))))..))))))))).)).))).))))).).))))))))..))))))......))))))))))))))..)))))))).|{.((((.(({{...,)))})))|((((.(((...)))))))}))))}.,)))))))),.}).))).),..}.))).))))))).))))))|((((((.....)))))))))))))))).)))....))).)))}.)))}{{((((((...}}||||,((((((({(((((((({{{,((((((({......})))))))..{{(((,,,,,.,}}}}......|||||||,.,,})))}},((((((((((((((....))))))))))))))...}}))...((((((((.,.{((.(((((,..{((..(((((((((....)))))...))))..)))))).)))})))(((((((,{{{{.((((((((((.(((((((.((((((((({({...})))))))...........))).))))))).)))))))))).}}}))))))))..))))}).)),,)))},))))}{((,,.{{((((.((((({{{(((.||,,....,|||{|...|,||||||,,..,,...)))))).)...}}))}((((..(((((((.,,,..}.)))))))..)))),|{||,,|{{(,.......}}}}.}))|(((((((.((((.((((......)))).)))).))))))),..(((((((((({.(((,,,,,........))).}))))))))))}}}}}}})))).))))))}}}.((((((.....))))))..,)))))}}.(((((((((((((((,((......}}.)}))),..})))))))))..,,|,............,.(((({...}))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_017789.5 NCBI
GGAGAAAGAGCCGGCGCCCGCCGUGGUGGCGCGGGGAGCCCGAGCCUAG… 3652 nt 0.6150
Summary

Predicted to enable chemorepellent activity; neuropilin binding activity; and semaphorin receptor binding activity. Involved in muscle cell differentiation and positive regulation of stress-activated MAPK cascade. Located in extracellular space. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the SEMA4C transcript, a neuronal and heart development protein, increased in abundance within 1 hour postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].