Basic Information

Symbol
SERPINB13
RNA class
mRNA
Alias
Serpin Family B Member 13 Headpin Hurpin HUR7 PI13 Serine (Or Cysteine) Proteinase Inhibitor, Clade B (Ovalbumin), Member 13 Serpin Peptidase Inhibitor, Clade B (Ovalbumin), Member 13 HaCaT UV-Repressible Serpin Proteinase Inhibitor 13 Peptidase Inhibitor 13 Serpin B13 PI-13 Protease Inhibitor 13 (Hurpin, Headpin) UV-B Repressed Sequence, HUR 7 HSHUR7SEQ
Location (GRCh38)
18:63586989-63604639
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification Mixture deconvolution
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_012397.4
Sequence length
3130.0 nt
GC content
0.3792

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-747.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -815.5 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 844.53
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001307923.2 NCBI
ACUGCUGAAGCAGAUGUGGAGAACUAUAAAUUAAGGAUCCCAGCUACUU… 3157 nt 0.3792
NM_001348267.2 NCBI
ACUGCUGAAGCAGAUGUGGAGAACUAUAAAUUAAGGAUCCCAGCUACUU… 3123 nt 0.3894
NM_001348268.2 NCBI
ACUGCUGAAGCAGAUGUGGAGAACUAUAAAUUAAGGAUCCCAGCUACUU… 3340 nt 0.3850
NM_001348269.2 NCBI
ACUGCUGAAGCAGAUGUGGAGAACUAUAAAUUAAGGAUCCCAGCUACUU… 2883 nt 0.3833
NM_001348270.2 NCBI
ACUGCUGAAGCAGAUGUGGAGAACUAUAAAUUAAGGAUCCCAGCUACUU… 2910 nt 0.3832
NM_012397.4 NCBI
ACUGCUGAAGCAGAUGUGGAGAACUAUAAAUUAAGGAUCCCAGCUACUU… 3130 nt 0.3792
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the serpin family of serine protease inhibitors. The encoded protein inhibits the activity of cathepsin K and is itself transcriptionally repressed by RUNX1. This gene is downregulated in many types of cancer. [provided by RefSeq, Jan 2017]

Forensic Context

A study in humans developed a multiplex RT-PCR assay for vaginal fluid identification, where the SERPINB13 was detected in 32 of 36 vaginal fluid samples (88.9% sensitivity) and showed no cross-reactivity in other tested body fluids, with a cutoff set at the limit of detection [Akutsu et al. DOI:10.1016/j.legalmed.2020.101715]. A separate human study using a massively parallel sequencing assay for mixture deconvolution identified the SERPINB13 as a vaginal secretion marker, though it was also detected in saliva and one skin sample, and was used to associate body fluid origin with a specific donor [Liu et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2024.103066].