Basic Information
Symbol
SERPINB3
RNA class
mRNA
Alias
Serpin Family B Member 3
Squamous Cell Carcinoma Antigen 1
HsT1196
SCCA1
T4-A
Serine (Or Cysteine) Proteinase Inhibitor, Clade B (Ovalbumin), Member 3
Serpin Peptidase Inhibitor, Clade B (Ovalbumin), Member 3
Protein T4-A
Serpin B3
SCCA-1
SCC
SCCA-PD
SSCA1
SCCA
Location (GRCh38)
18:63653686-63661893
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
Postmortem interval inference
MANE select
Transcript ID
NM_006919.3
Sequence length
1707.0 nt
GC content
0.3937
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-408.2 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-441.6 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
425.86
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..............((((((((((((((((((((((((.(((((......)))))..........(((((((...)))))))(((..(((.......)))..)))...(((((((.((((....)))).))......((....)))))))...(((((((((.((((.(((((.(((.((..(((((((((((((((((...)))).))..........(((.....)))........(((..(((.((.((((...)))).)).))).))).(((......)))..........((((((..((((((((.........................))))))))....)))))).)))).))))))))).))))))))((((.((..((((((((....))).......(((((((................)))))))..................(((((((((((..((..((((((((.((.....(((((.((..((((.......))))..)).))))))).))))))))..))...............((((.........))))..(((((....)))))))))))))))))))))....)).)))).......)))).))))))))).........................)))))))...(((((......))))).............(((....)))..(((((((................))))))))).))))).))....)))((((.(.(((((...(((((.....((((..(((.(((......))).)))..))))...........))))).))))).).)))).)))))...((((((.......(((((((...((((((.(((((.(((....((((((((..(((((..((((.(((((((....))...)))))((((((((.(((((.(((((.(...).)))))..(((.(((((((((((((((.((((((((((..((((((......((((((((((.(...).)))))..)))))(((((.((((((((.....(((((....)))))(((((.((.((.(((..........))).)).)).))))))))))))))))))...............((.(((((((((......................))))))))).)).................(((......(((((((..(((....))).)))))))))).....))))))..)))))))..))).)))))))))......(((((((((((.....))))))).))))....)))))).))).))))).)))))))).......((((((((((((...))))))))))))............)))).)))))..))))))))....)))...)))))..((((....))))..(((((((((.((..........)).))))))))))))))).........(((((((..(((..........(((((((((((..........(((((.(....((((.....))))....))))))...........))))))))))).....((((((((..((......)).((((((((...))))))))........)))))))).)))..)))))))............)))))))....))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.............(((.((((((..{{{{({((({(((.(((((......)))))}}|.......(((((({...})))))).,,..|{|},,,...|,,..,}},,.{,{((((.((((....)))).)).}},.......,||||,...,.||||,{{{{,(,,,.(((((.(((.{,..(((((((((((((((((...)))).))..........(((.....)))........{(({{({,.((.((({...)))).})}))),,},.(((......)))..........((((((..((((((((..,...........|,,.....},,))))))))....)))))).}))).))))))),,.))))))))(((,.{{......,{{{....))).......((({{{{..,.,...,}}},,..})))))}......{{,,,(((((.((((((((((((..,,,(((((((((.((....,{((((.((..((((.......))))..)).))))))).)))))))},}},.,.............((((.........))))..(((((....))))))))))))))}})).))))).....,,,,,,,,...)))))).)))||{{,..,{{{,,...(((((((((...,{{{{{,..,((((({{{...},,,,......,,..{(((,,.{{{....{(((((((................)))))))}}}},,}}}}}},,,}}}|}||)|.(((((...(((((.....((((,.(((..||,.,.,.,)),))),,)}}).........,,})))).))))).,({|{{{{{{{{,,,|||,,||}}}},.||||||,..,|||||,.|||||,||,....((((((((..(((((..,{{{.(((((((....))...)))))((((((((.(((((.(((((.{...).)))))..(((.(((((((((((((((.((((((((((.,((((((.,..,.((((((((((.{...}.))))}..))))},{{{||{{{((({(,,,,,{{{{|||||,}))}|{|||,((,((.{((.,......|.|)).)}.)),))))}))}||}}}}|}},.....,,,..,....{{.(((((((((......{........,......))))))))).}),,.......,.,,....||,|},,,.{((((((..(((....))).)))))))}}}.....)))))},,))))))).,))}.)))))))))....,.(((((((((((.....))))))).)))).}..)))))).))).))))).)))))))).......((((((((((((...))))))))))))............))}}.)))))..)))))))),))))))}..}})))..((((....})))..{(((((({{.{(,,....,,}.}}.)))))})}}.})}}....,{{{..,...,,}}}}.....)))))))))..{{|||||,,....,}}}{{{{({{...{(((({{.{{||,.......,||,,,.....,,..,,}||||||||.,,..{(((({,,....,,,,,..|.((((((((...)))))))).,,,,,,||))},)}}.,|||{|||||},...........}))),,,)}}}}))),),)}}},.....
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGACACACAUAGCCUCUCUGCCCACCUCUGCUUCCUCUAGGAACACAGG… | 1707 nt | 0.3937 |
Summary
Enables cysteine-type endopeptidase inhibitor activity; protease binding activity; and virus receptor activity. Involved in several processes, including autocrine signaling; paracrine signaling; and regulation of protein metabolic process. Located in several cellular components, including cytoplasmic vesicle; cytosol; and extracellular exosome. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]
Forensic Context
A study in human body fluids demonstrated that the SERPINB3 is a vaginal secretion biomarker with detectable cross-reactivity in saliva, and its inclusion of circular RNA transcripts does not impair specificity [Liu et al. DOI:10.1007/s00414-019-02027-y]. A separate study in human prostate tissue found the SERPINB3 is upregulated in samples with a high postmortem interval, where it is involved in enzyme and protease binding molecular functions [Javan et al. DOI:10.1038/s41598-025-29561-7].