Basic Information

Symbol
AVL9
RNA class
mRNA
Alias
AVL9 Cell Migration Associated KIAA0241 Late Secretory Pathway Protein AVL9 Homolog AVL9 Homolog (S. Cerevisiase)
Location (GRCh38)
7:32495426-32588726
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015060.3
Sequence length
6987.0 nt
GC content
0.4259

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2082.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2220.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1662.29
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001410870.1 NCBI
GUGUCAGGUGACAGCCCGGAAGCUGCGGAAGCGGAUGAGGGAAGGGCGG… 6933 nt 0.4261
NM_015060.3 NCBI
GUGUCAGGUGACAGCCCGGAAGCUGCGGAAGCGGAUGAGGGAAGGGCGG… 6987 nt 0.4259
Summary

Involved in cell migration. Located in recycling endosome. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic alcohol exposure significantly downregulated the AVL9 mRNA in hippocampal tissue, as identified through high-throughput sequencing and bioinformatic network analysis [Du et al. DOI:10.3389/Fphar.2024.1377501]. This downregulation was part of a broader dysregulated miRNA-mRNA network associated with neurodegeneration and impaired learning, with the AVL9 being a predicted target of the upregulated miR-30b-5p.