Basic Information

Symbol
SETDB1
RNA class
mRNA
Alias
SET Domain Bifurcated Histone Lysine Methyltransferase 1 KMT1E ESET SET Domain Bifurcated 1 KIAA0067 TDRD21 KG1T Histone-Lysine N-Methyltransferase SETDB1 Histone H3-K9 Methyltransferase 4 Lysine N-Methyltransferase 1E Tudor Domain Containing 21 Histone-Lysine N-Methyltransferase, H3lysine-9 Specific 4 ERG-Associated Protein With A SET Domain, ESET ERG-Associated Protein With SET Domain SET Domain, Bifurcated 1 H3-K9-HMTase 4 H3-K9-HMTase4 EC 2.1.1.366 EC 2.1.1.43
Location (GRCh38)
1:150926263-150964744
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001366418.1
Sequence length
4418.0 nt
GC content
0.5084

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1473.2 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1552.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1239.65
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001145415.2 NCBI
GUUUCUUUUGCUUCCCCUUCCCUCUUUCACGCUUCCUCCCCUCCCCCUC… 4415 nt 0.5085
NM_001243491.2 NCBI
GUUUCUUUUGCUUCCCCUUCCCUCUUUCACGCUUCCUCCCCUCCCCCUC… 1464 nt 0.4740
NM_001366417.1 NCBI
AGUUUUCGUCGCCUCUGAGGGGCGCCCCGCGGCUUUGGAUUUGACCCCG… 4349 nt 0.5089
NM_001366418.1 NCBI
GUUUCUUUUGCUUCCCCUUCCCUCUUUCACGCUUCCUCCCCUCCCCCUC… 4418 nt 0.5084
NM_001393958.1 NCBI
GUUUCUUUUGCUUCCCCUUCCCUCUUUCACGCUUCCUCCCCUCCCCCUC… 4445 nt 0.5080
NM_001393959.1 NCBI
GUUUCUUUUGCUUCCCCUUCCCUCUUUCACGCUUCCUCCCCUCCCCCUC… 4364 nt 0.5078
NM_001393960.1 NCBI
AGUUUUCGUCGCCUCUGAGGGGCGCCCCGCGGCUUUGGAUUUGACCCCG… 4346 nt 0.5090
NM_001393961.1 NCBI
AGUUUUCGUCGCCUCUGAGGGGCGCCCCGCGGCUUUGGAUUUGACCCCG… 4346 nt 0.5090
NM_001393964.1 NCBI
GUUUCUUUUGCUUCCCCUUCCCUCUUUCACGCUUCCUCCCCUCCCCCUC… 1532 nt 0.4778
NM_001393965.1 NCBI
AGUUUUCGUCGCCUCUGAGGGGCGCCCCGCGGCUUUGGAUUUGACCCCG… 1449 nt 0.4769
Showing 1 to 10 of 14 entries
Summary

This gene encodes a histone methyltransferase which regulates histone methylation, gene silencing, and transcriptional repression. This gene has been identified as a target for treatment in Huntington Disease, given that gene silencing and transcription dysfunction likely play a role in the disease pathogenesis. Alternatively spliced transcript variants of this gene have been described.[provided by RefSeq, Jun 2011]

Forensic Context

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