Basic Information

Symbol
SFTPA1
RNA class
mRNA
Alias
Surfactant Protein A1 COLEC4 SP-A1 SP-A SFTP1 35 KDa Pulmonary Surfactant-Associated Protein Surfactant, Pulmonary-Associated Protein A1A Pulmonary Surfactant-Associated Protein A1 Alveolar Proteinosis Protein Collectin-4 SFTPA1B PSP-A PSAP PSPA Surfactant, Pulmonary-Associated Protein A1B Surfactant, Pulmonary-Associated Protein A1 Surfactant Protein A1B SP-A1 Epsilon SP-A1 Delta SP-A1 Gamma SP-A1 Beta SFTPA ILD1 SPA1 SPA
Location (GRCh38)
10:79610412-79616115
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005411.5
Sequence length
2215.0 nt
GC content
0.5242

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-792.5 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -831.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 629.37
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001093770.3 NCBI
GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGCCUGG… 2216 nt 0.5284
NM_001164644.2 NCBI
GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGGUCGC… 2186 nt 0.5233
NM_001164645.2 NCBI
GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGCAGCC… 2072 nt 0.5203
NM_001164646.2 NCBI
GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGGUCGC… 2080 nt 0.5144
NM_001164647.1 NCBI
GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGGAGCA… 2159 nt 0.5220
NM_005411.5 NCBI
GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGGUCGC… 2215 nt 0.5242
Summary

This gene encodes a lung surfactant protein that is a member of a subfamily of C-type lectins called collectins. The encoded protein binds specific carbohydrate moieties found on lipids and on the surface of microorganisms. This protein plays an essential role in surfactant homeostasis and in the defense against respiratory pathogens. Mutations in this gene are associated with idiopathic pulmonary fibrosis. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that SFTPA1 mRNA is a highly expressed biomarker for lung tissue identification, with an average read count of 142,360, and was successfully utilized in a targeted massively parallel sequencing assay designed to definitively identify 10 organ/tissue types [Hanson and Ballantyne DOI:10.3390/genes8110319]. A review further confirms the SFTPA1 is a key marker used in targeted MPS assays for lung tissue identification within forensic transcriptome analyses for body fluid and tissue identification [Haas et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2021.102486]. A study in rats demonstrated that intra-alveolar granular staining of surfactant protein A (SP-A) was more severe in the lungs of drowned animals compared to postmortem submersion and control groups, indicating its potential as a marker for diagnosing drowning [Lee et al. DOI:10.1111/1556-4029.13347]. In a separate investigation using mice and human autopsy samples, the intrapulmonary expression of the SFTPA1 was significantly suppressed specifically in freshwater drowning cases compared to saltwater drowning, postmortem immersion, and other causes of death, supporting its forensic utility for this differentiation [Hayashi et al. DOI:10.1007/S00414-008-0235-5].