Basic Information
Symbol
SFTPA2
RNA class
mRNA
Alias
Surfactant Protein A2
COLEC5
SP-A2
35 KDa Pulmonary Surfactant-Associated Protein
Surfactant, Pulmonary-Associated Protein A2A
Pulmonary Surfactant-Associated Protein A2
Alveolar Proteinosis Protein
SFTPA2B
PSP-A
SFTP1
PSAP
PSPA
SP-A
Surfactant, Pulmonary-Associated Protein A2
Collectin 5
Collectin-5
SP-2A
SPAII
SFTPA
ILD2
SPA2
Location (GRCh38)
10:79555761-79560492
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
Sudden cardiac death diagnosis
Mechanical injury analysis
MANE select
Transcript ID
NM_001098668.4
Sequence length
2201.0 nt
GC content
0.5320
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-800.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-837.87 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
544.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGGUCGC… | 2201 nt | 0.5320 | |
| AACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGGUCGC… | 2204 nt | 0.5322 | |
| AGAGCAUGGAAGAUUCAGCUGAAAUCAGAGAGGUGAAGCCAGUUUCCCA… | 2341 nt | 0.5305 |
Summary
This gene is one of several genes encoding pulmonary-surfactant associated proteins (SFTPA) located on chromosome 10. Mutations in this gene and a highly similar gene located nearby, which affect the highly conserved carbohydrate recognition domain, are associated with idiopathic pulmonary fibrosis. The current version of the assembly displays only a single centromeric SFTPA gene pair rather than the two gene pairs shown in the previous assembly which were thought to have resulted from a duplication. [provided by RefSeq, Sep 2009]
Forensic Context
A study in human forensic autopsy cases demonstrated that SP-A2 mRNA levels, quantified using TaqMan real-time RT-PCR, were significantly lower in drowning, mechanical asphyxiation, fire fatality, and acute cardiac deaths compared to hypothermia and injury [Miyazato et al. DOI:10.1007/S00414-012-0698-2]. A study in rats demonstrated that intra-alveolar granular staining of the SFTPA2 was more severe in drowned lungs compared to postmortem submersion and control groups, suggesting its decreased expression could be a marker for drowning diagnosis [Lee et al. DOI:10.1111/1556-4029.13347].