Basic Information
Symbol
SFTPB
RNA class
mRNA
Alias
Surfactant Protein B
SP-B
SFTP3
Pulmonary Surfactant-Associated Proteolipid SPL(Phe)
Pulmonary Surfactant-Associated Protein B
18 KDa Pulmonary-Surfactant Protein
6 KDa Protein
Surfactant, Pulmonary-Associated Protein B
PSP-B
SFTB3
SMDP1
Location (GRCh38)
2:85655154-85668741
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
MANE select
Transcript ID
NM_000542.5
Sequence length
3550.0 nt
GC content
0.5330
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1209.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1269.83 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
962.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGGCUGCAGAGGUGCCAUGGCUGAGUCACACCUGCUGCAGUGGCUGCUG… | 3550 nt | 0.5330 | |
| AGGCUGCAGAGGUGCCAUGGCUGAGUCACACCUGCUGCAGUGGCUGCUG… | 2567 nt | 0.5333 | |
| UGUAAAUGCUCUUCUGACUAAUGCAAACCAUGUGUCCAUAGAACCAGAA… | 2850 nt | 0.5386 |
Summary
This gene encodes the pulmonary-associated surfactant protein B (SPB), an amphipathic surfactant protein essential for lung function and homeostasis after birth. Pulmonary surfactant is a surface-active lipoprotein complex composed of 90% lipids and 10% proteins which include plasma proteins and apolipoproteins SPA, SPB, SPC and SPD. The surfactant is secreted by the alveolar cells of the lung and maintains the stability of pulmonary tissue by reducing the surface tension of fluids that coat the lung. The SPB enhances the rate of spreading and increases the stability of surfactant monolayers in vitro. Multiple mutations in this gene have been identified, which cause pulmonary surfactant metabolism dysfunction type 1, also called pulmonary alveolar proteinosis due to surfactant protein B deficiency, and are associated with fatal respiratory distress in the neonatal period. Alternatively spliced transcript variants encoding the same protein have been identified.[provided by RefSeq, Feb 2010]
Forensic Context
A study in humans demonstrated that the SFTPB mRNA marker was successfully developed and validated for the specific identification of lung tissue within a 17-plex endpoint RT-PCR assay, showing high specificity and sensitivity in analyses of 85 organ tissue specimens and a blind test set [Lindenbergh et al. DOI:10.1007/s00414-013-0895-7]. Extended specificity testing confirmed the assay's human specificity against animal organ RNAs, though the primer concentration for the SFTPB was reduced in an updated multiplex, and cross-reactivity was observed with thyroid tissue [van den Berge et al. DOI:10.1002/elps.201700241].