Basic Information

Symbol
SHPRH
RNA class
mRNA
Alias
SNF2 Histone Linker PHD RING Helicase BA545I5.2 KIAA2023 SNF2, Histone-Linker, PHD And RING Finger Domain-Containing Helicase SNF2 Histone Linker PHD RING Helicase, E3 Ubiquitin Protein Ligase RING-Type E3 Ubiquitin Transferase SHPRH E3 Ubiquitin-Protein Ligase SHPRH FLJ90837 2610103K11Rik EC 2.3.2.27 EC 3.6.4.- RAD5
Location (GRCh38)
6:145864245-145964423
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001042683.3
Sequence length
7596.0 nt
GC content
0.4131

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2142.2 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2290.13 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1927.5
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001042683.3 NCBI
ACGCUACAGCGCGCGCCCGGCAGCUAGGCGCUGUGGUUUCUGGGUCUCC… 7596 nt 0.4131
NM_001370327.1 NCBI
ACGCUACAGCGCGCGCCCGGCAGCUAGGCGCUGUGGUUUCUGGGUCUCC… 7170 nt 0.3993
NM_001370328.1 NCBI
ACGCUACAGCGCGCGCCCGGCAGCUAGGCGCUGUGGUUUCUGGGUCUCC… 6754 nt 0.4026
NM_173082.4 NCBI
ACGCUACAGCGCGCGCCCGGCAGCUAGGCGCUGUGGUUUCUGGGUCUCC… 7261 nt 0.4159
Summary

SHPRH is a ubiquitously expressed protein that contains motifs characteristics of several DNA repair proteins, transcription factors, and helicases. SHPRH is a functional homolog of S. cerevisiae RAD5 (Unk et al., 2006 [PubMed 17108083]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

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