Basic Information

Symbol
SIK1
RNA class
mRNA
Alias
Salt Inducible Kinase 1 SNF1LK Msk Serine/Threonine-Protein Kinase SNF1-Like Kinase 1 Serine/Threonine-Protein Kinase SNF1LK Serine/Threonine-Protein Kinase SIK1 Myocardial SNF1-Like Kinase SNF1-Like Kinase EC 2.7.11.1 SIK-1 SIK Probable Serine/Threonine-Protein Kinase SIK1B Putative Serine/Threonine-Protein Kinase SIK1B Salt-Inducible Protein Kinase 1 Salt-Inducible Kinase 1B Salt-Inducible Kinase 1 EC 2.7.11 DEE30 SIK1B
Location (GRCh38)
21:43414483-43427131
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_173354.5
Sequence length
4747.0 nt
GC content
0.5726

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1942.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2026.00 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1383.65
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_173354.5 NCBI
GACAUGCGGCGCGGCCCCGGAGGCAGCAGCAGCGGCGGCGGCAGCCGGA… 4747 nt 0.5726
Summary

This gene encodes a serine/threonine protein kinase that contains a ubiquitin-associated (UBA) domain. The encoded protein is a member of the adenosine monophosphate-activated kinase (AMPK) subfamily of kinases that play a role in conserved signal transduction pathways. A mutation in this gene is associated with early infantile epileptic encephalopathy 30. [provided by RefSeq, Nov 2016]

Forensic Context

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