Basic Information

Symbol
SIN3A
RNA class
mRNA
Alias
SIN3 Transcription Regulator Family Member A Histone Deacetylase Complex Subunit Sin3a Paired Amphipathic Helix Protein Sin3a Transcriptional Corepressor Sin3a DKFZP434K2235 KIAA0700 SIN3 Homolog A, Transcription Regulator (Yeast) SIN3 Transcription Regulator Homolog A (Yeast) SIN3 Homolog A, Transcription Regulator Transcriptional Co-Repressor Sin3A Transcriptional Regulator, SIN3A CHR15DELq24 DEL15Q24 WITKOS
Location (GRCh38)
15:75369379-75455842
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001145358.2
Sequence length
6723.0 nt
GC content
0.4711

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2032.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2152.49 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1696.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001145357.2 NCBI
AUUCAGGACUCCUCGCCUGGCUCGGAAGGUAUGUUAAACAGCUGCUUUU… 6636 nt 0.4676
NM_001145358.2 NCBI
AACAGAGAAGCGGCCGCGGCGGUAGAGGCGGCGGAGACGGUUUCUCCAU… 6723 nt 0.4711
NM_015477.3 NCBI
AACAGAGAAGCGGCCGCGGCGGUAGAGGCGGCGGAGACGGUUUCUCCAU… 6786 nt 0.4739
Summary

The protein encoded by this gene is a transcriptional regulatory protein. It contains paired amphipathic helix (PAH) domains, which are important for protein-protein interactions and may mediate repression by the Mad-Max complex. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for SIN3A Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the SIN3A (SIN3A) was identified as a single-gene blood biomarker differentiating methamphetamine dependents without psychosis from those with methamphetamine-associated psychosis (MAP) with 95% accuracy using a machine-learning classifier [Breen et al. DOI:10.1038/tp.2016.67].