Basic Information

Symbol
SIX4
RNA class
mRNA
Alias
SIX Homeobox 4 Homeobox Protein SIX4 AREC3 Sine Oculis Homeobox Homolog 4 Sine Oculis Homeobox (Drosophila) Homolog 4 Sine Oculis Homeobox Homolog 4 (Drosophila)
Location (GRCh38)
14:60709539-60724351
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017420.5
Sequence length
6491.0 nt
GC content
0.4241

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1901.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2025.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1521.58
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_017420.5 NCBI
GCCAUAUAGUAUGCAGCAACCGGAGGAGUCACGUUGGGGGAACGGCAGA… 6491 nt 0.4241
Summary

This gene encodes a member of the homeobox family, subfamily SIX. The drosophila homolog is a nuclear homeoprotein required for eye development. Studies in mouse show that this gene product functions as a transcription factor, and may have a role in the differentiation or maturation of neuronal cells. [provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the lncRNA SIX4 was hypermethylated in the nucleus accumbens of subjects with alcohol use disorder, showing a mean methylation level of 0.674 in cases versus 0.325 in controls [Liu et al. DOI:10.3390/genes13060958].