Basic Information

Symbol
SLC17A6
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 17 Member 6 VGLUT2 DNPI Vesicular Glutamate Transporter 2 Solute Carrier Family 17 (Sodium-Dependent Inorganic Phosphate Cotransporter), Member 6 Differentiation-Associated Na(+)-Dependent Inorganic Phosphate Cotransporter Differentiation-Associated Na-Dependent Inorganic Phosphate Cotransporter Solute Carrier Family 17 (Vesicular Glutamate Transporter), Member 6 Differentiation-Associated BNPI VGluT2
Location (GRCh38)
11:22338381-22379503
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_020346.3
Sequence length
3665.0 nt
GC content
0.3836

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-953.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1025.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1145.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_020346.3 NCBI
ACUCUCACUCUUGCUGGAGGCGAGCCACUACCAUUCUGCUGAGAAGGAA… 3665 nt 0.3836
Summary

Enables L-glutamate uniporter activity. Involved in L-glutamate import and phosphate ion homeostasis. Located in synaptic vesicle membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic cocaine exposure and withdrawal induced profound transcriptomic changes in the nucleus accumbens, including a sustained down-regulation of the vesicular glutamate transporter VGLUT2, encoded by the SLC17A6 [Eipper-Mains et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2012.00873.X]. A separate review of alcohol toxicity literature noted that elevated miR-467b-5p in neonatal mouse hippocampus targets and down-regulates the SLC17A6 [Mandal et al. DOI:10.1002/JAT.3504].