Basic Information

Symbol
SLC18A3
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 18 Member A3 VACHT Solute Carrier Family 18 (Vesicular Acetylcholine Transporter), Member 3 Vesicular Acetylcholine Transporter Solute Carrier Family 18 (Vesicular Acetylcholine), Member 3 Solute Carrier Family 18, Member 3 Solute Carrier Family 18 Member 3 CMS21 VAChT
Location (GRCh38)
10:49610310-49612720
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003055.3
Sequence length
2411.0 nt
GC content
0.6715

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1112.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1148.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 591.47
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003055.3 NCBI
AAGAGCCGACGCGAGGGGAGGGGAGCGCAGCGGCGGGGCUAACGGGCGG… 2411 nt 0.6715
Summary

This gene is a member of the vesicular amine transporter family. The encoded transmembrane protein transports acetylcholine into secretory vesicles for release into the extracellular space. Acetylcholine transport utilizes a proton gradient established by a vacuolar ATPase. This gene is located within the first intron of the choline acetyltransferase gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the mRNA of the SLC18A3 was significantly upregulated in salivary extracellular vesicles from concussion clinic patients compared to healthy controls (p=0.0153) and also showed a significant difference in expression between emergency department patients and concussion clinic patients (p=0.002) [Cheng et al. DOI:10.1002/jcp.28139].