Basic Information

Symbol
SLC19A1
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 19 Member 1 IFC-1 RFT-1 FOLT RFC1 HRFC RFC Folate:Anion Antiporter SLC19A1 Reduced Folate Transporter 1 Intestinal Folate Carrier 1 Solute Carrier Family 19 (Folate Transporter), Member 1 Cyclic Dinucleotide:Anion Antiporter SLC19A1 Reduced Folate Carrier Protein Placental Folate Transporter Reduced Folate Transporter Reduced Folate Carrier 1 Folate Transporter 1 HSLC19A1 IMD114 MEGAF FLOT1 CHMD IFC1 REFC
Location (GRCh38)
21:45493572-45573564
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_194255.4
Sequence length
4991.0 nt
GC content
0.6289

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2346.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2428.40 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1243.20
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001205206.4 NCBI
GCUGUAGUCCCGGAGUCCGCGUGCGCGGGGCCGGGUCCGGGAGCCCCAG… 4021 nt 0.6265
NM_001205207.3 NCBI
GCAGAGCCUCCCUGCUGUCUGCCUGCCAAGGCUGAGGAAGAGGGAGUAG… 4899 nt 0.6248
NM_001352510.2 NCBI
GCUGUAGUCCCGGAGUCCGCGUGCGCGGGGCCGGGUCCGGGAGCCCCAG… 4995 nt 0.6288
NM_001352511.3 NCBI
GUCACUUCUGCUUCUCUUUCUGAUGGUCUUUCCCUGGCCUUGAGUAUUU… 4232 nt 0.6146
NM_001352512.2 NCBI
AGGAAAGCGUGGAUCCGGCGUUCGCGCCCAGGCACGUGUUGCUUCGGGA… 4978 nt 0.6272
NM_194255.4 NCBI
GCUGUAGUCCCGGAGUCCGCGUGCGCGGGGCCGGGUCCGGGAGCCCCAG… 4991 nt 0.6289
Summary

The membrane protein encoded by this gene is a transporter of folate and is involved in the regulation of intracellular concentrations of folate. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Mar 2011]

Forensic Context

A study in mouse cardiac mesenchymal stem cells demonstrated that HDAC11 overexpression induced transcriptional reprogramming, activating cell cycle pathways and promoting proliferation, while suppressing various genes including the SLC19A1 [Zhang et al. DOI:10.3390/biom15050662].