Basic Information

Symbol
B4GALT2
RNA class
mRNA
Alias
Beta-1,4-Galactosyltransferase 2 Beta4Gal-T2 Beta-N-Acetylglucosaminylglycopeptide Beta-1,4-Galactosyltransferase N-Acetyllactosamine Synthase UDP-Galactose:Beta-N-Acetylglucosamine Beta-1,4-Galactosyltransferase 2 UDP-Gal:Beta-GlcNAc Beta-1,4-Galactosyltransferase 2 Lactose Synthase A Protein Beta-1,4-GalTase 2 Nal Synthase B4Gal-T2 Beta-N-Acetylglucosaminyl-Glycolipid Beta-1,4-Galactosyltransferase 2 Beta-N-Acetylglucosaminyl-Glycolipid Beta-1,4-Galactosyltransferase UDP-Gal:BetaGlcNAc Beta 1,4- Galactosyltransferase, Polypeptide 2 UDP-Gal:BetaGlcNAc Beta 1,4-Galactosyltransferase, Polypeptide 2 UDP-Gal:BetaGlcNAc Beta 1,4- Galactosyltransferase 2 Lactose Synthase A Beta-4-GalT2 EC 2.4.1.38 EC 2.4.1.22 EC 2.4.1.90 EC 2.4.1.- B4Gal-T3
Location (GRCh38)
1:43978943-43991173
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003780.5
Sequence length
2193.0 nt
GC content
0.6471

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1025.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1063.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 453.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((...((((....)))).)))))).(((((((((((((((((((.((((((.(((..((((((((....))).(((((((.((((((((((((.((..(((((......)))))..))...)))).))))).))).).)))))).))))).))))))))).)))))))))).))))))).)).(((((((((((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((....)).((((((.(((((((((((((.((.((.(((((((((.((((((.((((........))))))))))..)))))))...))))))))))))))...(((((.....((.((..((((((.((((((((((((.((((((((((.(.(((.(((((((((((.......(((.....)))......(((((.(((((..........))))).)))))...)))))..))))))...)))))))))))))))))((((....((....))))))..))).((((((......))))))..))))))...)))))))).)).....)))))........))))).)))))).....)))))).)))....)))))))))).)).)))))..))))))......(((....((((((((((((((((.((.((((((((((((((((((((((((.(((((((..((((.((((((((((.(((....)))............((((((..........))))))..))))))))..))))))..(((.((((((((((((((((((((.(.(((((((..((((..(((((..((((((....................((.((.(.((((....)))).).)).))..((((.(((.(((...)))))).)))).........))))))))).)).....))))..)))))...)).)))))))).))))..(((..((((.....)))).....)))(((.((((...)))).))).))))))))).))).....(((....))).((((((((((((.((((((((....)))).))))..))))..(((((........)))))((((((((((((((((.(((((((.....)))(((((...)))))......((((((.(((....(((((((((((((((.(((.((((....(((.(((((((.((((.((.....))))))..))))))).)))......(((.((((((..((((((((((((((((((..((.((.((((..(((((.....((((((.........)))))).......(((.......)))))).....))..))))..))))....))))).)))))))(..((((((((((((.((((.(((.(((((...............))))).(((((((.((((((.(((((((((((...)))))...))).....))).)))))))))))))....((.(((((.((((..((.(((....))))))))).)))))))....))).))))))))))))))))..)..((((.((((.((((((.((((.....(((((...)))))..)).))))))))...)))).)))).(((((((((((((((....))).)))))))))))).))))))...)))))))))..................))))...))).)))))))))))).)))....)))..))))))...))))))).))))).))))))))(((((((.(((.(((..((((((((((((((((..(((((((((.((.((.(((...))).)).)).))).)))))).........))))))..(((((((((((((((..((((((.....))))))))))))((((((((((((((((....))))))))..........(((((((((..((....))..))))))))))).))))))......))))))))))))))))).))..))).).))))))))).....)))))))).....)))))))..).)))).)))))).))))))).))))))(((((.((((((((.......)).)))))).))))))))))))))))...)))...((((.((((((((....)))))))))))).............))))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,({{{(({,{((((,,,.||||{(|||((.(({(((((((((({(((({{((({{((((((((((.((((((.,(((.((((((,.(((((((((((((,(,((((,({{,...}},....),)))).)).))))).))))).))))))))),)).)}})))))).))))))))),}{|||||},}},|||||}((({(,({,.(((((((((({{({((((((({,..,,)))|,.{{{.,.((((((.((((({{(((((,,((.((.,((((((((.((((((.((((.{......))))))))))..))))))),}.,)),))))))))||,..(((((.....((.((..((((((.((((((((((((.((((((((((.(.(((.(((((((((((.......(((.....)))......(((((.(((((..........))))).)))))...)))))..))))))...)))))))))))))))))((((,...,,....)}))))..))).((((((.((....))))))))}))))...)))))))).)).....))))).},,....))))).))))))..,.))))))),}}),,,.)))))))))).)),))))).))))))).)))}.})}}}...|||,||(((((((((.(({((((((((((((((((((((((((.(((((((..((((.((((((((((.(((....))).,.....},..,((((((..........)))))),.))))))))..))))))..(((.((((((((({{{{(((((((.{.{{(((((..((((..(((({..(((({(,...................{({(({{,((((....)))).,,})})),.((((.((,,(({...}))))}.)))}.........))))))))).)).....))))..))))).,,)),||||||||.|||}{,,(,....|,,.}},}).)},}}})))(((.((((...)))).))).))))))))).})).....(((....))).((((((((((((,((((((((....)))).))))..))))..(((((........)))))((((((((((((((((.(((((((.....)))(((((...)))))......((((((,(((....(((((((((((((((.(((.((((..{.(((.(((((((.((((.((.....))))))..))))))).))),.....(((.((((((..((((((((((((((((((((((.((.((((..((,{,.....((((((.........))))))....,,.{((.......))},)).....))..))))..)))).)),))))},))))))),,.((((((((((((.((((.(((.((({(...............})))).(((((((.((((((.(((((((((((...))))))..},,.....))).)))))))))))))..|.{{,{{(((,(((({{((.(((....))))))}}),)))))},.,,,))).)))))))))))))))),.}..{(((.((((.((((({.((({.....(((((...)))))..,..))))))))...)))).)))},{((((((((((((((....))).)))))))))))).))))))...)))))))))..................))))...))).)))))))))))).)))....)))..))))))...))))))).))))).))))))))(((((((.{{(.(((..((((((((((((((((,,((((((,(({((.((.(((...))).)).}),))).)))))).....,,..))))))..(((((((((.(((({..((((((({.{{|||||.|,,,,,,|,|||}}|||(((((....)))))},,..........{{(((((((..((....))..))))))))))))))),,..)))).))))))))))))))))).))..))).).}}))))))).....)))))))).....)))))))..).))))))))))),})))))),}))))},{(((.((((((((.,.....)).)))))).))))))))))))))))...|||,..,{||,|{((((({....}))))))))))),},.........,,.,,..}}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001005417.2 NCBI
UCCCAGUUGGCCUGGCCUGCUUGUCGCUGGGAUCUGAAUGACCAAACCA… 2009 nt 0.6078
NM_003780.5 NCBI
GCCCCUCCGAGGCGCCGUAGCGCGGGAGGGAGGCGGCGGCGCUGUGGUC… 2193 nt 0.6471
NM_030587.3 NCBI
GAACCCCUGCGCCGGAGGGAGGGUGGGAAUGUCUGCACGUGGGUCUGGG… 2001 nt 0.6137
Summary

This gene is one of seven beta-1,4-galactosyltransferase (beta4GalT) genes. They encode type II membrane-bound glycoproteins that appear to have exclusive specificity for the donor substrate UDP-galactose; all transfer galactose in a beta1,4 linkage to similar acceptor sugars: GlcNAc, Glc, and Xyl. Each beta4GalT has a distinct function in the biosynthesis of different glycoconjugates and saccharide structures. As type II membrane proteins, they have an N-terminal hydrophobic signal sequence that directs the protein to the Golgi apparatus and which then remains uncleaved to function as a transmembrane anchor. By sequence similarity, the beta4GalTs form four groups: beta4GalT1 and beta4GalT2, beta4GalT3 and beta4GalT4, beta4GalT5 and beta4GalT6, and beta4GalT7. The enzyme encoded by this gene synthesizes N-acetyllactosamine in glycolipids and glycoproteins. Its substrate specificity is affected by alpha-lactalbumin but it is not expressed in lactating mammary tissue. Three transcript variants encoding two different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.