Basic Information

Symbol
SLC24A2
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 24 Member 2 NCKX2 Solute Carrier Family 24 (Sodium/Potassium/Calcium Exchanger), Member 2 Sodium/Potassium/Calcium Exchanger 2 Na(+)/K(+)/Ca(2+)-Exchange Protein 2 Retinal Cone Na-Ca+K Exchanger Na/Ca-K Exchanger 2
Location (GRCh38)
9:19507452-19789119
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_020344.4
Sequence length
10990.0 nt
GC content
0.4166

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2979.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3191.59 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3007.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001193288.3 NCBI
AGUCUCCUCCCGAACCCAGCCCGGCUGGCGAGAGCGGCAGCCAGUGCGA… 10939 nt 0.4171
NM_001375850.1 NCBI
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NM_001375851.1 NCBI
AGUCUCCUCCCGAACCCAGCCCGGCUGGCGAGAGCGGCAGCCAGUGCGA… 11292 nt 0.4255
NM_020344.4 NCBI
AGUCUCCUCCCGAACCCAGCCCGGCUGGCGAGAGCGGCAGCCAGUGCGA… 10990 nt 0.4166
Summary

This gene encodes a member of the calcium/cation antiporter superfamily of transport proteins. The encoded protein belongs to the SLC24 branch of exchangers, which can mediate the extrusion of one Ca2+ ion and one K+ ion in exchange for four Na+ ions. This family member is a retinal cone/brain exchanger that can mediate a light-induced decrease in free Ca2+ concentration. This protein may also play a neuroprotective role during ischemic brain injury. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

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