Basic Information

Symbol
SLC25A3
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 25 Member 3 PTP Phosphate Transport Protein PiC PHC Solute Carrier Family 25 (Mitochondrial Carrier; Phosphate Carrier), Member 3 Phosphate Carrier Protein, Mitochondrial OK/SW-Cl.48
Location (GRCh38)
12:98592455-98606379
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002635.4
Sequence length
5984.0 nt
GC content
0.4352

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2319.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2428.00 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1081.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((.((((((.((((...)))).))))))(((((..(((..((((((((((((....(((((((((((((.(((((((..(((((((((..............((((((((..((((((((...(((((.(((((...((((((((((((((((((((((((((((..((..(((.(((.(((((((.((((..((((....))))....)).)))))))))....)))...)))..)).....)).))))).)))))))).))))........((((......))))..))))))))).))))).)))))..)))...)))))..))))))))................((((((...(((.((((...((((...((((...(((((.........((((..(((((((.(((.((.......)).))))))))))..))))((((.....))))......((((((...)))))).....((((..((((((..((.((((((((((.(((....))).))))))).))).))..))))))..)))).)))))...))))))))....)))).)))...))))))((((((...)).)))).....))))))........))).)))))))..))))).......((((((.(((((((((..(((((...(((.......)))....)))))......)))))))))))).)))))))))))((((((((((........((......))....((((((((((((((((.(((.(((...........))).))).........)))))..)))))))))))(((((((((.((.((.((((.(((((.((((..((.........))..))))))))).))))...)).)).)))).))))))))))))))).........((((((((((.((((((((..(((.(((((..((((((((((..((...((((...(((.((((((((.(((..((((((.......)))))).......)))..)))))((((.......)))).((.(.((((((.....)))))).).))))))))..))))...))..))).)))))))...(((((.(.(((((((.(((((((((((((((((..((((..(((((.....))))))))))))))(.(((((((((((((.........)))))).....))))))).).((((((........))))))...))))))))).)))(((((((((...)))))))))(((((........)))))...)))))))))))))..((((.(((((....((((((((..((((.(((((((...........))))))).))))...)))))))).((.(((((((.(((((.......(((((.((((((((((((....)))))((((((..(((((.((....)).)))))..)))).)).((((((((.......(((((..((((.((((...))))))))))))).........))))))))(((((((....)))))))..(((....)))..))))))))))))((((..((((((.(((....))).))))))))))((((...(((.((((...........))))))).))))..))))))))))))..))..((....))....))))).)))).(((((.((...((((((((....((((......(.(((((((...))))))).).))))...)).)))))).))..)))))...((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((..((((((((((.((((((((.(.(((((.((((((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((((((..(((((((((((((.(((((((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((((((...(((((((.((((((((((((.((((.(((((.(((((((........))))...(((((((((.((((((((.((((((.(((...(((.(.(((....))).).)))....((((((.............)))))).......))))))))).))))))))..))).))))))...(((((((..((.....)).)))))))....(((((((((((((..(((((((((...(((((....((((((((((((((......))))))))((.((((((.((((((((.........(((((((...((((........))))...))))))).....((((((((((((((.(((((((((((....(((((((((((.....))).))).)))))..)))).........((((((((......))))))))..........((((((((((((........)))))(((.((((((.....((..(((((...(((((......))))).....)))))..))....)))))))))((((((.....))))))..))))))).(((((...)))))....)))))....)).)))))).))))))))...............(((..((.(((....)))))..)))...)).)))))))))))).)).....(((((....)))))..........((((((...))))))(((((((..((.(((..((((......(((((((...((((((..(((((.((((((.........)))))))))))..).))))))))))))..))))..))).))....)))))))......((((((.....((((....((((.((((.(((.....(((((((((((((((...(((((.((((((((...(((...(((((..(((((......(((((((.....(((((((.(((((((..(((((............((((((((...((((......))))......)))))))).............(((((...)).)))...)))))....)))).)))((((((...)))))))))))))))))).))......)))))..))))).)))...))))))))...........(((((.(((.(((((((....))))))).))).)))))....)))))..((((((((....))))..))))(((((................))))).....(((((((((.....(((.((((((((........)))).)))))))))))))))))))))))).)...))))))...)))...))))))))..))))..))))))))))))....)))))......))))...((((.((((((.........)))))).))))........((((.(((((..((((....))))..))))).)))).....(((((.(((((.((((((((((((...)))))))))....((((.....))))))).)))))))))))))))..))))))).))))))))).))))).)))).)))))))))))).)))))))...)))))))).))))))))))))))))))))))).)))))))).))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)))))))))))))..)))))))))))))))).))))))))))))).)))))))))))))))).))))).).)))))))).))))))))))....))))))))))).)).))))))))))))))))))))))))((((((((((....))))))))))............(((((((...)))))))))))).))).)))))))).........(((....)))(((((...)))))...((((......))))(((...))).(((((((((((((.(((((((((...(((........)))...)))))).)))..................(((...)))..)))))))))))))......))))))))))))))))))))))(((.((((....((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((((...(((((.(((.((.(((((((.......((.(((((((((((((((((..((((((((...(((.(((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((.((((((......(((.(((....(((((((((..((..(((((((.((((...(((((((..((((.((((.((..(((.(((.(((((.(((.(((((.(((((((((((((.((((((((((((((((((((....(((((((((((((((..((((((..(.(((((((((.((((..((((((((((((((.((.((((((.((((.(((((.(((((((((((((((((((.((((.(((((((((.(((..((.(((.(((.((((((((((.((((..((((((((((((((.(((((((((.((.((((((((((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....(((((((((.........(((((((((.....((((((((((....((........))....))))))))))........(((.((((((((.(((((((((((...(((..((((((....))))))...(((((((......)))))))...((((((...........))))))...)))..)))).....................(((.(((((....))))).)))((((((((((((.(((((...(((.((((((.....)))))).)))))))).)))))))))))).((((((...)))))))))))))..)))))))).))).(((((.((...)).)))))......)))))))))......(((((((((((((((((......))))...((((((..((((((.(((((..((.(((......))))))))))....))))))..)))))))))))))))))))...))))))))).....))))).))))..))))).))).)))))))))))))))))))).)).))))))))).))))))))))))))..))))))).))))))).))).))).))..)))...))))))))).))))))))))))))))))))))).))))).)))).)))))).)).))))))))))))))..)))).))))))))).)..))))))..)))))))))))))))....)))))))))))))))))))).)).))))))))))).))))).))).))))).))).)))...)))))).)))))))).)))...)))).)))))))..)).))))))))).....))).))).....)))))).))))))))).))))))))))))))))))..)))).))))).)))......))))))))....)).))))..))))))))))).)).......))))))).)).))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))......((...............))))))))))))))))))))))))))...)))))))..............((((((((.........))))))))..(((((((((((..(((((.....))))).))))).))))))......)))..)))))...(((....)))..((((......))))(((((....)))))))))))))((((((....((((((..(((..((.((........))))..)))..))))))(((......)))....................................)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((({(({{((,({{{.,,)}}),)))}||(((((..(((,{((((((((((({....(((((((((((((.(((((((..(((((((((...........,{.((((((((..{((({(((...(((((.(((((...((((((((((((((((((((((((((((..((..(((.(((.(((((({,(({(..((((....))))....}}.)))))))))....)))...)))..)).....)).))))).)))))))).))))......,.((((......))))},))))))))).))))).)))))..)))...}))))..))))))))}..........,....((((((...{((.{(((...((((,..{(((...(((((........,{(((..((((({{((((.((.......)).))))))))))..)))}((((,...,)))),.....((((((...)))))).....((((..((((((..((.((((((((((.(((....))).))))))).))).))..))))))..)))).)))))...))))))))..,,}}}).}))...)))))){(((((...))}}))).....))))))........))).)))))))..))))).......((((({.(((((((((..,{(((...,{{..,,..,|}}....))})),}.,..)))))))))}}),))),)))))))|(((((((((,......,{{......}}|.,,((((((((((((((((.(((.(((...........))).))).........))))),.})))))))))){{{((((((.(({,(.((((.(((((.{(((,.,{,....||..}},,}}}}))))).)))}.,.,)}),.)))).})))))))))))))}........,{((((((({{.((((((((..(((.((((({.((((((((((,,((...((((...(({,((((((((.(((,,((((((.......))))))...}...)))..)))))(({(.......))}}.{(.(,((((((.....)))))).,.)}))))))..))))..,)),.)))})))))))},.(((({,(.(((((((.((((((((((((,((((.,({{,..(((((,....|||||||||||}}}{,((({{{{((((((.,.......))))))..,,.))))))),}}||{{{{...,,,.,))})))},.))))))))).)))(((((((((...)))))))))(((((........)))))...))))))))))))).{(.((((((({(.((((((((((..((((.(((((({..........,))))))).))))..,))))))}}})).(((((({{(((((.......(((((.((((((((((((....))))){,((({..((((,.({....}}.,))))..}}}}.,,{((((((((.......(((((..((((.,(({...}))}))))))))).........))))))))|{{((({....})))}},,,{{|,,,,}}|.,))))))))))))((((..,(((((.(((....))).))))))))))((((...(((.((((...........))))))).))))..))))))))))))..}),})))))).)}.,{{{||{{,,.,,{((({.{{...((((((({....((((.,....,.(((((({...})))))).).))))...}},)))))).))..)))))..,((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((.,((((((((((.((((((((.(.(((((.((((((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((((((..(((((((((((({.(((((((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((((((.,.(((((((.((((((((((((.((((.(((((.(((((((........))))...((((((({{.((((((((.((((((((((...(((.{.(((....})).|.}}}....((({((,..{,,,,,,...}}}))),,,,...))))))))).))))))))..))}}}))))}...(((((((..{{.....}}.)))))))....(((((((((((((..(((((,(({{{...,..}}})},,,,,((((((((......))))))))((.(((({({((((((((.........(((((((...((((........))))...)))))))..,||||||{(((({{(({{,((({,{{((({{..(((((((((((.....))).})),)))))..))}})|},,.}}||||{{({{.....,||||}}||{{.{(({...{{,.(((..((({{{,||,..,,,.(((.((((((.....,{..(((((...(((((,....,))))).....)))))..}}....)))))))))((((((.....)))))).....{(((.(((((...))))).)))}.},,..}}))}))),,)})..))),..))}},||||....,}})}}}}},{{...,|,,}}}.,,,...)),}))))))))))).)),,...(((((....))))),,,,,,,,,,((((((...}}}}|}(((((((..((.{((..((({...,,.(((((((...((((({..(((((,{(((((,.....}}}))))}))))))..}.)))))))))))).}))))..))).))....)))))))..,,}}{{{,,{({({.,.|||||.{(((.((({.(((.....(((((({((((((((,||({({{.((((((((..,(((,,.(((((..(((((.{{.,,{((((({.,,{.((((,{{..((((....}))}..,,.}}},....((((((((.,,((((......))))...,,.))))))))|||,,...,,,}}||||.{{|||,}}.....,|||....,}}}}}|.((((((...})))))..,.))})}},,.,,......)))))..))))},)}),,.))))))))...}.,,...,(((((.(((.(((((((....})))))).))).))))}.,..)))),..((((((((....))))..)))){{,,,.,.,,,,,...,.},,)),}}.....(((((((((.....(((.((((((((........))))}}))))))))))))))))))))))).},..}))))),}.)))...)))))))),,||||||||},}}}}}}}}..||||.........)))).,}|||,.,|}}||.},,....,}},}}},}}}},.......,{{{,{{{{{..{{{|,,,,))))..}}})).}}}},,.,.(((((.(((((.{{,(((((((((...)))))))))....((((.....)))),}}.)))))))))))))))..))))))).))))))))).))))).)))).)))))))))))).))))))).,.)))))))).))))))))))))))))))))))).)))))))).))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))).}))))))))))))..)))))))))))))))).))))))))))))).)))))))))))))))).))))).).)))))))).))))))))))..,.))))))))))).)).))))))))))))))))))))))))|(((((((((....}))))))))),.}|||,,,,,|(((((({...)))))))))))).))).)))))))).........{({..,,))}((({,...}}))},.,((((.....,)))}{((...))),(((((((((({{{.{((((((((...(((........)))...)))))).})}..,,,,...,........,,,.,,)}}..})))))))))))),....,)))))))))}))))))))))))|||{(((({({.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((((...(((((.(((.((.(((((((....,,.((.(((((((((((((((((..((((((((...(((.(((((.{(((((((((((((((((((((.(((((((((.((((((......(((.(((...{(((((((((..((..(((((((.(((({{{((,.(({.{((((.((((.{(..({(,(({.(((((.(((.(((((.(((((((((((((.((((((((((((((((((((..,.(((((((((((((((..((((((..{.(((((((((.((((..((((((((((((((.((.((((((.((((.(((((.(((((((((((((((((((.((((.(((((((((.(((..((.(((.(({.(((((((((,,((((..((((((((((((((.(((((((((.((.((((((((((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....(((((((((.........{{{{{(({{.....,(({(((({{,,,.,,...,.,..,|,,,,||}}})))}},,,,.,,..,{.((((((((.((((((({{{{,,,{{{..{(((({....})))))...(((((((......))))))).,,(((((({,,...,....)))))).,..,...,}},.....................{((.(((((....))))).))|((((((((((((.(((({,.,(((.((((((.....)))))).)))))))).)))))))))))),((((((...)))))))))))))..)))))))).))|.(((((.({...}).))))).}....}})))))),......(((((((((((((((((......))))...((((((..((((((.{((((..((.(((,....,))))))))))....})))))..)))))))))))))))))))...))))))))).....))))).))))..))))).))).)))))))))))))))))))).)).))))))))).))))))))))))))..)))))))},)))))).})).))).))..)))...))))))))).)))}))))))))))))))))))).))))).)))).)))))).)).))))))))))))))..)))).))))))))).}..))))))..))))))))))))))).,..)))))))))))))))))))).))}))))))))))).))))).))).))))).})).}))...}})))).))))))))}))),..}))).)))))))..)).))))))))).}...))).))).....)))))).))))))))).))))))))))))))))))}.,))}.))))).}}).,....))))))))....))},)))..))))))))))).)).,,....)))))))})..))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))...,,,,,.....,,,.......},)))))))))))))))))))))))).}))))))}}..............((((((((.........))))))))..(((((((((((..(((({.....})))).))))),})))))......)))..)))))},,(((....}}}..{{{{......))))(((((....)))))))))))))((((((....((((((..(((..{{,{{........))},..)))..))))))(((......)))....,,,.....,,......,}..............)))))}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002635.4 NCBI
CUCUGUGAGCCGCAACCUUUCCAAGGGAGUGGUUGUGUGAUCGCCAUCU… 5984 nt 0.4352
NM_005888.4 NCBI
CUCUGUGAGCCGCAACCUUUCCAAGGGAGUGGUUGUGUGAUCGCCAUCU… 5987 nt 0.4339
NM_213611.3 NCBI
CUCUGUGAGCCGCAACCUUUCCAAGGGAGUGGUUGUGUGAUCGCCAUCU… 6218 nt 0.4445
Summary

The protein encoded by this gene catalyzes the transport of phosphate into the mitochondrial matrix, either by proton cotransport or in exchange for hydroxyl ions. The protein contains three related segments arranged in tandem which are related to those found in other characterized members of the mitochondrial carrier family. Both the N-terminal and C-terminal regions of this protein protrude toward the cytosol. Multiple alternatively spliced transcript variants have been isolated. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the SLC25A3 gene, encoding a mitochondrial phosphate carrier, was up-regulated in both neurons and glia of the ventral tegmental area during the addicting phase of nicotine self-administration compared to the pre-addiction phase, a finding validated by in situ hybridization [Fan et al. DOI:10.1016/J.Jgg.2024.08.009].